元末大乱，红巾军起事，迅速蔓延全国，各地被分封的元朝诸王，以及迁徙内地的蒙古人、色目人、钦察人，都被起义军全部杀光，元初分封内地的几十个诸侯王，全部破家灭门，忽必烈分封在中原的后裔，几乎被灭绝
公元1451年，蒙古太师也先击败脱脱不花大汗，全歼汗廷人马，俘虏大汗全部妻女，脱脱不花逃亡到岳父郭尔罗斯部首领沙布丹处，却被沙布丹擒杀，出卖亲哥哥的阿巴噶尔济也被也先卸磨杀驴，在宴会中连同护卫诸子一起杀光。紧接着，为了消除潜在威胁，也先开始政治大清洗，历时一年，“凡故元头目苗裔无不见杀”，死者数十万，几乎将忽必烈直系子孙斩杀殆尽，只有脱脱不花大汗的三弟满都古勒因逃到合赤温后裔领地得以活命。经过200年生息繁衍的成吉思汗留在漠北的黄金家族子孙，如今被连根拔起。
一切的障碍都已经排除，1453年夏，也先宰杀五头黑牛，九匹白马祭天，自立为汗，称为“大元天圣可汗”，年号“天元”。他终于完成了祖父和父亲都没能完成的心愿，成为蒙古历史上第一位非黄金家族的可汗。当然，他不会想到，自己也是最后一位。1年后，也先因为荒于酒色，恃强益骄，致其众日益离心，走散大半。景泰五年(1454)，也先在外出游猎途中，为部下阿剌知院知院等率领3万骑兵攻杀，瓦剌势衰。
只可惜。成吉思汗子孙黄金家族的厄运并没有结束，公元1634，东北林海雪原里崛起的后金攻灭蒙古察哈尔部，最后一位蒙古可汗林丹汗在逃亡途中病死于甘肃大草滩，次年，林丹汗之子额哲与母亲苏泰走投无路，“遂归降后金”。那块世代相传的传国玉玺，终于落到了皇太极手中。429年的蒙古帝国，364年的元朝，267年的北元，至此终结。作为亡国之君的林丹汗，也“享受”到了应有的耻辱，自己的八个妻子，全部被皇太极及其兄弟、臣子瓜分。1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚盛京沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达·彻辰汗”的尊号。同年，皇太极即皇帝位，改国号为“清”，改元崇德。
清朝的皇帝们对于投降者，倒是从来不吝啬怀柔之赏，额哲投降后被封为亲王，“位冠四十九旗贝勒之上”。1661年，额哲死，其弟阿布奈袭亲王爵位。阿布奈对于清朝甚为轻视，长达八年“不一朝请”，对于清朝公主为自己所生的儿子也不亲自抚养，连皇帝赏赐礼物时，都“不亲身一问”。这种无视皇权的行为，终于让康熙皇帝不能容忍，1669年将他拘押于盛京沈阳。同年9月，阿布奈长子布尔尼袭位，年方十六岁，比其父更轻视清朝皇帝，认为自己“即大元之后也，虽附于大国，由有帝号”。1673年12月，“三藩之乱”爆发，一时间海内喧腾，天下大乱。一直在暗中训练兵马的布尔尼与其弟罗布藏等原察哈尔贵族看到有机可趁，于1675年起兵反清。三藩在南，察哈尔在北，一个旗号”反清复明”，一个号召“光复大元”，康熙皇帝的郁闷可想而知。
三藩还远，而察哈尔与帝国心脏北京近在咫尺，必须尽快解决。康熙迅速以信君王鄂扎为抚远大将军，大学士图海为副将军率军镇压。布尔尼原以为自己高举大旗，蒙古各部都会望风而来，岂料各部归顺清朝40余年，早已经“亲如一家”，无人前来响应。孤立之下，率所部3000人与清军交战，寡不敌众而败，布尔尼兄弟逃走，不久便被追及杀死。
平定布尔尼叛乱之后，盛怒的康熙皇帝，将拘押在盛京的阿布奈绞杀，察哈尔汗室所有男性成员都被处死，并尽杀投降满清的所有北元皇室成员，不管参与叛乱与否，死者数千，传承400多年的蒙元皇室，自此灭绝。