别国介入
1980年3月，哈布雷和古库尼两派又在首都发生大规模武装冲突，乍得再度陷入全面内战。6月，古库尼同利比亚签订“友好同盟条约”。11月，利比亚出兵乍得，帮助古库尼把哈布雷派武装赶出首都。1981年1月，利比亚同古库尼临时团结过渡政府发表联合公报，宣布双方进行合作。利比亚通过这种手段，控制了乍得五分之四的地区，但遭到非洲统一组织的强烈反对。6月，第18届非洲统一组织首脑会议再次重申，外国军队应撤出乍得。11月，泛非和平部队进驻乍得，利比亚军队撤出乍得。
1982年2月，古库尼拒绝非洲统一组织的停火方案。6月，哈布雷部队攻占首都，古库尼逃往国外，全国团结过渡政府解体。10月，哈布雷就任总统，组成新政府。新政府成立后，基本控制了国内局势。
1983年6月，古库尼部队在利比亚领导人奥马尔·穆阿迈尔·卡扎菲支持下，从乍得北部向政府军发起猛攻;哈布雷政府在法国总统弗朗索瓦·密特朗的援助下，全力反击。8月9日，法国出兵乍得、会同哈布雷部队沿北纬16度线设防，遏制了古库尼部队南下，在乍得中北部地区形成军事对峙局面。1984年9月，法国和利比亚签订协议，双方自9月25日起同时从乍得撤出各自的全部军队，11月10日，双方宣布已完成撤军工作。
10月20日至28日，举行了乍得全国和解会预备会议，因各方歧见太深，未能取得一致意见。此后，哈布雷政府大力推行“民族和解”政策。1986年2月，古库尼军队在利比亚“伊斯兰军团”支持下，越过16度线向政府军发动进攻，但以失败告终。
10月，古库尼要求同哈布雷媾和。11月，乍得政府同古库尼派签署军事联合协议，古库尼部队归顺政府。利比亚对古库尼归顺政府表示不满，从11月中旬开始，利比亚军队在飞机、坦克和导弹的掩护下，向古库尼部队发起进攻。哈布雷派兵增援古库尼，哈布雷、古库尼两派携手抗击利比亚军队。从此，原乍得两大派间的内战变成乍得同利比亚的直接军事冲突。
丰田战争
1987年初，乍得在法、美等国支持下，开始向16度线以北反击。在不到 3个月的时间里，就相继收复了北方重镇法达、法亚·拉若和最大军事基地瓦迪杜姆，利军退守奥祖。 8月 8日，乍军又收复了被利军占领达14年之久的奥祖。28日，利比亚军队再次发动大规模陆、空反击，重新夺占了奥祖。9月5日，乍军在乍北部大乌尼昂加与利军发生激战，利军北退，乍军追击，当晚越境攻击了利比亚东南部的麦阿坦·萨拉军事基地。乍得越境作战激怒了利比亚，一场更大规模的战斗在酝酿中。
停火
在这种严峻形势下，当时非洲统一组织主席、赞比亚总统卡翁达受命分别同乍得和利比亚领导人会晤，要求双方停火，通过谈判解决问题。经过努力，乍、利两国终于同意从1987年 9月11日上午11时开始停火。至此，绵延近7年的乍利战争宣告结束。
后续
1989年4月，乍得联合武装部队总司令贾穆斯发动政变，失败被杀。参与政变的总统国防、安全顾问伊德里斯·代比逃往苏丹，并在那里组建反政府武装，不断进入乍得境内袭击政府军。
1990年11月10日，代比亲率反政府军约2000人越过乍苏边界，重创政府军。18日，代比指挥的部队又打败哈布雷亲自指挥的政府军，并乘胜前进，于12月1日攻占首都恩加梅纳，推翻了哈布雷政权，代比出任乍得国家元首和国务委员会主席，哈布雷逃往喀麦隆。