迄今为止，长崎蛋糕作为与城市同名的特色点心，已经传遍了日本和台湾等地。尽管外表看上去非常普通，口味也是平淡无奇，但它却是远东历史上最悠久的西点。
长崎蛋糕的发源地在16世纪的西班牙
长崎蛋糕最初源自文艺复兴时代的宫廷茶点。大约在16世纪中期，热那亚共和国的贵族帕拉维希尼一直久居西班牙。随他一同客居伊比利亚的糕点师乔巴塔，在马德里的宫廷里研发了世界上首款海绵蛋糕。
顾名思义，海绵蛋糕就是看上去像一块海绵那样。在原材料上基本只需要面粉、鸡蛋、黄油和糖，再经过了发酵和烘焙的脱水处理，制成比较松软的口感。
今天常见的蛋糕最初也是宫廷的贵族食品
当时的意大利人，在饮食方面已经走在了整个基督教欧洲世界的前列。以航海与银行业为主要收入来源的热那亚共和国，又是不会缺钱的地方。当地的贵族便热衷招募手艺高潮的糕点师，为自己不断雕琢口味更棒的食品。由于共和国的银行家们的主要借贷对象是西班牙国王，所以就会有代表常驻马德里，方便联络沟通。同时催促西班牙人将更多的美洲白银运到热那亚的金库里，保证巨额资金流的正常运转。
结果，明明是意大利人研发的新式蛋糕，开始以“卡斯蒂亚面包”之名流传开来。其中就包括了半岛西部的葡萄牙王国。
文艺复兴时代的热那亚 就是西班牙帝国的央行
16世纪中期的葡萄牙，也是世上数一数二的海洋贸易大国。不少小贵族和城市资产阶级的非长子，都会登上海船远航。期望在巴西、非洲、印度或南洋之中的任何地方致富。新式的“卡斯蒂亚面包”也被他们带上了船。相比很多制作复杂而不易保存的贵族食品，海绵蛋糕因为在制作时已经完成了脱水，所以能放置更长时间。对于食材贫乏的远海旅行而言，已经是难能可贵的口感享受了。
长崎蛋糕的直系先祖 原版葡萄牙蛋糕
由于葡萄牙并没有西班牙人手里紧握的美洲巨额银矿储量。仅仅靠从欧洲邻居赚钱速度，远远不能满足海运业及相关保障领域的花销。好在他们发现了远东的日本列岛，以及堪称世界上储量最大的银矿--石见山。
长崎与石见银矿 撑起了近代早期的日本贸易
通过协商和交易，葡萄牙人在1571的获得了长崎附近的一片渔村作为留居地。到了1580年，葡萄牙人正式获得了当地的管理权，成立了类似澳门的长崎自由市。大量的葡萄牙人便从马六甲赶来，通过澳门抵达长崎，很多人索性在当地安家落户。原本只是少量进入日本的“卡斯蒂亚面包”就这样开始在远东的海边就地制作。那些受雇于葡萄牙人的日本厨师，成为了第一批制作长崎蛋糕的日本人。
然而，随着日本内部政局的变化，长崎自由市在1587年便戛然而止。基本统一日本各地方势力的丰臣秀吉，下达了抵制基督教的法令。受到如影随形的耶稣会传教士牵连，葡萄牙人在长崎的留居权也被取消。原本的常驻人口，就成为了偶尔光临的南蛮外番。他们雇佣过的日本厨师，开始进入本土市场谋生路。
葡萄牙人走后 长崎蛋糕进入了独立发展阶段
德川幕府建立后，长崎蛋糕开始发生变化。为了适应本土人的口味，糕点师在制作过程中会加入不少糖分。由于糖在当时还不是廉价调味品，所以这种原本由海员传来的大众食品，又逐步朝着贵族食品的方向发展。诸如抹茶和红糖这样的本地化调味品，也逐步被加入了长崎蛋糕的配方。至此，长崎蛋糕在很大程度上已经脱离了原先的“卡斯蒂亚面包”，成为一种独立的糕点。
有意思的是，在名为“卡斯蒂亚面包”的海绵蛋糕东传时，首先落脚的不是日本。所以，一直到今天为止，远东地区还有一款日本长崎蛋糕的兄弟糕点。
在南洋地区，葡萄牙人的马六甲基地是远比长崎自由市要稳固的地盘。众多来自欧洲和亚洲本地的商船，经常要在当地出没。更多亚洲人口也逐步接触了海绵蛋糕，也就掌握了制作手法。那早期下南洋的广东移民，就是其中之一。
但在传统中华美食中，并不存在烘焙手艺。因而，制作者经常以制作馒头的方式进行蒸煮。尽管原料依然是源自欧洲的面粉、鸡蛋、黄油，但最后的成果却更像是馒头而非蛋糕。这种异常奇异的食品，在清末又被传入了门户开放后的广东，获得了“马来糕”的称呼。
最后，更加本土化的猪油或牛油取代了原版的黄油，成为了广东茶点中的经典--马拉糕。
在欧洲本土，长崎蛋糕的远亲们，又经历了各种升级与发展。其中最有名的莫过于英国人爱吃的马德拉斯蛋糕。由于18世纪的英国人，经常用产自葡萄牙马德拉群岛的酒来配盘子里的蛋糕，因此有了这样阴差阳错的新名字。
继续在远东独立发展的长崎蛋糕，则在日据时代又进入了台湾。由于大受台湾人的欢迎，长崎蛋糕再次进行了本土化变革，在制作时加入了大量的蜂蜜，以增加舔味口感。