各州以及邦联的新政府面临着一系列的巨大挑战：组织军队，给军队提供所需给养和设备，筹备战争资金。没有了殖民地赖以生存的英国市场，提供战争必需品变得非常困难，从战争开始到战争结束，军需品的短缺问题一直存在。
美国有很多的枪支制造商，但他们远远满足不了战争对枪支弹药的需求，更不用说满足独立战争对重型武器的需求。虽然大陆会议于1777年在马萨诸塞州的斯普林菲尔德(Springfield)建立了兵工厂，但美国人自己制造的武器只能满足军备需求的一小部分，他们主要依赖于从英国军队缴获的武器，而他们的战争补给大多来自欧洲国家，主要是法国的支持。
为战争提供经费的确是最棘手的问题。大陆会议没有权力直接向民众征税;它只能征用各州政府的资金。而美国金属货币紧缺，各州政府和大陆会议一样无能为力，每个州只能上缴一份很小的税额，再没有多余的财力。大陆会议试图通过出售长期债券筹集资金，但很少美国人能买得起，而那些能买得起的人更愿意投资如掳获商船之类的更有利可图的风险行业。最后，政府别无选择，只得发行纸币。货币被大量印刷和重复地批量发行，各州也印刷了大量纸币。
美国独立战争
结果可想而知，当然是通货膨胀，物价飞涨，纸币的价值大跌。很多美国农民和商人开始愿意与英国人做生意，因为英国人可以支付金币和银币。1777年到1778年的冬天，乔治·华盛顿的军队之所以在福吉谷遭遇严峻的食品短缺，其主要原因之一是许多费城商人不把粮食卖给他们)。大陆会议反复尝试阻止通货膨胀的蔓延，但屡次尝试均以失败告终。最后，新成立的美国政府只能通过从其他国家大笔借债来为战争提供资金。
1775年第一次爱国热潮平息后，没有几个殖民地人自愿服兵役。结果，各殖民地只好采取规劝和强制的手段：通过提供奖励吸引和招募新兵。但即使招募到数量巨大的民兵，也都归属各殖民地自己控制。大陆会议很快意识到这种分散式体制的弊端，于是着手加以纠正，结果初见成效。1775年春天，组建了只有一个总司令的大陆军。43岁的弗吉尼亚种植园主乔治·华盛顿，曾在法国与印第安人战争中统帅殖民地军队，比任何其他本土出生的军官都经验丰富，而且他很早就主张独立，更为重要的是，他受到所有“热爱家园者”的崇拜、尊重和信任。所有代表一致同意选举乔治·华盛顿为大陆军总司令，后者于1775年6月开始走马上任。
美国独立战争
大陆会议的选择是正确的。整个战争期间，华盛顿忠于职责，尽管遇到常人难以克服的困难和挫折，也没有气馁。由于士兵的口粮一直很少，待遇很低，他必须处理好军队的士气问题;1781年，在宾夕法尼亚和新泽西的军队中就曾发生士兵的公开叛乱。而华盛顿的“雇主”大陆会议似乎对于给他补充人力和物力不感兴趣，反而对于干涉他的军事指挥行动很感兴趣。
华盛顿作为一名军事指挥官有一些弱点。但最终他成为了一位伟大的战争领袖。在一些外国军事专家，如法国的拉法耶特(Lafayette)侯爵和普鲁士的施托伊本男爵(Baron von Steuben)的帮助下，华盛顿成功地组建了一支不到一万人的军队，这支部队与各州民兵并肩战斗，最终打败了当时世界上最强大的军事力量。或许更为重要的是，在国家的目的和结构尚不明确、政府脆弱而权力分散的情况下，华盛顿成为军队和人民心目中稳定的象征，成为团结的核心。他也许不是美国早期领导者中最优秀的一个，但至少在严酷的战争时期，他将一个新国家凝聚为一体，成为成功的典范。