“日本人的起源在哪里?”是困扰世界人类历史学的一大著名“未解之谜”。除了传统日本人自认为是“神国后裔”之外，主流观点认为如今的日本主体民族应该是从中国和朝鲜过来的移民。不少日本的名门大族也认为自己是中国或者朝鲜的帝王后裔，其中就包括秦始皇。
根据日本的传说，大约在应神天皇十四年(283年)，秦始皇的子孙后代弓月君(中国正史查无此人)移民日本，是为东瀛秦氏的祖先。弓月君的子孙秦河胜后来得到了圣德太子的重用，东瀛秦氏开始发展壮大。
大约几百年后，秦河胜的第二十六世孙之一秦能俊移居四国岛长冈郡宗我部乡，便正式定家族苗字为“宗我部”。后来在源平合战的时候，宗我部家族立下大功，领地由原来的一乡增加为“长冈”和“香美”两郡。宗我部也就因此分为“长宗我部”和“香宗我部”两个分支。
到了日本战国时代，长宗我部开始快速崛起。经过长宗我部国亲、长宗我部元亲父子两代的艰苦奋斗，长宗我部家族几乎占领整个四国岛，领地到达一百多万石(年总收入，当时日本领地大小的评价标准)，成为日本战国时代的著名枭雄之一。
但长宗我部家族在四国的快速扩张，引起了霸主丰臣秀吉的警觉，而长宗我部此时又错误地支持了丰臣秀吉的对手德川家康，最终促使丰臣秀吉发动了四国征伐。在丰臣秀吉压倒性的实力面前，长宗我部家正式臣服于丰臣秀吉，并交出了绝大部分的领地，只保留了起家的土佐。
之后长宗我部在丰臣秀吉的命令下参加了对九州岛津家的征伐，结果损失惨重，连长宗我部元亲的长子、最中意的继承人长宗我部信亲都战死沙场。信亲之死给元亲造成了巨大打击，从此性情大变，长宗我部家也因为内斗纷争开始衰落。
庆长四年(1599年)丰臣秀吉死后几个月，长宗我部元亲也因病而死。四子长宗我部盛亲继位后，一方面家中更是不稳，另一方面决定整个日本归属的大战——关原合战此时也摆在了盛亲的面前。而在多种因素的作用下，盛亲决定加入石田三成领导的西军。
结果关原合战以西军的彻底失败结束。长宗我部盛亲虽然在关原合战时全程划水，但依然被德川家康利用长宗我部家的内乱没收了全部领地，作为地方大名(诸侯)的长宗我部家从此灭亡。长宗我部盛亲也开始了长达十几年的软禁生涯。
庆长十九年(1614年)，长宗我部盛亲逃离软禁地，加入大阪丰臣家一方，作为“大阪五人众”与德川幕府军作战。结果大阪之阵丰臣家彻底灭亡，长宗我部盛亲与他的五个儿子也全部被德川幕府处死，长宗我部本家就此断绝。