正面影响
三百多年前的“湖广填四川”给四川带来了不同地域的文化和生活方式，为四川注入了新鲜的血液，甚至四川无与伦比的感染力和同化力也正是来源于厚重的移民文化，这些外省移民还成为多数四川人的先祖。
负面影响
然而，“湖广填四川”对四川的生态环境有着直接的破坏“痕迹”。
资源破坏
西南大学历史地理研究所所长蓝勇长年研究西南地区生态环境状况，曾对当时情况作出推测：“清初广大的成都平原和浅丘地区曾是农耕垦殖地区，但灌丛林、茂草和次生林的覆盖率已经恢复到50%左右，盆地内其他长期的垦殖地区此时也多为灌丛、茂林覆盖。顺治八年，川耕地不足1.2万公顷。”陈世松也介绍，从战后到移民高潮来临前的这一时期，森林植被有了短暂的恢复。“城市鞠为茂草，村尽变丛林”，就连曾经繁荣一时的成都府也变成了“城中杂树蓊郁成林”。清初川北巴山地区主要分布的是以楠木、松柏为主的针阔混交林。
而移民入川后，四川的农业垦殖从最初平原荒芜地的复垦，逐步向丘陵中部、山地推进，垦殖范围进而到达丘陵顶部、半山上部，当时山田盛行，梯田出现，水土流失严重。总耕地面积上百万公顷，而森林植被则破坏严重。
物种消失
专家一致认为，乾隆元年时期，移民开发把耕地范围扩张到了山地、丘陵，这是农田垦殖突破传统范围的标志，但同时也是生态环境逐渐萎靡的开始。在森林物种资源方面，一些动物群落不断减少，生物数量乃至物种不断消失。明代川北出没寻常的华南虎消失就是很好的例证。清初关于虎患的记载有：“直至清初，华南虎在四川分布广泛，说明那时垦殖率还比较低，森林相对茂密。”“西乡县山深林密，经常有老虎出没，清溪、桑园铺等地均有虎食人。”乾隆以来，蜀道沿线各府线仍有虎患，但较清初已经锐减。因此随着移民的涌入，物种消失的进程显著加快。
旱灾频繁
研究发现，大移民以来，地质地貌灾害、旱涝灾害等在四川地区发生得更为频繁。16世纪至17世纪是整个明清时期发生干旱灾害最为频繁的时期，尤其是17世纪盆地东部地区。陈世松等相关专家整合相关的史料时发现，大移民时期是盆地的大旱年份，平均每3年左右就要出现一次。这与《四川历史旱灾表》统计的结论保持了一致：16世纪平均3.3年一次，17世纪平均3年一次，18世纪平均3.7年一次，19世纪平均1.2年一次。