大部分关于图特摩斯三世的美吉多之战的信息，我们是从一个叫做Tjaneni的古代军事书吏官的记录以及卡纳克的阿蒙神庙的墙上的壁画中获知的。
为了镇压迦南(Canaanite)联军，在确定了作战方略后，图特摩斯三世率领他的军队用了九天的时间从Sileh的埃及边境要塞通过被称为“荷露斯之路”(Ways of Horus)的西奈公路抵达了Gaza这座埃及人在迦南的据点。埃及人在通过这条道路时，平均的行军速度为每天15英里。而后，他们放慢了速度，以每天8英里的进程在11天后到达了Yaham，此时正好是五月中旬。这样的行军速度或许反映了这样一个事实：埃及人所通过的可能正是他们的潜在的或者是实际上的敌人的国土。事实上，在行军中，图特摩斯三世让Djehuty将军率领一支军队前往Jaffa，去包围那里的要塞，这是为了确保埃及人的军队后勤的畅通。这说明，迦南联军主要是南部迦南人的联盟。
到达Yaham之后，埃及人召开了一次军事会议来确定他们进军Esdraelon平原的路线，他们决定要通过美吉多。我们知道，此时迦南人已经在美吉多附近集中了他们所有的军队，他们将这些军队布置在通往Carmel山脉的三条可能的行军路线上来防止埃及军队的进入。南北两条路线要比中间的通过Aruna到达平原的路线长，而且更加不容易防守。Aruna通道是一条狭窄的甬道，而且通道中只要有一支军队存在，就决不能挤进第二支军队。要通过这条通道，行军时就意味要“人和马都必须一个接一个地走”，而这样的行军方式对军队来说就意味着是种灾难——他们将毫无防备地完全暴露在敌人的面前。鉴于此，图特摩斯三世的将军们力劝法老选择另外两个看似比较安全的道路行军，即Yokneam路线或Taanakh路线。
“现在有另外两条道路摆在我们面前。一条是我们东边的道路，它通往Taanakh;另一条是靠近Djefti北边的道路，选择它，我们可以抵达美吉多的北部。请让我们战无不胜的主人选择这两条道路中的一条吧!这会令他的心感到满意。千万不要让我们前往那条难以行走的通道啊!”——摘自卡纳克阿蒙神庙上的碑铭。
然而，如果选择Aruna通道，埃及军队就可以直达Esdraelon平原，而且，通道的出口离美吉多城只有1英里远。我们可以设想，图特摩斯三世和他的将军们在做决定之前，一定已经派人对迦南联军侦察过。他们会发现，迦南联军已经将主力集结在了另外两条通道的出口处，如果埃及人从那儿出现，他们就一定会遭到迦南联军的痛击，造成巨大的伤亡。
因此，图特摩斯三世阻止了他的将军们的争论，他决定通过Aruna通道。
埃及人通过三天的行军终于在美吉多南部的琴纳(Qinah)河边出现了，途中他们没有遭遇到任何敌人。在这三天的行程中，前两天埃及人通过丘陵到达Aruna通道，第三天上午军队通过了这条甬道，下午他们的装备也通过了，晚上埃及人就在平原扎营了。
法老的赌注下对了，他的这一战术惊人地实现了。当埃及军队通过Aruna通道时，他们的先头部队能够看到迦南联军的主力才开始急急地返回美吉多。直到这天晚上，迦南联军才匆忙地在埃及人的战线前摆好阵势。
埃及人休息了一整晚，也许，这一晚的休息并不理想。从铭文中可以看到，图特摩斯三世害怕敌人会在夜间突袭，他不断地警告他的军队“……警惕!警惕!注意!注意!”他命令他的士兵“……准备好你们的武器，一旦那些肮脏的敌人在清晨出现，我们能够立即给他们以痛击!”所以，那一夜，埃及人可能都处于半睡半醒的状态，时时准备着反击。法老会紧张，是因为这是他第一次完全控制了他的军队，而且埃及人也已经有20多年没有打过仗了。所以，当时埃及人对这场战役应该是信心不足的，而非像他们事后在铭文上所述“我们对凯旋充满了信心”。如果当时迦南联军在清晨突袭埃及人，那么，埃及军队可能连反击的力量都没有，因为他们除了背后的Aruna通道，什么都没有!
