印加人到达库斯科山谷，几个世纪以来建造了美洲最大的帝国Tawantinsuyu。Tawantinsuyu是6000年中安第斯文明的文化高潮，与秘鲁，玻利维亚，厄瓜多尔，哥伦比亚南部以及阿根廷北部和智利的现代国家重叠。与丰富的考古和文化证据相比，由于欧洲编年史家到来之前缺乏书写系统，前哥伦布时期的历史随着它与神话交织在一起而消失。
丢失的证据
关于印加血统的起源知之甚少，一些遗传信息可以帮助重建他们的部分历史。不幸的是，由于基督教征服者和调查官的宗教和政治迫害，被称为神的印加帝王的木乃伊和身体遗骸被烧毁并埋葬在不为人知的地方，所以没有直接的材料来研究他们的DNA。“因此，现在，只有现代印加血统家族的遗传分析可以提供一些关于他们祖先的线索”，第一作者遗传学家何塞·桑多瓦尔在秘鲁利马的圣马丁德波雷斯大学工作。
印加起源神话
在他们在库斯科山谷建立自己的首都城市之前，印加人的起源有两个基本的神话。一个是Manco Capac和Mama Ocllo，被认为是太阳神的孩子，也是文明的创始人的父母，他们来自喀喀湖，距离北玻利维亚和秘鲁南部约500公里，或多或少是蒂瓦纳库帝国存在的地区几个世纪前。
第二个神话讲述了四个具有神力的阿亚尔兄弟从库斯科以南50公里的Paccarictambo地区的一座小山内的洞穴中出来，其中只有一个Manco抵达库斯科山谷。关于统治者的继承(12至14岁)，大多数编年史家只提到一个父系遗产，但其他作者认为这是一个复杂的军事和行政技能选择，不一定选择以前的印加人的儿子。
遗传学可以与神话相匹配吗?
“在第一种情况下，预计将出现一个独特的父系群。在第二种情况下，两种或更多的父系模式将是明显的”，资深作者，遗传学家Ricardo Fujita也在Universidad de San Martin de Porres说。
研究小组包括历史学家罗纳德·埃尔沃德(Ronald Elward)，他研究了十二个印加贵族家庭的文献，并从征服者时代到他们当代的后代。
Y染色体和mtDNA的标记用于这些家族的遗传分析，并与来自秘鲁，玻利维亚，厄瓜多尔和巴西的2400个本地个体的数据库进行比较。“结果显示，两个创始人的生活方式独特，他们生活在公元1000年至1500年之间，这是前蒂瓦纳库(南部)和瓦里(北部)当代帝国衰落之间的时期，以及几个世纪后印加帝国的崛起”来自巴西贝洛哈里桑塔的米纳斯吉拉斯联邦大学的遗传学家Fabricio Santos说：
第一个名为AWKI-1的父系单倍型(awki意为克丘亚语中的皇太子)是在早先的2个印加人Yahuar Huacac和Viracocha的下降家族中发现的。在库斯科以南的居民中也发现了相同的印加后裔模式，主要是在秘鲁的艾马拉斯和玻利维亚。
名为AWKI-2的第二个父系单倍型是在最近的印加人Huayna Capac的后代中发现的，他们是两兄弟(Huascar和Atahualpa)的父亲，他们在征服者到来时正在与帝国进行兄弟般的战争。桑托斯博士说：“AWKI-2也出现在安第斯山脉不同地区的数十人中，偶尔也会出现在亚马逊地区，这表明人口扩张。”
“除了圣塞巴斯蒂安和圣杰罗尼莫之外，AWKI-1，AWKI-2的大部分位置都在库斯科以南，包括喀喀湖和邻近的Pacaritambo盆地，与印加人的两个基本神话一致”里卡多说藤田补充说，“可能在与最终目的地库斯科同一旅程的不同时间拍摄两张照片”。罗纳德·埃尔沃德说：“同样值得注意的是，在这些当代印加贵族家庭中，自哥伦比亚时代以来就存在着一种连续性。”
对其mtDNA的分析表明，一种高度变化的母系标记，其对应物遍布安第斯山脉，反映了高遗传流动。“这可能反映了库斯科贵族与全国各地王国和领主的女儿之间的婚姻安排的政治联盟”何塞·桑多瓦尔说。
正在进行的分析
这项工作是该团队通过Genetics重建南美历史的几项研究的延续，并且还得到了Fabricio Santos在南美领导的Genographic Project(Geno 1.0)的资助。两部出版的作品包括Uros独特的古老根源，喀喀湖浮岛的人和秘鲁亚马逊的Quechwa-Lamistas。
现代Uros是艾马拉人，有些人认为是来自艾马拉族的人，他们生活在浮岛上，从旅游业中获益。然而，该团队表明他们是遗传孤立的人，他们失去了原来的Uros语言，转而使用更广泛使用的艾马拉语。另一方面，Kechwa-Lamista是亚马逊人，他们讲安第斯克丘亚语，他们被认为是印加人的前敌人安第斯查卡的后裔，并被他们追逐到亚马逊。DNA表明他们实际上是天主教徒聚集的语言不同的亚马逊人的后代，他们被教授克丘亚语(由安第斯山脉的传教士学习)以获得更好的传福音。
“在某些情况下，遗传学向我们展示了与官方历史不同的东西。在历史记录中没有书写或写得不好的东西，可以通过我们的DNA中所写的东西来揭示。” Ricardo Fujita总结道。“这项研究只是尝试解决最显着文明之一的几个谜团的冰山一角。一个印加君主身体遗骸的DNA，或者一个生活在西班牙殖民统治开始时的直系后裔的DNA更加确定印加血统，我们的团队期待它“宣布何塞桑多瓦尔。