在杨秀清主政时代，太平军上下团结一致，绝对听从中央政府号令。1856年初，燕王秦日纲、陈玉成刚攻破“江北大营”，部队伤亡惨重，想亟需休整以恢复元气。东王一纸政令下来，要求即刻渡江南下攻击向荣、张国梁、冯子材驻守在南京孝陵卫的“江南大营”，秦日纲、陈玉成虽然一百万个不乐意，但也只能绝对执行命令，丝毫不敢耽搁。4月，秦日纲、陈玉成遇到挫折，东王火速调遣正在围攻南昌孤城的石达开回师辅助，翼王立刻拔营，亲率翼殿将士四万余精锐星夜兼程抵达前线，一举击溃“江南大营”，太平天国达到军事上全盛时期。
1856年9月，杨秀清死于“天京事变”，东殿将士也死伤殆尽;1857年7月，翼王石达开负气出走扯旗自立，天国局势顿时恶化。为此，洪秀全开始重视在战争中崛起的少壮派，如陈玉成、李秀成、杨辅清、李世贤、吴如孝、吴定彩、叶芸来、林启荣、陈坤书、范汝增、汪海洋，等等。1862年，只要有点战绩的各路将领，洪天王毫不犹豫地给他们封王，人数多达2000余，堪称历史之最。
不过，洪秀全却无法真正指挥他们，各路诸侯对中央政令也是阳奉阴违。例如，李秀成对“西征武昌”计划不感兴趣，故意拖延进军时间，最终安庆陷落，陈玉成败亡。曾国荃吉字营抵达天京城南雨花台时，扎营未稳，李秀成却不派兵回来解围。在洪秀全一再催促下，李秀成虽然带兵回援，但精力放在苏州，以致雨花台作战失利，天京局势更加险恶。至于李世贤，对洪天王命令更是爱理不理，坐拥几十万大军却看着天京被围困而无动于衷，甚至还鼓动堂兄李秀成搞单干。
在专制主义和忠君思想浓厚的古代中国，天王洪秀全就是太平天国的“皇帝”，只是为了避天父皇上帝耶和华讳而不称“皇帝”罢了。杨秀清，太平天国东王九千岁，掌管国家政务，任职“军师”(相当于秦汉时期权势极大的丞相)。在大伙的潜意识里，皇帝权力至高无上，代表上天统治大地，操纵着生杀予夺之大权;丞相虽为百官之首脑，但也要协助皇帝治理国政，共创盛世。既然如此，为何身为丞相的杨秀清可以指挥千军万马，各路诸侯王服服帖帖;洪秀全贵为太平天国的皇帝，为何却无法调动各路将帅呢?要知道，洪天王在没有一兵一卒之情况下可以顺利解决实力派杨秀清、韦昌辉等，这实属不易。对于实力远逊于杨秀清与韦昌辉的各路诸侯，为何洪天王却无可奈何呢?“纵横国史”认为，其中之原因很简单，即是洪天王没有威信，这既是“体制造成”，更是个人不思进取之结果。
和绝大多数知识分子一样，洪秀全本来并不想反抗清王朝的黑暗统治，只是因为屡次科场失利，被折磨得体无完肤，才不得不在体制之外寻找出路。为此，他决定创建拜上帝教，进行反清活动，由自己来当“皇帝”。热血男儿，本应志存高远，自强不息，这是中华民族传统美德。但是，洪天王只是空有一腔热血而已，却没有为之奋斗不息之自强精神与抗挫折能力。
在广西老表家传教失败后，洪秀全心灰意冷，直接打道回府，继续在广东过着教书生活，反清之热情已经消耗殆尽，所剩无几。若是不出意外，洪秀全还会继续参加考试，说不定那次考官看走眼，在榜上写上自己的大名“洪秀全”，他就非常高兴了。就算考不上，他家庭生活条件还算可以，至少温饱问题可以解决，自己在家陪陪老婆孩子，过上小农式自给自足之生活。
与洪秀全打退堂鼓不同，战友政治奇才冯云山继续深入广西内地，披荆斩棘，深入不毛，到远离家乡一千多里的桂平紫荆山区传教。没了洪秀全的馊主意，冯云山传教之手段相当理性与务实，他不执意于贯彻拜上帝教之“一神论”，对中国国传统神灵与文化进行无情打击。冯云山注意缓和与知识分子之间的关系，利用民族矛盾、阶级矛盾进行传教，同时将“拜上帝教”进行改革，将纯粹宗教性组织发展成反清活动基地。在冯云山的努力下，杨秀清、萧朝贵、韦昌辉、石达开、胡以晃、曾天养等纷纷入伙拜上帝教，成为早期骨干。
正当冯云山在紫荆山区搞得风声水起之时，洪秀全在广东呆不下去，于是便赶来桂平接盘，当拜上帝教的精神领袖。其实，紫荆山区的拜上帝教徒从没见过洪秀全，对其也没啥感情，只是冯云山在传教时屡次提及“洪先生”，他们才知道有这么一个神秘人物存在。不过，毕竟没在一起并肩战斗过，紫荆山区教徒并不买洪秀全的账，若不是碍于冯云山面子，洪秀全在桂平都很难呆下去。正因为洪秀全没有亲自去紫荆山创业，他与早期拜上帝教成员之间的关系不是很密切，除矿工佬秦日纲外，很少人愿意听他指挥。可以说，若是没冯云山，洪秀全在教徒心目中的真实地位堪忧。
冯云山在紫荆山不但发展教徒，壮大拜上帝教，还为太平天国制定一套有别于明清两朝之特殊政体，即是搞“军师负责制”，实行“虚位元首”制，天王临朝不理政，国家大权掌握在军师之手。冯云山搞这一套政体，是想让自己来干军师这一职务，统领朝政。很遗憾，因洪秀全脾气太暴躁，眼界太低，非要强迫冯云山带队去捣毁寺庙，激化与士绅阶层之间的矛盾。结果，冯云山被逮捕，烧炭佬杨秀清趁机搞“跳大神”来安抚教众，取得“代天父传言”之特权，最终成为太平天国的实际“军师”，掌握军政实权。不过，杨秀清能力出众，他不但成功救出冯云山，还将金田团营规模扩大，为起义做了充分准备。后来，杨秀清统帅大军作战，屡次冲破敌人封锁，成功将洪秀全带到了南京并稳住了各条战线。
1856年9月，洪秀全利用各诸侯王之间的矛盾，让其自相残杀，成功解决了头号实力派杨秀清东殿集团。不过，洪秀全毕竟威望低，手中又没兵权，各路将领因杨秀清毙命，便不再畏惧中央政府。此外，洪秀全胸无大志，思想落后，屡次拿“上帝”这早已被众人抛弃的工具欺骗大伙，让各路将领更加瞧不起他。可以毫不客气地说，有冯云山、杨秀清在，大伙可以给天王面子;没了南王、东王，洪天王在大伙心目中就啥也不是了。