清朝自成立后，对于军队的管理，就比较头疼。因为江山是靠军队打下的，朝廷不可能没有优待。可是，这种优待造成最直接的后果，就是兵凶将悍，横行民间，不遵守法纪，产生祸乱。其实，这并非只是清朝面临的问题。
过去中国历史上，历朝历代，建国以后，基本面临的首要问题，就是如何处理军队问题。有些朝代选择把军队放到外面开疆拓土，让他们到塞外撒野。有些朝代选择杯酒释兵权，削弱军队的地位。
清朝走了一个中间路线。他们采取用文官节制武将的办法。这也不是清朝原创，自宋朝以来，以文官节制武将的办法，就开始长期实行。
康熙、顺治时期，就先后有御史、兵部官员上疏，希望朝廷可以效仿明朝的办法，让总督、巡抚，节制绿营军队中的提督、总督。
总督、巡抚这两个职位，最早是朝廷特派地方的。它们比武将更容易获得信任。为了稳定江山，清朝皇帝也采取了这一建议。不过，当总督开始陆续掌握军权，成为地方同时执掌几个省份、地区军政大权的封疆大吏时，同样会引起朝廷的忌惮。
清朝时，设立总督的地区，位置都极为重要。要么像直隶省这样的全国中心，或者是两江地区那样的富裕省份。不管哪个地方出现问题，朝廷都很难应付。
所以，朝廷在满足总督可以完整行使职权的基础上，对总督又进行许多牵制。这种牵制是多方面的。从人事、财政、军事，都有牵制。
仅从兵权上讲，清朝把兵权分为两部分。一部分交给地方督抚掌管，让他们可以应对一些突发事件，比如某地叛乱，防范不时之需。另一部分收回朝廷中枢，交由兵部负责。
具体而言，在地方上，如果是低层军官，则主要负责训练军队，维护军纪。如果是总督、巡抚这样的官员，更多是节制绿营军中的武将。
对底层士兵的指挥，反而非常有限。虽然清朝授予总督、巡抚一支绿营军，可以让他们直接指挥，无需经过兵部调动。但是，这部分军队的数量是非常有限的。
一般来说，总督可以调动的军队，大概在2到5个营的绿营军。每个营人数在数十人到上千人不固定。也就是说，总督可以调动的军队，最多在5千绿营军左右。
这个跟全国60万绿营军的数量相比，实在相差太多。不过，这也是有意为之。主要是为了保证督抚可以应对一些紧急事务。又不至于因为掌握的兵权太多，对朝廷产生威胁。
而且，在地方驻扎的八旗军，并不归总督、巡抚关系爱。八旗军在地方归都统、将军管辖。他们住在专门修建的城市里。而八旗都统、八旗将军，都是皇帝亲信，接受皇帝直接调动管辖。
而兵部掌握的，则是调发兵役，颁布军律，以及武将官职的升降考核，整备牛马武器等事务。也就是说，清朝的兵权分为兵部和地方。他们之间，互相配合，也互相牵制。
两者的界限，大概就是，既要保证地方督抚有足够权限，可以掌握军政大权，处理好地方事务，又要保证，他们在朝廷的掌握之下，不至于拥有过多军权。也就是说，地方督抚如果要大规模调动军队，必须得到兵部调令。否则，视同违法。
但是，朝廷授予兵部调动军队的权力，并非意味着，兵部可以独揽大权。除了要顾及地方的意见，更重要的是，兵部要考虑到皇帝的想法。
清朝在关外的时候，并没有兵部。直到皇太极称帝后，才效仿明朝的制度，建立六部。天聪五年，兵、工、礼、吏、刑、户六部成立，以贝勒主事。
顺治元年，才改贝勒为尚书，全面效仿明制。而在这套制度下，兵部是在内阁以下的。必须接受皇帝命令办事。后来到了雍正年间，清朝设立军机处后，朝廷军国大事，只有皇帝大权独揽。
即便是军机处，也是顾问咨询，为皇帝提供建议。在真正办事的时候，则是秉持皇帝意见。至于兵部，更是成为一个单纯的执行机构，没有决策的权力。
不过，这是清朝前中期的情况。到了清朝后期，又发生了一些改变。地方总督可以掌握更大军权，自己筹集军饷，拥有军队。
而兵部也被改为陆军部，统率全国军队。后来又增设海军部。而总体上，大权还在皇帝(最高层)手中，直到清朝灭亡。