玛雅人起源于何地，至今仍是一个难解之谜。其起源众说纷纭，至今难以定论。有几种说法：某个国家的移民，或者是“失落的部族”后裔，甚至是外星人的后代等。这种说法令人费解，如国家的原体从何而来，外星移民的相貌问题等，都成为考古史上的谜团。
据《契兰·巴兰》一书记载，玛雅人历史可分为三个时期：前古典期(公元前1500—公元292)，其特点是中美各群体形成共同文化，农业发展，开始定居生活;古典期(公元292—900)，开始有象形文字、石碑、庙宇等，中部地区有大规模发展，出现神权政治，晚期北方文化发展并达到鼎盛时期;后古典期(公元900—1527)，在其前期(公元900—1250)，南部和北部出现文化变革，托尔特克人到达中部高原并实行政治统治，将其宗教、礼仪、习俗强加于玛雅人，建立玛雅城，由科科梅家族进行统治;在北部地区，玛雅文化和托尔特克文化融合，产生著名的玛雅潘文明。在后期(1250—1527)，玛雅中心相继遗弃，政治解体，出现一些小城镇相互斗争。1519年西班牙殖民军将领H.科尔特斯征服了尤卡坦和危地马拉，塔亚斯卡尔的伊察人由于地处偏远和反抗西班牙殖民者，长期保持自治，直至1627年整个玛雅地区被征服。
公元前后至16世纪，建立若干奴隶制城邦，产生社会等级，分贵族(包括祭司、统治官吏、军事首领和商人)和平民(包括工匠、农民和奴隶)。实行分权治理，酋长管辖几个中心，农村居民组成公社，保存氏族制度的许多残余。行自然崇拜，尤其崇拜“太阳神”和“雨神”，以守护神“伊察姆纳”为最高神灵。从事刀耕火种农业，种植玉米(主食)、菜豆、南瓜和块根植物，饲养火鸡和狗等。公元初创造象形文字和历法，发明20进位制。在数学、天文学方面有较高成就。制陶、雕塑、绘画造诣极深。采用拱形建筑(梯形金字塔、宫殿、拱门等)。古代文明中心有蒂卡尔(在危地马拉佩腾省)、帕伦克(在墨西哥的恰帕斯)和科潘(在洪都拉斯)。现代玛雅人分布很广，具有共同的社会文化特征。西班牙殖民者入侵后，玛雅人受到不同程度的同化，已同所在国的居民基本融合。由于所在国历史、社会、文化、经济背景不一，各国玛雅人在文化等方面各具特色。
公元250年玛雅人开始兴起，至公元900年的这段时期，考古学家称之为玛雅文化的古典时期。玛雅文明在极盛时期包括40多个城市，每一城市都有5,000—50,000人的人口。主要的城市有蒂卡尔(Tikal)、瓦哈克通(Uaxactun)、科潘(Copan)、波拿帕克(Bonampak)、双柱城(Dos Pilas)、卡拉克穆尔(Calakmul)、帕伦克(Palenque)及里奥贝克(Rio Bec)等。玛雅人口最多时达1500万，其中大多数居住在今危地马拉的低地区。
公元900年之后，古典时期的玛雅文明急遽衰落，许多大城市和祭祀中心人烟绝迹。衰落的原因至今未明。
后古典时期，尤卡坦半岛高地区内的奇琴·伊察(Chichen Itza)、乌斯马尔(Uxmal)和玛雅潘(Mayapan)等城市，在低地区城市人口减少之后，仍然持续繁荣了几个世纪。
16世纪初西班牙人征服这一地区时，多数玛雅人定居村庄，遵守祖先宗教仪式。