作为希波大战的先声，爱奥尼亚起义可以视作爱琴海地区各部族的一次大联合，他们在这次反抗波斯的斗争中积累了战争经验。希腊各城邦的反应，也直接决定了后来的希波战争进程。
起义的诱因
分布在爱琴海东岸的各希腊城邦，基本上都是来自希腊本土的移民和小亚细亚土著融合后成立的。他们从北到南，大致形成了艾奥利斯13城邦，爱奥尼亚12城邦和多利亚6城邦。
从公元前7-6世纪开始，小亚细亚内陆的强权吕底亚王国与爱奥尼亚人遭遇并发生了冲突。在轮番征战中，沿海地区的希腊人被迫臣服。但是吕底亚在文化民俗上与希腊十分类似，君主对于希腊人和希腊文化颇有好感，所以希腊人对于吕底亚印象总体不错。
但是新崛起的波斯却收紧了对沿海希腊城邦的控制。从帝国奠基人居鲁士到他的继承人冈比西斯，都在不断蚕食爱奥尼亚城邦。大部分城邦则被波斯行省化，波斯文献称之为“希腊海边，海岛上与海对岸行省”，每年承担400塔兰特的赋税。对比下后来鼎盛时代，加盟国更多的提洛同盟，一年的贡金最多只有460塔兰特，而且很少超过400塔兰特。所以对于农业条件普遍欠佳，主要依赖工商收入的希腊城邦而言，这完全是从天而降的重压。
内部制度上，爱奥尼亚人推行的是僭主制度。这些人的往往是贵族或者王族，在吕底亚和波斯的军事压力下建立起有利于战争的威权体制，对内拉拢民众制衡贵族反对派。虽然僭主们为了对抗贵族而赐予公民一些权利和好处，但是在爱奥尼亚起义前，这些僭主已经彻底成了波斯代言人。往往为了自己和波斯的利益挑起战争，引起本邦人的不满。希腊本土各地都出现了草根民众争取政权，对抗贵族的运动，这一风潮也开始波及小亚细亚，推动了民众对于僭主的反感。
经济上，小亚细亚的爱奥尼亚地区经过了几个世纪的开发后，人地关系趋于饱和。再加上连年与吕底亚的战争极大破坏了农业生产，战败后失去土地也进一步加剧了人地矛盾和社会动荡。所以爱奥尼亚开始对赫勒斯庞特海峡与黑海沿岸殖民，获得粮食，木材和其他必要的生产物资，并通过对外贸易开辟新财源。但波斯人一方面征收赋税，增加了希腊城邦的经济压力，一方面征服赫勒斯滂海峡和黑海南岸地区。
希腊人的最大竞争对手——腓尼基人早在冈比西斯进攻埃及时就已经臣服于波斯。所以爱奥尼亚人对黑海的贸易中间商地位被打破，而主动屈服于波斯的腓尼基人在贸易上又享受到了波斯的偏袒，这无疑进一步损害到了希腊人的利益。所以这一地区本身就酝酿着反抗的气息。
策略制定
爱奥尼亚起义，其实是爱琴文明后裔们进行的一次联合作战。爱奥尼亚希腊人聚集在联盟会议中心——泛伊奥尼昂进行会议，制定起义策略。由于深感力量对比悬殊，城邦代表们使劲解数，尽可能增强自己的力量。
首先为了尽可能多的发动民众，起义头目阿里斯塔哥拉斯主动放弃了米利都僭主的身份，在城邦建立民主制度。他还扣押了其他城邦的亲波斯统治者，通过在各邦废除僭主，推行民主制度的方式调动希腊人的积极性。
在意识到各城邦的实力不足之后，联盟的参谋，也是米利都的历史学的赫卡泰欧斯站了出来。他建议联军扬长避短，以海军克敌制胜。如果作战不利，全民族可以撤到爱琴海岛乃至色雷斯地区，延续血脉。但在公元前6世纪，动员起300艘战舰，在4-10月的航海季节中连续服役需要消耗约1700塔兰特的财富。所以他建议联军抢劫吕底亚国王奉献给神庙的巨额财宝。
考虑到兵力和财力都不足，为了补充联军的实力，起义领袖阿里斯塔哥拉斯展开了广泛的外交攻势。他一边联络小亚细亚的爱琴文明后裔，包括了塞浦路斯人和卡里亚等民族。至于他本人，则亲自前往希腊本土，游说最强大的希腊城邦雅典和斯巴达拉赞助。但是他在斯巴达和雅典遇到了完全不同的待遇，两大城邦的反应，与他们后来在希波战争中的表现一脉相承。