逼迫桂太郎辞职
第三次桂太郎内阁在高喊“维护宪政、打倒阀族”口号的护宪运动(“大正政变”)中宣布总辞职。促使桂太郎内阁倒台的一个原因是山本权兵卫气势汹汹地逼迫桂太郎尽快辞职，并为此拜访了西园寺公望做工作。山本权兵卫一下子成为政治明星，他与政友会的关系也被刻意渲染出来。
出任首相
在桂太郎内阁辞职后的元老会议上，作为护宪运动攻击目标之一的山县有朋始很明智的保持低调(很明显舆论不利于己)。桂太郎推荐西园寺公望接任首相，但西园寺公望认为自己没有按照天皇“阻止通过桂太郎内阁不信任案”的交待去办而固辞不受。作为立宪政友会总裁的西园寺公望推荐由本党的原敬或松田正久接任首相，但他们都是政党政治家，不可能得到那群日本元老(特别是山县)的同意。结果首相的桂冠就落到了山本权兵卫的头上。山本权兵卫同情政友会，并且由于他属于第二代政治家，跟元老们关系不大(当时西乡从道早就去世)，成为不了护宪运动直接攻击的目标，比较容易被人接受。他是萨摩藩军阀这一点虽然对于要打破阀政治的民众来说难以接受，但对于元老们来说却是可以同意他担任首相的重要理由。
西南战争以后，从“海陆军”的说法变到“陆海军”，海军一下子矮了半截，从此就在陆军老大的影子里面过日子，海军也只敢怒不敢言(其实对于日本这样的岛国，居然会搞大陆军主义，真是不可思议~~)。而甲午，日俄两场战争中海军的表现不错，人气和地位也就跟着上升，陆军对海军也越来越给面子。最后，海军终于到达了顶点：1913年2月山本权兵卫海军大将当上了首相。这不是件小事，陆军可能已经不希罕什么首相不首相了，因为那东西似乎“常驻”陆军，山县有朋，桂太郎都当过首相。可对于海军而言这是开天辟地第一遭，海相是在日俄战争时专管后勤的斋藤实，次官是山本的女婿财部彪，海军军令部总长是伊集院五郎，联合舰队司令长官是加藤友三郎，据说是海军的最强阵容，海军算是混出个样子来了。
准备组阁
他上台后，一边安抚民众情绪一边应付政局，不得不和政党进行合作。在政党方面，对占有议会过半数席位的立宪政友会来说，只要没有天皇要其组阁的命令，就只能通过与山本权兵卫合作来实现其政策主张，除此别无他择。双方从各自所处立场出发，确定了第一次山本权兵卫内阁的大框架。
山本权兵卫与政友会经过协商达成一致，内阁成员除陆军、海军、外务大臣以外全部加入政友会，作为交换条件，政友会同意支持山本权兵卫内阁。高桥是清、奥田义人、山本达雄三人在入阁之前加入了政友会。山本权兵卫还通过起用大久保利通的次子牧野伸显等手段成功抑制了萨摩藩的竞争对手、护宪运动要打倒的对象—长州藩派阀。从这一点上看，山本权兵卫虽然有得到政党支持的背景，但他在执政过程中，并非将实现自己的政策为重点，而是优先考虑控制政权和稳定运营，说到底他还是属于“利用政党主义”的实用派。
内阁成立
致力于通过护宪运动打倒藩阀政治的政友会成员们难以接受和萨摩藩头子山本权兵卫进行合作。内阁成立后不久，尾崎行雄、冈崎邦辅等24名议员脱离政友会，成立政友俱乐部，政友会作为执政党在议会的席位跌到半数以下。山本权兵卫内阁成立一周之后，由于桂太郎辞职而中断的第三十届议会复会。由于时间有限，新内阁提出了与桂太郎内阁完全相同的预算案，最终以5票之差侥幸得以通过。山本权兵卫内阁的开局相当严峻。
修改陆海军大臣任用制度
山本权兵卫在议会中提出修改陆海军大臣现役武官制和文官任用制度，并得以实现。所谓现役武官制是第二次山县有朋内阁制定的，规定只有现役陆海军的大、中将才有资格担任陆、海军大臣，这个规定导致了第二次西园寺公望内阁的倒台(“军阀毒杀内阁”)。山本权兵卫为了扩大内阁对军部的约束力，将担任陆海军大臣的资格从现役将官扩大到预备役和后备役将官。山本权兵卫自海军起家，和斋藤实一起控制着海军大权，在海军和舆论支持背景下，对改革心怀不满的陆军也只好勉强同意。以这次改革为契机，陆军大臣木越辞职，在围绕后继任人选问题上山本权兵卫没有和山县有朋商量就决定由土佐藩出身的楠濑幸彦接任。正如大家所知，虽然修改了现役武官制，但实际上并没有预备役和后备役将官担任过陆海军大臣，山本权兵卫本人是否真有从现役军人以外选拔大臣的意愿值得怀疑。虽然这些改革是在政友会的压力下进行的，但山本权兵卫在舆论的支持下，使改革获得成功，为军人以外人员担任军部大臣扫清了障碍，这一点还是值得赞赏和强调的。日后广田弘毅内阁恢复了现役军人担任军部大臣制度，结果导致陆军利用这个制度控制了内阁。如果把两者进行比较，感触就会更深一些。
在改革文官任用制度方面，他放宽了第二次山县有朋内阁时制定的敕任官必须通过高等文官考试的规定，扩大了首相自由任用官员的范围。为了排除来自山县有朋派官僚控制的枢密院的压力，山本权兵卫把可由自己自由任用的官员范围扩大到陆、海军省以外各省的次官以及警视总监、法制局长、内务省警保局长等。改革给政友会带来相当大的好处。有人认为改革使官僚政党化，政党增加了对政府人事安排的干预权力。也有人认为，在民主政治中，被委托担当政权的政党、人物使用自己的助手落实政策是理所当然的。因此必须指出，对于山本权兵卫的改革不能一概而论是对是错。
对大藏省和农商省整编
山本权兵卫内阁对大藏省和农商省进行了整编，削减了一万多名官吏和雇员，仅大正2年就削减了6600万日元的行政经费。山本还对山县有朋的大本营——枢密院进行改革，将枢密顾问官的定员从38人减至24名，弱化了枢密院的力量。
有人认为，山本权兵卫进行的一系列改革得到过昭和天皇的高度评价。第二次世界大战后，在分析日本战争失败原因时，天皇举出四个原因，其中之一就是“没有具有常识的领导层，战略和政略不足，缺乏对部下的统帅力，酿成以下克上之风，导致最终失败”。与当时领导层相比，天皇认为有能力的人物有山县有朋、大山岩、山本权兵卫。虽然还不清楚山本权兵卫哪段执政时期得到昭和天皇好评，但可以认为第一次组阁时期是非常重要的。