纳芙蒂蒂在阿蒙诺菲斯三世之子阿肯那顿就位第四年时与他成亲。当时她约莫15岁，而阿肯那顿也至少有14岁。由于他们两人的结合，这位貌美如花的女子一跃成为埃及有史以来最具权势的女性君主之一。她受到众人的敬爱、崇仰与膜拜。在所有重要的场合中，她随时伴随君侧-她所享有的地位几乎等同于法老王本人。但，突然地，这一切却告无疾而终。直到今日为止，没有任何证据能显示出纳芙蒂蒂神秘失踪的真正原因。在此之前，她的遗骸咸认已不可追查。
纳芙蒂蒂的出身到底为何?
这位美丽的皇后，其出身背景也同样的引人疑窦。有一派学说认为，她有可能是米坦尼公主塔杜赫芭(Tadukhepa)，原先是许配给阿蒙诺菲斯三世，后来却嫁给了他儿子。另外一派学说认为，纳芙蒂蒂乃是阿蒙诺菲斯三世与一名宠妾结合所生。这样一来，阿肯那顿与纳芙蒂蒂便成了同父异母的手足。但是这个理论不可尽信，要不然纳芙蒂蒂就会享有“法老王之女”的封号，但事实却非如此。
还有一种学说认为纳芙蒂蒂是提伊(Ti，也拼做Tiy)与艾伊之女(Ay，也拼做Aya)。根据此理论，她的父亲会是在阿蒙诺菲斯三世朝廷中身居要津的官员，后来更成为了阿肯那顿的心腹。
根据这个在埃及学界流传渐广的理论，纳芙蒂蒂出身自埃及社会中的最高层。然而提伊或许不是这位美貌皇后的生母，根据证据显示提伊很有可能是她的奶妈。
纳芙蒂蒂与阿肯那顿法老王两人携手进行重大的宗教及文化改革。他们最背离传统的一点在于他们摒弃了埃及自古以来的神祈，并全心供奉太阳神阿顿。
阿肯那顿在位后第15年，法老王夫妇两人将皇居从底比斯迁移至阿克特阿顿(阿克特阿顿)，意即“阿顿神荣光之地”，但以其阿拉伯文名“阿玛纳”更为人熟知。就算在传统上为阿蒙神信仰中心的卡纳克，也纷纷建筑新的庙宇来崇敬太阳神。
这些庙宇里装饰有许多纳芙蒂蒂的肖像，而由于她也是君主，因此她另外有一个皇室封号“纳芙纳芙鲁阿顿”(Neferneferuaton)，意思是“阿顿神完美无瑕”。
纳芙蒂蒂是埃及有史以来在寺庙里与纪念碑上出现次数最多的皇后，堪称空前绝后。这位美貌的皇后很有可能甚至位居大祭司一职，而传统上此职位是仅有法老王能够担任的。
然而于阿肯那顿在位的末年，纳芙蒂蒂却从图画与浮雕上消失了，取而代之的是她六名女儿中的梅莉特阿顿(Meritaton)和安海森帕阿顿(Ankhesenpaaton)。
皇后的下落到底如何呢?长久以来，研究人员相信纳芙蒂蒂因为失宠而被阿肯那顿逐出王室。或许这是因为她无法生育男性子嗣的缘故吗?另外也有学说认为法老王夫妇两人遭到人民叛变而被推翻，因为人民将阿顿神信仰视为异端邪说。的确，图坦卡门于1333年继承王位后，任何唤起阿肯那顿与纳芙蒂蒂记忆的事物都遭到有系统的抹灭。 直到今天为止，在阿克特阿顿的陵墓里，只发现了与阿肯那顿有关的丧葬物品，这显示了纳芙蒂蒂从未下葬于该地。皇后的官方死亡纪录也不可考。