清朝初领台湾之时设一府三县,即台湾府,下辖台湾县、风山县、诸罗县。府设府儒学,县设县儒学。康熙年间台湾共有四座学宫,迄至光绪十六年公元年全台共设置有十三所儒学,基本上集中于台湾西部地区,面向大陆,呈现了以福建为方向的地理方位。府学、县学皆设有孔庙大成殿、明伦堂、洋池等设施,并从祀诸儒与文昌帝君。这些儒学是清朝治理台湾时创建的高等学府,对台湾的文教事业起了较大的影响。
清朝统治台湾之初,继承明郑时期的遗址,于台湾、凤山两县设置儒学,次年,又设置了台湾府儒学。尔后,随着府县厅的改制,逐渐增设,迄至光绪十六年全台共设置有十三所儒学。由于台湾当时百事草创,一时规制很难完整,很多儒学都经历了不断地增补、重修,才逐渐完善。
儒学,在府通称为府儒学,由教授掌管其教务在县通称为县儒学,由教谕掌管其教务在厅通称为厅儒学,其教务由训导掌管。另外府、县儒学也设有训导,为教授或者教谕的副员。府、县、厅儒学,在行政系统,均由府、县、厅直接管理,并受提督学政使监督。
台湾提督学政主管全台学务,不论府学、县学,包括教授的任命,秀才的选拨,府县儒学的经费都归其统辖监督。台湾提督学政对台湾儒学的管理主要包括以下几方面第一,主持岁、科两试。第二,学政必须抽时间到儒学讲书,考察学生学习情况。第三,学政有权考核教师的教学情况,通过学生的文章优劣来评价教师的教学水平。第四,学政有保送优生的权责,三年任满后,要将优秀人才送部引见。第五,学政还要负责管理府县儒学的各项事务,如核府县儒学经费、孔子祭奠、掌管学生进退、教授等学官的任免等。
台湾以知府为提调官。台湾自归清以后,设台湾一府,有一名提调官。到光绪元年才增设台北府,增加一名提调官,光绪十三年台湾建省,改台湾府为台湾府,增设台湾府于台中,又增台东直隶州,因此,建设后共有四个提调官。提调官的主要工作是主持府试,以及文庙、儒学、贡院等房屋的建筑和维护,协助学政办理岁科两试的事务。
府儒学的直接管理之权属于知府。教授、训导等学官称职与否,学生的品学如何,知府都可以直接取缔纠正学田的出纳有无弊端,知府需从事考核礼器的散失,祠殿学舍的崩废,知府也须负责。府考初试权属于知府,由知府举行考试,届时由知府亲临考棚主持。县儒学的管理,须受学政之监督,与府儒学相同。县儒学的直接管理权限属于知县。县学的经费、孔子祭典、学生教谕训导的任免、县考、教育方针及学田管理,略同于府儒学制度。
台湾的府儒学设专职的教授一名,主持日常的教育教学工作,县儒学设教谕一名。雍正十一年,又设福建台湾府学以及台湾县学、凤山县学、诸罗县学、彰化县学训导各一员,协助教授和教谕管理学校教务。〔`,儒学教授一般要求进士出身,正七品,这一教职多由年龄较大的知县改任。教谕和训导多由举人及五贡出身者充任,从八品。清朝规定,各学教官,皆用本省人,唯独回避本府州。在光绪之前,台湾只有一个府,因此儒学教官中长期没有本地人,都是福建大陆人。台湾儒学教师在教学过程中,存在语言沟通问题,因此清政府在选择台湾儒学教师时,大多选择闽南和福州籍人员。
通过了乡试考试的举人在隔年的二月,可参加在京师举行的会试。会试中考者即为进士。会试例每三年一次,考试题目与乡试相同,试院为京师贡院。台湾远隔重洋,赴京应试极不容易。乾隆三年,巡台御史诺穆布、单德漠奏请台士会试照乡试例,于福建名额内,另编字号,取中一名。然当时因应试者少,不足以另编字号。乾隆七年,巡台御史史书山再上一折,奏请台湾举人会试另编字号。礼部以台湾会试未满十人,未予采纳。到道光三年,台湾举人会试才获特典,于福建通省以外取得中试者一名名额。武举人因人数不多,没有特点名额。