1867年日本孝明天皇死，明治天皇即位。1868年(戊辰年)1月3日，天皇发布《王政复古大号令》，废除幕府，令幕府将军德川庆喜“辞官纳地”。1月8日及10日，德川庆喜在大阪宣布“王政复古大号令”为非法。1月27日，以萨、长两藩为主力的天皇军5000人，在京都附近与幕府军1.5万人激战，德川庆喜败走江户，戊辰战争由此开始。天皇军大举东征，迫使德川庆喜于1868 年5月3日交出江户城，至11月初平定东北地区叛乱诸藩。1869年春，天皇军出征北海道，于6月27日攻下幕府残余势力盘踞的最后据点五棱郭(在函馆市)，戊辰战争结束。
战争背景
1853年和1854年美国东印度舰队司令马修·佩里(Mathew Perry)准将率领舰队两度叩关日本(“黑船事件”)，迫使幕府与美国签署了不平等的《日美亲善条约》(又称《神奈川条约》)，德川幕府两百余年的“锁国”政策宣告破产，欧美列强以炮舰为后盾打开了日本的国门，又凭借不平等条约规定的殖民权益，把日本变成了欧美近代大工业的原料供应地和销售市场，日本面临着和同时期其他亚洲国家一样沦为西方列强殖民地、半殖民地的厄运。接下来的十余年间，日本国内“佐幕”和“倒幕”势力进行了激烈的斗争，而德川幕府已经无力挽救民族危机，日渐成为日本近代化的障碍。
各方态度
即将爆发冲突之时，十五岁的明治天皇虽然冲龄，但已经表现出过人的智慧，受宫中人一致地信服。当时各方对形势的看法也各不一样：法国是明确拥护幕府。而英国支持萨、长两藩，如果幕府能与之合作更好，对大政奉还也赞成。美国荷兰无意见。宫廷内的讨幕派以岩仓具视为中心，与王政复古派联合。王政复古派只要幕府肯在形式上奉还政权就已满足。佐幕派主张公武合体。亲幕派是则是德川庆喜的死党。亲法派主张强化幕府。长州藩力主反幕。萨摩藩反幕，但也赞成大政奉还。土佐藩、芸州藩、宇和岛藩及越前藩主张大政奉还，但也不反对反幕。会津藩拥护幕府。其中土佐藩主张大政奉还最坚决，土佐藩代表山内丰信的心腹后藤象二郎和坂本龙马共同提出了著名的《船中八策》(大政奉还案的原稿)。
大政奉还
大政奉还的呼声刚开始的时候，庆喜根据目前形势，知道各强藩正虎视眈眈，伺机而动。对付长州藩已经很吃力，所以虚与委蛇，假意同意大政奉还，徐图再起，或者取实弃名，暂时放弃将军之名，以观后变。
山内提出的方案，远比庆喜想象的要缓和得多。这方案似乎只要庆喜做列藩会议的议长，其他对幕府的态度和要求似乎没有多大的改变。
英国大使听到这消息以为从此幕府一切权限都转移到天皇，日本将真正成为以朝廷为中心的国家。法国大使非常惊讶，立刻召集会议，研判的结果认为日本如果想要近代化，非将军莫属。
天皇密敕
大政奉还案相当缓和，与讨幕派有很大的距离。坚持讨幕的只有长州藩，其余的强藩都是两面赞成，但这时忽然出现了密敕——即天皇的诏书，文曰：
源庆喜，借累世之威，恃阖族之强，妄贼害之忠良，数弃绝王命，遂矫先帝之诏而不惧，跻万民于沟壑而不顾，罪恶所至，神州将倾覆焉。朕今为民父母，是贼而不讨，何以上对先帝之灵，下报万民之深雠哉。此朕之忧愤之所在，谅阖而不顾者，万不可以也。汝宜体朕之意，殄戮贼臣庆喜，以速奏回天之伟勋，而措生灵于山岳之安。此朕之愿，无敢或懈。
密敕庆喜的大政奉还的奏章同时到达，萨、长两藩暂时吧密敕收起，静观庆喜以后的动向。庆喜接到大政奉还案之后，本想以退为进，索性把将军的职位也辞掉。朝廷因此又将讨幕行动延期，各公卿很怕会打起仗来，决定召集十万石以上的诸藩主来京都开会。于是诸藩主中反幕派和拥幕派两方都调集大军，形成对峙局面。
导火索
1867年12月19日(阴历，下同)，占据京都的倒幕派在15岁的明治天皇的支持下发动宫廷政变，实行“王政复古”，也就是天皇从幕府收回统治权，下令剥夺德川家的将军之职，废除幕府制度，紧接着要求德川将军“辞官纳地”即交出统治地区。
战争本来就是倒幕派所希望的夺权手段。西乡隆盛和大久保利通曾表示：“二百余年太平旧习污染了人心，一旦动起干戈，反使天下耳目一新，中原弥定，构成盛举。决然一战，乃是死中求活的着眼点，最为紧要之务。”
但幕府不甘灭亡，1868年(农历戊辰年)1月1日，德川幕府发出《讨萨表》，以清君侧为名向倒幕派宣战，次日幕府军和佐幕各藩的军队便开始由大阪出发进军京都。鉴于兵力上的劣势，倒幕派依托京都采用战略防御态势。戊辰战争爆发了!