圣伊格纳西奥教堂坐落在菲律宾首都马尼拉的历史城墙中心-内特鲁罗斯的边界内。这座教堂是由老建筑师费利克斯·罗卡斯设计的，于1899年完工。它的故事在许多动荡时期交织在一起。
耶稣协会及其成员耶稣会，决定在两个不同的城市建立两个教堂。这两座教堂都是献给耶稣协会的创始人、西班牙牧师罗约拉的圣伊格纳丢(St.Ignatius)的。他被称为社会的“父亲将军”，但也被称为“黑人教皇”。
第一座教堂矗立在马尼拉市大学所在的地方。第二座教堂矗立在马尼拉罗马天主教大主教教区的宾馆旁边，靠近帕拉西奥·阿尔佐比斯帕尔(PalacioArzobispal)，这是马尼拉大主教目前使用的官邸。
从1587年到1879年，第一座教堂的所在地已经在这个地区建造了三座教堂，历时292年。第一座教堂在1587年奠定了它的基础，由建筑师Gianantonio Camtili设计，他也是耶稣协会的成员。
教堂建设的资金由唐·加布里埃尔·德·里贝拉(DonGabriel De Ribera)捐赠，他是西班牙前上诉法院的一名法官，名为“皇家有声教堂”(Royal Auencias and Chancillerías)。
除了瓦屋顶外，教堂完全是用木材建造的。三年后，它开始建设，第二个教堂在现场开始，这一次使用石头。第一座教堂花了45年才建成，而第二座教堂只用了六年就完工了;它的建造始于1590年，1596年完工。
这座石头教堂是献给耶稣的祖母圣安妮的。教堂建成仅仅四年后，菲律宾就遭受了毁灭性的地震，教堂遭到严重破坏。
1626年，第三座教堂被建在这座教堂上：两座教堂中的一座是献给洛约拉的圣伊格纳修斯的。建筑工程于1632年竣工。
随着岁月的流逝，菲律宾耶稣会士的人口逐渐减少，到1768年，教会开始恶化。1852年9月6日，菲律宾再次发生强烈地震，严重破坏了教堂。只有钟楼和部分的内殿是站着的。
有一段时间，教堂的遗址被用作军事大院。美利坚合众国第31步兵团的总部设在现场。
1879年，耶稣会士被授权使用上一座17世纪教堂的旧石头建造一座新教堂。老费利克斯·罗克斯被要求建造这些设计。内部和雕像是伊莎贝拉·坦平科的作品。教堂的内部大部分是木制的。
讲坛和祭坛都是奥古斯丁·赛兹和坦平哥工作室的作品。当时，萨伊兹曾任马尼拉艺术学院院长，并在市议会。
1889年，教堂终于建成并繁荣起来，直到1945年马尼拉战役爆发。在战斗中，大约10万平民丧生，教堂连续四天被烧毁，最后被彻底摧毁。
事情解决后，马尼拉市获得了教堂的所在地。自那以后，该房产被用于许多不同的用途，包括一个仓库的位置，甚至一个篮球场。
最近，教堂进行了大规模的翻修，目前的计划是将教堂改建为博物馆。