莫登庸权势日炽，欲控制黎昭宗，派女儿进入宫中服侍黎昭宗，实际上是监视黎昭宗的一举一动。莫登庸封其长子莫登瀛为毓美侯，掌金光殿;莫登庸本人出行的时候则僭用皇帝的仪卫。署卫阮构、都力士明山伯阮寿、覃举等人反对，莫登庸杀之。黎昭宗不能忍，1522年，黎昭宗与范献、范恕等人密谋，与西京的郑绥秘密相约讨伐莫登庸，不久黎昭宗也只身逃出升龙，来到山西明义县的梦山中躲避。莫登庸得知后，派黄惟岳前往追捕，黎昭宗发兵抗拒，黄惟岳被杀。与此同时，莫登庸召集群臣，声称黎昭宗被奸臣劫持到外地，拥立昭宗的弟弟黎椿为帝，改元统元，是为黎恭皇。
黎昭宗在山西的时候本来前来勤王的势力很大，但由于听信宦官范田的谗言导致人心涣散。而郑绥的部将阮伯纪前来参谒，范田恐其争权，怂恿黎昭宗将其杀死。郑绥十分恼火，发动兵变，将黎昭宗劫持到了清化。
莫登庸遥废黎昭宗为陀阳王，并屡次挟持黎恭皇进攻郑绥和黎昭宗。1524年，黎恭皇晋升莫登庸为平章军国重事、太傅、仁国公;1525年莫登庸又被封为都将、总率天下水步诸营，在清化一举攻灭了郑绥的势力，擒获黎昭宗，押往升龙囚禁。次年莫登庸指使沛溪伯范金榜将黎昭宗杀害。
此时莫登庸的党羽遍布朝中，莫登庸决定篡夺皇位。早在1524年被任命为平章的时候，莫登庸就奏请封陈真的儿子陈实为弘休伯，试图寻求陈真余党的支持。到了1527年，在莫登庸的授意下，朝廷派人前往莫登庸的祖籍地宜阳古斋社，给莫登庸加九锡，封安兴王。不久又炮制了一首颂扬周公辅佐周成王的诗。莫登庸从古斋前往升龙，在他的授意下，群臣建议黎恭皇禅位。武睿等忠于后黎朝的大臣不服，辱骂莫登庸，皆被杀。
受禅称帝
1527年4月，莫登庸接受了黎恭皇的禅位，成立莫朝，改元明德，黎恭皇被废为泰王。不久胁迫黎恭皇与太后郑氏鸾一起自杀。莫登庸封莫护(原名武护)为靖国公、中官阮世恩为莅国公，以他们为左辅右弼。莫登庸怕生变乱，因此在篡位之初一切遵守后黎朝的法度，试图寻求后黎朝遗臣的支持。可是大多数后黎朝功臣子孙多逃窜外国或隐姓埋名，有的甚至聚众成匪。阮弘裕的儿子安清侯阮淦率其子弟逃往哀牢(老挝)，国主乍斗将其安置在岑州，图谋恢复后黎朝，后来成为了莫朝在国内最大的敌对势力。次年，莫登庸认为天下逐渐趋于太平，方才开始改革兵制、田制、禄制、地方官制。
1529年，莫登庸以年老为由让位给儿子莫登瀛，自称太上皇，退隐到了宜阳县古斋的祥光殿，以渔为业，遨游自乐。事实上，莫登庸退隐到古斋时仍遥控着莫朝的朝政，其真正目的是为了为其子莫登瀛的外援。
后黎遗臣复兴运动
1530年，清化人黎意自称后黎朝宗室的外孙，在椰州起兵，宣布恢复黎昭宗的光绍年号。后黎朝遗臣纷纷投奔其麾下，短短旬月之间各郡县纷纷响应，兵至数万人，屯兵马漆江。太上皇莫登庸亲自征讨，但屡战屡败，只得退回升龙，留太师麟国公莫国桢防御。莫国桢退守宋江。
黎意的势力越来越大，攻入了西都城。莫登瀛得知此事，率军亲征，与莫国桢合兵击之，被黎意大败。此时黎意声名大振，退往椰州享乐。莫国桢得知黎意无备，率师偷袭，将其擒获，车裂于升龙。黎意的残部逃往哀牢投奔阮淦，使阮淦势力得到壮大;同时阮淦找到了一位名叫黎维宁的人士，自称是黎昭宗之子，将其立为皇帝(是为后黎庄宗)，试图让其归国复位。
为了防止后黎朝遗臣的叛乱，莫登庸下令收缴全国百姓手中持有的枪剑及尖刀等武器，违者依法论处。这在一定程度上使莫朝的治安状况有所好转，出现了“道不拾遗、外户不闭”的情景。