战国中后期，秦惠文王采用张仪之计，利用末代蜀王开明芦开凿石牛道(又称金牛道)，然后从苴国借道伐蜀，先灭蜀国，再回头灭苴国和巴国，全取巴蜀之地。
秦灭巴蜀，给蜀地带来了巨大的变化，就像一个外来文化突然瞬间取代了本土文化，大量的蜀人、羌人、巴人、氐人开始四散逃散(主要指贵族，历史总是为贵族而写的，平民，不管由谁统治，他们就在那里，种着同样的庄稼，只是把租税缴给不同的对象而已)。
蜀人向南迁徙到今川南及云贵一带，部分融合而成今天的彝族一支，云南大理的“茶”姓，就源自于苴国的遗民;
氐人向西北迁徙到青海高原，部分融合而成今天的白马藏族一支;
羌人向西迁徙至川西高原(冉人最初的居住地)，部分融合而成今天的羌族人一支;
巴人则向东回缩至川东及重庆一带，部分形成今天的土家族一支;
巴人和蜀人的土著人因为经历历次战乱的洗礼，已经所剩无几了，保存下来的多为山区一带(大巴上、巫山)的原住民，现在的巴人和蜀人基本都是后来迁徙至此的“客家人”。
秦国统治蜀地初期，继续任用开明王子为蜀侯，但实际上是个傀儡，实权掌握在蜀相的手里，当然，蜀相是秦国人陈庄。
当蜀地基本稳定后，陈庄便在秦惠文王的授意下杀死了开明氏蜀侯，古蜀国的文明就到此截止了，蜀地正式进入中原文明的发展轨道。秦人的先进文化确实给蜀地带来了极速的发展模式，蜀地此后成为秦国争衡天下的大粮仓和后勤基地。
蜀侯被杀后，秦国派公子通国为新蜀侯，陈庄继任蜀相，实权还是掌握在陈庄手中。一年后，秦惠文王死，秦武王立，朝局的变化为蜀地的统治者带来了忧惧和不安，陈庄于是背叛秦国，杀死蜀侯通国，宣布自治，从此开启了蜀地历史上占蜀为王的新时代。
秦武王是个好战之君，他在位4年时间，就发动了多次对外战争，连周天子他都不放在眼里。对于陈庄的反叛，他毫不手软的直接派左丞相甘茂和将军司马错率大军平叛。陈庄本来就是一个外来统治者，在蜀地没有生根，所以很快就被甘茂击败斩杀。
蜀乱平定后，秦武王任命的蜀侯名字不详。
到秦昭襄王的时候，任命不好管教的公子煇为蜀侯，并命令其三年不得反秦。结果当年公子煇就在蜀地造反了，秦昭襄王命司马错再次平蜀，司马错杀公子煇及其党羽27人，蜀地再次清净。秦昭襄王为避免历史重演，将蜀侯国废除，直接纳入秦国郡县制管理，蜀地自此成为秦国的一个郡——蜀郡。