建文帝的心慈手软最终葬送了自己的江山，燕王反后，建文帝仍念及叔侄之情，不愿背上杀叔的罪名，曾嘱咐手下大将万不可伤害燕王，结果这道诏命几次救燕王于危难之中，燕王打进南京城后，建文皇帝仓皇逃亡，从此下落不明，朱棣登基之后，为了尽快找到建文帝，曾多次派人暗中打听，据说当年他派郑和下西洋其中一个主要目的就是为了找到建文帝，了却自己这块心病，关于建文帝的下落历史上有很多种传说，按朱棣篡改正史的说法是建文皇帝死于宫中大火：
“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”。《明史·恭闵帝本纪》
“上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶!”(《太宗实录》)
“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”(《补本》)
“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上!”。(《明史纪事本末·建文逊国》)
然而这种说法并不可信，因为在民间还有很多建文帝曾经留下的遗迹，而当年的朱棣为了及早登基只能宣布建文帝已死，来使自己登基顺理成章，那么朱允炆到底去哪里了呢?最终又在哪里去世的呢?被燕王朱棣赶下皇位的朱允炆真的甘心平淡过完此生吗?真的像后世传闻那样削发为僧从此不问世事了吗?清代的著名学者赵翼就曾经提出：建文帝出亡之后浪迹西南。而在前几年考古学家在安顺崖壁上发现了一块高大的红崖天书，这块红崖天书高6米，长10米，是用铁红色颜料写成的文字。
数百年来据说无人能够看懂这块天书上所写的内容，因为天书上的字十分奇怪，仿佛是用了多种书法混合而成的笔迹，然而在前几年经过专家们的苦心研究终于破解了红崖天书的内容，这块天书大约写于公元1406年，也就是建文皇帝出逃的第四年，其中内容就是建文皇帝写的《伐燕诏檄》，全文直译为：“燕反之心，迫朕逊国。叛逆残忍。金川门破。杀戮尸横，罄竹难书，大明日月无光，成囚杀之地。须降伏燕魔，作阶下囚。丙戌(1406年)。甲天下之凤凰(御制)。”
朱棣篡位之后，对宫内势力进行了大清洗，连建文皇帝身边的宫女也不放过大加残杀，建文帝的忠臣方孝孺、黄子澄等人的家眷也惨遭蹂躏，“齐泰姊及外甥媳妇，又黄子澄妹四个妇人，每一日一夜，二十余条汉子看守着蹂躏……奏请圣旨，奉钦依：“由他!”可见朱棣刚刚登基时对方孝孺和黄子澄恨到了何种程度，而建文帝听闻此事也不禁怒火中烧，在万分愤怒之下才在安顺的崖壁上写下了这样一段《伐燕诏檄》，后来在《中国名胜词典》上记载：建文帝1403年到云南避难，并在狮子山附近的寺庙中削发为僧。
在寺内大殿的柱子上还留有当年建文帝留下的一副对联 ：“僧为帝，帝亦为僧，数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧;叔负侄，侄不负叔，八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高。”这副对联道尽自己祖孙三代的辛酸往事，也证明建文帝当时并非像后人所说的那样安心念佛，只是迫不得已以出家为掩护，来从事反燕斗争，后来复国无望，或与朱棣派来的使者达成了协议才放弃了夺回帝位的想法，如今600多年已经过去了，建文帝和朱棣早已化为了两具枯骨，究竟谁是谁非只能留给后人去评论了!