进军
清康熙三十五年(1696年)二月至五月，在清平噶尔丹叛乱战争中，康熙帝亲率清军进征准噶尔汗噶尔丹，由西路军大败噶尔丹于昭莫多(今蒙古乌兰巴托南宗英德)的作战。
噶尔丹自康熙二十九年于乌兰布通败遁(参见乌兰布通之战)后，仍入犯喀尔喀，屡书索土谢图汗和哲布尊丹巴，且害及使臣，又阴诱内蒙古各部叛附，扬言借俄罗斯鸟枪兵6万，将内犯。三十四年九月，噶尔丹又率兵自科布多(今蒙古吉尔格朗图)东进至巴彦乌兰(今蒙古温都尔汗以西、达尔汗以北)。
交锋
清康熙三十四年(1696年)十一月，康熙帝接到右卫将军费扬古于归化城(今内蒙古呼和浩特)的奏报，与文武大臣议定：于次年春天留皇太子守京师，自率京师八旗兵及火器营兵，共3.29万余人为中路，出独石口(今河北赤城北、长城隘口)北上;东路由黑龙江将军萨布素统领盛京(今沈阳)、宁古塔(今黑龙江宁安)、黑龙江(今爱珲)、科尔沁兵，共9000余人，出兴安岭沿克鲁伦河西进，堵住噶尔丹东进道路;西路命费扬古为抚远大将军，与振武将军孙思克，率军4.6万余人，分别自归化、宁夏(今银川)北上，切断敌归路，相机歼敌。三路大军约期夹攻。
康熙三十五年(1696年)二月十八日，费扬古军最先启程。二十二日，孙思克军启程。两军相约，于翁金(今蒙古海尔汗杜兰西)会师。二月三十日，康熙帝率中路军由京城启程。四月初六日，萨布素率东路军亦出发。中路、西路两军约于土喇(今蒙古乌兰巴托西南)会师，合兵进击噶尔丹;中路军进展顺利，但西路军遇到障碍。费扬古与孙思克原定于四月初九日会师于翁金，但孙思克部穿越大沙漠时，连日遇大风雨，马畜踣毙，水草益乏，兵寒且饿，以至于四月十一日，方在翁金附近之察罕和逆追上费扬古。
为加快行军速度，费扬古改变原计划，从孙思克军中挑选4000精兵随己同行，余者半留翁金守粮，半由尾后跟进;并奏报康熙帝，西路军约于四月三十日抵土喇。康熙帝遂令中路军缓行以待，以免中路过于突出，遭敌突袭;饰西路军加速前进。因噶尔丹将西路军所经之地青草尽焚，费扬古被迫绕行，以至五月四日才抵土喇。五月初八日，康熙帝率中路军抵克鲁伦河，接近噶尔丹大营。
决胜
噶尔丹得知御驾亲征，登山遥望，见大军分翼排列，营垒遍野，如从天而降，遂尽弃帐房、器械等逃去。康熙帝命内大臣马思喀为平北大将军，领兵追击数日，噶尔丹仓皇遁至特勒尔济口。抚远大将军费扬古正率西路军北进，得报噶尔丹踪迹，即令署前锋统领硕岱等且战且退，将噶尔丹诱至昭莫多，昭莫多北依肯特岭，东峙丘陵，西临河水。十三日，费扬古分兵4队：东翼为京城及西安八旗兵、察哈尔蒙古兵，屯营高处;西翼为大同总兵康调元所率绿旗兵及右卫八旗兵、喀尔喀蒙古兵，沿河布阵;将军孙思克率绿旗官兵居中占领山头，大将军费扬古统军列后。遵照康熙帝预授之策，清军一律下马步战，待令再行冲锋。
布阵方毕，噶尔丹率2000余骑已被诱至阵前，指挥所部下马拒战，集中兵力猛攻山头。噶尔丹及其妻阿努亦冒矢舍骑而战。孙思克命所部坚守阵地，用火器、弓箭猛烈还击。自中午至黄昏，双方难分胜负。阵中宁夏总兵殷化行建议;出两路奇兵，分别进攻准军侧后，加之正面合击，必胜。这一建议被费扬古采纳。费扬古命沿河伏骑，一横冲入阵，一袭其后辎重，山上孙思克军亦奋呼夹击。噶尔丹军立即大乱阵脚，噶尔丹夺路先逃，余众瓦解。费扬古鸣角号令上马追击，清军分路追至特勒尔济口，在月下追杀30余里。
结果
此战，清军斩首2000余级，生擒百余人，噶尔丹仅率数骑逃脱，其妻阿努中枪死。从此，噶尔丹一蹶不振，无力发动分裂战争。昭莫多之战后，康熙帝率中路清军返京，命费扬古驻守科图(今内蒙古苏尼特左旗北)。