第二天一早，埃及军队举行了一个阅兵式，士兵们排着队，踏着整齐的步伐从法老的面前经过，埃及人的盔甲在阳光下闪闪发光，旌旗舒展，马匹嘶鸣，士兵们嘹亮的吼声响彻四方。埃及军队的这一阅兵式极大地鼓舞了士气，前一夜的萎靡不振一扫而空，埃及人对即将到来的战争充满了胜利的信心!
图特摩斯三世站在他的金色战车上，头戴蓝色王冠“就像穿着战神盔甲的荷露斯神再现”。法老已经准备好了战争，他将他的军队划分成了三个集团军，北部的集团军被布置在了美吉多西北部，他们是后备力量，为了在必要时投入反击;南部的集团军被布置在了琴纳河以南的小山上;而法老本人则统帅中部集团军。
埃及的敌人是数量庞大的(虽然这个描绘一定有所夸大)，我们从碑文上得知，至少有330个迦南国王率领了他们的军队来参战。因此，埃及人站在了“漫山遍野的敌人”的面前。
但是，埃及人的攻击给敌人带来了毁灭性的灾难，恐惧像浪潮一样席卷迦南联军。一名埃及书吏这样描写当时的情景：“国王手持利剑亲自领军，他犹如燃烧的烈焰横扫敌阵;国王单枪匹马勇往直前，他将挡在他面前的野蛮人砍杀殆尽。国王俘获了敌人的王子们，将他们变成了奴隶;国王夺得了敌人的黄金战车，他飞身跳上敌人的战马，让不羁的马儿温顺地臣服于他手中的缰绳。”战斗打响后不久，迦南人便丢盔弃甲，四处逃散，然而，美吉多城的守军却不让这些逃兵进入城中。于是，回撤的逃兵爬上了美吉多的城墙，他们的行为减弱了美吉多城守军的防御，以至于这座城市陷入了失败的命运，就连美吉多的国王和他们的法律都无法阻止它的发生。
可是，埃及人并没有去攻打城市，他们转而去抢劫敌人丢弃的装备，这给了敌人逃脱和重组防御力量的时间。古代的碑文是这样说的：“……如果不是国王的军队背弃了他们的心去抢劫敌人的财产，那个时候，埃及军队一定能够占领整个美吉多……”从碑文中可以看到，即使在那个年代，埃及人也认识到了混乱的军纪使他们的法老失去了一个快速胜利的机会，在这首场交锋中，埃及人原本可以利用美吉多人的迅速溃退而提前赢得全面的胜利。
不管怎样，征服美吉多和它的人民是十分必要的，因为“……北部所有城市的统治者就住在美吉多，捕获这座城市就等于捕获了上千座城市。”因此，埃及人将美吉多城包围了起来，他们在城的周围掘出了一条护城河，并且还筑起了木栅栏以防止城中的人出逃。这座城市最终于公元前1482年十二月才完全投降。由于这次战争带来了巨大的战利品，法老看起来对此很自豪：他为埃及带来了2041匹马，这些马匹都将在埃及被放养;他还为埃及带来了894辆战车，其中有两辆是用金子装饰的;另外还有200副盔甲，其中有两副是美吉多国王和卡叠石国王的铜铠甲;除了马，他还为埃及带来了数量超过25000头的其他牲畜。
在美吉多大战之后，图特摩斯又领导埃及人参加了很多次通过迦南前往叙利亚的战争，在美吉多战役之后8年，图特摩斯放弃了美吉多城。但是，美吉多之战的胜利对于埃及来说是十分重要的，因为这场战争的胜利其实让整个迦南在图特摩斯三世统治时期都显得很本分，起到了绝对的威慑作用。占领美吉多城之后，法老紧接着又征服了Retenu。之后，法老建立了一支庞大的海军部队，这令埃及的影响力扩大到了整个中东地区，从此以后，埃及人可以在四、五天内通过海军到达叙利亚沿海的任何一座城市，而过去，他们需要步行两星期。这对于之后20年内图特摩斯三世带领埃及参与的与米坦尼人的争霸以及完全征服叙利亚起到了重要的辅助作用。