早在1522年的时候，黎昭宗出逃山西，黎昭宗的母亲郑氏鸾与弟弟黎椿(即后来的黎恭皇)都未及随行，留在了升龙。郑氏鸾派人秘密出使明朝，通告了莫登庸驱逐国主之事。当时嘉靖帝刚刚继位，派遣编修孙承恩、给事中俞敦诏谕其国，但在龙州听说安南大乱，只得返回。1525年，黎昭宗遣使赴明朝贡并请求册封，希望得到明朝的支持，但被莫登庸阻止。次年莫登庸贿赂钦州判官唐清，要求为其所立的傀儡黎恭皇请求册封，但唐清被两广总督张嵿逮捕入狱，册封之事成为泡影。
1528年，莫登庸篡夺后黎朝皇位之后，遣使赴明廷，声称后黎朝子孙灭绝，无人可以继承皇位;临终前嘱咐让大臣莫氏权管国事。同时宣称莫氏得到了群臣拥戴和百姓的拥护，请求明廷册封其为安南国王。嘉靖帝派人暗中前往安南访查，得知莫登庸系篡位，因此暗中访查黎氏子孙，并痛骂了莫朝的使者。莫登庸畏惧，重金向明朝进贡，双方关系方才和缓。此后不少后黎朝遗臣逃亡明朝通告其篡位之事，请求明廷协助恢复后黎朝，都因莫登庸通过向边境官员行贿而失败了。
1533年，流亡哀牢的后黎庄宗黎维宁策划重建后黎朝，同时派遣郑惟僚出使明朝，自称世孙，通告莫登庸篡位之事。1537年，嘉靖帝下令列举了莫登庸十大罪，令户部侍郎胡琏、高公韶前往云贵、两广调度军粮，以咸宁侯仇鸾总督军务、兵部尚书毛伯温参赞军务，以都督佥事江桓、牛桓为左右总兵，准备发兵征讨安南，但在严嵩、张瓒等人的劝说下取消了计划。不久云南巡抚汪文盛抓获了莫朝的间谍，这使嘉靖帝大为震怒，下令依照原来的计划征讨安南。汪文盛传檄安南，若有擒获莫登庸父子者，赏赐官爵及白银万两;同时下书莫登庸处，称若其能够投降，即赦免其罪。
得到此消息后，莫登庸派遣阮文泰出使明朝，献表请降。1540年，莫登庸留皇帝莫福海守国(此时莫登瀛已逝世，子莫福海继位)，自己与侄儿莫文明以及大臣武如桂、杜世卿、邓文值等四十余人自缚，经过边境的镇南关(今中越边境的友谊关)，前往汪文盛的军中投降，顿首认罪;并献上地图和金银珠宝等物，请求内属明朝的钦州。同时割让高平一带的安广、永安州、澌浮、金勒、古森、了葛、安良、罗浮诸洞土地给明朝。明朝遂取消了进攻计划。
莫登庸派遣阮文泰、许三省等人赴燕京献表投降，明将毛伯等人也来到燕京，奏称莫登庸投降之事。嘉靖帝准其投降，令广西布政司颁赐《大统历》，封莫登庸为安南都统使，子孙世袭此职，安南内政悉听其管理。
与此同时，后黎庄宗派遣阮淦、郑检、郑公能、赖世荣等人已经攻取了西都清化，占据了南部的大片土地，在西都重建后黎朝。后黎朝的遗臣纷纷前去投奔，支持后黎朝的莫朝地方官员也纷纷倒向后黎朝，越南进入了南北朝时代。
1541年，莫登庸逝世，皇帝莫福海(莫宪宗)开始亲政。死后庙号太祖，谥号仁明高皇帝，葬安陵(An L?ng)。
由于莫登庸篡夺了后黎朝的皇位，后来又向明朝归还了很小部分越南侵占中国的土地，传统越南史官不承认莫氏皇位的正统性，并且给予莫登庸非常差的评价。近代越南历史学家陈仲金对其评价也不好，称他为乱臣贼子和卖国贼。越共学者们对莫登庸的评价依然非常差，污蔑莫登庸投靠外国，“非常无耻”。