明朝276年间，南京的地位非常特殊。说特殊，因为南京是明朝的定鼎之地，朱元璋坐镇南京四十年(含称帝前)，统一天下。但因为北元威胁太大，明成祖朱棣把国都迁到北京。
朱棣的政治根本在北平，在南京，他不怎么得人心。所以永乐元年，公元1403年，朱棣下诏升北平为北京，为迁都做准备。此时的北京还不是正式国都，只称“行在”，毕竟北京还要大规模修建皇宫。永乐十九年，公元1421年初，一切准备就绪后，朱棣这才正式定北京为国都(京师)，原国都南京降为留都。
留都的级别要比陪都高，打个不那么形象的比喻，陪都是妾，留都是前妻。朱棣不喜欢住南京，但南京是他父亲朱元璋打天下的地方，孝陵还在。这一点，决定了南京不再是国都，政治地位也不会低。原国都南京的所有政治机构，原封不动的保留下来。比如北京有六部，南京也有六部，尚书、侍郎一个不少。当然，南京六部尚书是没什么权力的，要么是从北京六部退下来养老的，要么是权斗失败下放的。当时有个说法，说南京六部衙门，户部收不到钱，兵部调不动兵，礼部管不了考生。很多官员上班，不是昏昏欲睡，就是泡茶吹牛，无所事事。不过在政治上，南京应天府的地位和北京顺天府是平级的，合称为二京府。
朱棣死后，明仁宗朱高炽不太喜欢北京，而且从南京到北京的粮食供应成本太高。朱高炽决定把国都迁回南京，下诏北京各衙门全部复称行在，南京再次成为国都。朱高炽在位10个月就稀里糊涂驾崩了，英武的明宣宗朱瞻即位后，因要对付北元，所以留在北京。只是在名义上，宣宗时的北京其实只是行在，正式国都还在南京。
直到明英宗正德六年(公元1441年)十一月，朝廷才正式废除南京有名无实的国都地位，复升北京为京师。此后，南京的留都再没变过。
南京的政治地位是降低了，但要说经济地位，南京要高过北京。首先，北京处在“苦寒之地”，粮食供应要通过南直隶运粮北上。江南是明朝的钱袋子、米袋子，没有江南钱粮，京师就要断炊。南京作为留都以及祖宗灵寝所在，是江南的中心。明朝通过在南京的政治、军事存在，控制着江南钱粮。明朝迁都后，还在南京留下十万兵马。只是到了万历年间，由于各种原因，南京的兵力只剩下4万了。
士兵少了，但百姓多了。万历末年的南京人口，已突破百万，号称神宗万历年间，天下大治，留都城内户口百万家。武宗正德时，有官员评价南京的地位，说太宗皇帝(朱棣之前的庙号)迁都北京，但北京所倚仗的钱粮器物，无不取自于南京(为中心的江南)。
南京，可以说是西部、南部物资进入北京的中转站。南京占长江地利，比如四川、湖广、江西的物资会先顺江东下到南京，然后再走运河进北京。
南京在经济上也有一段失落时期，就是朱棣初迁北京时，带走了南京城大量民户工匠。但南京特殊的政治、历史和地缘，决定了南京很快就能恢复南方中心城市的地位。朱棣带走的是官方手工业者，而民间手工业者则填补了官方手工业者离开后留下的空白。包括纺织业、印刷业、铜铁木器，瓦肆勾栏等娱乐场所更不用说了。尤其是在嘉靖、万历时期，随着江南经济的飞跃式的发展，南京成了全国重要的娱乐中心。
别的不说，秦淮八艳，你再熟悉不过了。
万历四十一年，有个叫奥伐罗-塞默多的葡萄牙传教士，到南京进行传教活动，起汉名为曾德昭。曾德昭在明朝呆了23年，1636年回到葡萄牙。他写了一本书，名叫《大中国志》，详细介绍了明朝，尤其是南京的经济发展状况，史料价值非常高。
对南京的评价，曾德昭说南京是明朝最大、最好的城市，街道非常宽阔、干净，老百姓彬彬有礼。最让人吃惊的是，南京有大量的娱乐场所，每天人来人往，多到数不过来。有人问曾德昭，北京不是明朝的国都吗?难道没有南京大吗?曾德昭摇头说：没有，北京只是政治上的首都，经济上的首都，还是在南京。
或者换个角度讲，北京是国都，南京是留都，也是备用国都。一旦北京有什么事情，国都随时可以迁回南京。土木堡之变时，明英宗被俘，就有官员主张迁都南京，幸好被于谦制止。当时迁都肯定不行，但明末大乱，再加上后金威胁，迁都南京成了必然选择。只不过福王朱由崧等人昏庸无道，白白浪费了南京大好资源。清朝统一后，南京的留都地位肯定保不住了，降为江宁府，但依然是江南大城之一。