政治
追尊谥号与平反殉难诸臣
朱由崧即位后于三月上明熹宗懿安皇后谥号孝哀慈靖恭惠温贞偕天协圣悊皇后，六月追封祖母郑贵妃为孝宁太皇太后。父福恭王朱常洵为贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝(后改谥孝皇帝)，立庙于南京，墓园称熙陵。上嫡母邹氏尊号为恪贞仁寿皇太后。生母姚氏为孝诚端惠慈顺贞穆符天笃圣皇太后。赠洛阳城陷时遇害的胞弟颍上王朱由榘(矩)为颍王，谥曰冲。六月上崇祯帝庙号为思宗(弘光元年二月改上庙号毅宗)，谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝;上崇祯帝周皇后谥号孝节贞肃渊恭庄毅奉天靖圣烈皇后。七月追复懿文太子庙号兴宗，谥号和天敬道宪懿勤敏淳文度武明仁慈孝康皇帝。兴宗皇后常氏为孝康皇后。追上建文帝庙号惠宗，谥号嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝。惠宗皇后马氏为孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。追上景泰帝庙号代宗，谥号符天建道恭仁康定隆文布武显德崇孝景皇帝。代宗皇后汪氏为孝渊肃懿贞惠安和辅天恭圣景皇后。
九月初三，朱由崧下令为北京殉难诸臣上谥号，文臣二十一人、勋臣二人、戚臣一人。随后又给郢国公冯国用、宋国公冯胜、济国公丁德兴、德庆侯廖永忠、长兴侯耿炳文等开国功臣追上谥号;给方孝孺、齐泰、黄子澄、陈迪、景清、卓敬、练子宁等建文朝死难诸臣，蒋钦、陆震等正德朝死谏诸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顾大章、周起元等天启朝死珰难诸臣上谥号。
人事安排
就任监国之后，朱由崧依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事;马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。不久又以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，与原礼部尚书王铎，二人兼东阁大学士入阁办事。以张慎言为吏部尚书，召刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员也先后作了安排。按照史可法、高弘图、张慎言等人的意向是尽量让“正人”占据要津，使朝廷建立之始有一番新气象。
党争
朱由崧登上了皇帝的宝座，但朱由崧是万历郑贵妃之孙，郑贵妃是晚明东林党的政治宿敌，朱由崧即位挫败了东林党人士拥立潞王朱常淓的计划。围绕帝位的勾心斗角，并没有就此平息。弘光立国一年之内，先后发生了“妖僧”大悲案、太子案、“童妃案”三大案。这三个案件表面上是孤立的，互不相涉，却都贯串着对朱由崧继统不满的政治背景。参见：南渡三案
军事
弘光政权的基本国策以“联虏平寇”为主。南明的对手有两个：大顺的农民军与满清。南明不能双拳并击是很明白的，不是联寇抗清，就是“联虏平寇”，二者必居其一。弘光政权则是采取联虏平寇的政策。史可法与马士英都是“联虏平寇”方针的赞决者。正是这一方针导致了弘光政权的土崩瓦解。
财政
弘光朝廷拥有淮河以南辽阔的地盘，在北都覆亡以前，明朝廷每年要从江南各地搜括大量粮食、银钱、布帛等财物，弥补北京宫廷、诸多衙门以及九边庞大的耗费。按理说，北方各地既已相继沦没，分属大顺和清方，弘光朝廷在财政上应该是绰有余裕的，百姓的负担至少不应加重。实际情况却并不是这样。由于豢养大批只知祸国殃民的军队，统治集团的贪欲有增无已，弘光朝廷的财政竟然入不敷出。在弘光立国的一年时间里，所得金钱却几乎从来没有用于救济灾民、兴修水利等实政。除了豢养军队以外，财政收入的另一部分耗费于皇帝、宫廷和官僚，供他们过着穷奢极侈的生活。朱由崧一登大位立即想在生活上同承平时期的皇帝看齐。他下令为自己和太后修建宫殿，为筹备大婚四出购买珠宝。弘光君臣的大肆搜括民财，经营自己的安乐窝，其直接结果一是大失人心，二是文官武将囊橐既富，身家之念重，一旦形势危急，多数非降即逃，卒至以国予敌。