人体
根据上述之外为阳、内为阴;上为阳，下为阴;背为阳，腹为阴的规律，则人之皮毛在外为阳，脏腑在内为阴;头在上为阳，足在下为阴。
生理
人体的健康与否，决定于阴阳的是否调和，如《内经》所说：“阴平阳秘，精神乃治”。人体摄取饮食后，经过脾、胃的腐熟运化，将营养物质运送至全身各处，使肉体增长强壮、使生命活动力旺盛。食物消化后有形的废料，由前后二阴排出。人体之阴阳若是保持在平衡的情况下，人体就健康。
病理
人体阴阳失去平衡后，就会表现出各种症状来，古人对症状的分类，也是用阴阳来代表和说明的。阳证，一般表现的症状是：发热、口渴、脉数(快)等，这类症状，古人又称为热(即阳)证。阴证，一般表现的症状是：不发热，口不渴、手足冷、脉迟(慢)等，这类症状，古人又称为寒(即阴)证。这就是《内经》所说的：“阳胜则热，阴胜则寒”。
另阴阳偏衰，是指阴或阳低于正常水平的失调，其一方低于正常水平，而另一方保持正常水平，或双方都不同程度的低于正常水平，故出现虚证。阴不足，阳正常则阴虚生内热;阳不足，阴正常则阳虚生外寒;阴阳双方都不同程度的不足，则虚寒、虚热并见或阴阳两虚。这就是“内经”所说的“阴虚生内热，阳虚生外寒”、“阴阳两虚”证。
诊断应用
阴阳是诊断的总纲。疾病虽然很多，但其属性不外阴阳两类，如从疾病发展部位来看，不在表(阳)，就在里(阴)。从疾病性质来看：热证(阳)，寒证(阴)，从疾病发展趋势来自看：实证(阳)虚证(阴)。总之，阴阳可以概括疾病的属性。
治疗应用
中药种类甚多，但就其性能不外阴阳两类，从药性来看：寒、热、温、凉、温热属阳，寒凉属阴。从治疗上总原则是“调整阴阳，以平为期”，这就是治疗的基本出发点。针对阴阳盛衰，采取补其不足，泻其有余，使阴阳偏盛偏衰的异常现象得到纠正，恢复其相对平衡状态。中医常用“寒者热之，热者寒之，实者泻之，虚者补之”的治疗原则，促使失调的阴阳重新恢复到相对的平衡。临床上借药性之偏，来纠正人体阴阳之偏，使达到“阴平阳秘，精神乃治”。临床具体用法：①阳虚和阴胜则寒，治法：寒者热之(用热药);②阴虚和阳胜则热，治法：热者寒之(用寒药);③正气不足，治法：虚者补之;④邪气偏胜，治法:实者泻之;⑤阴不足、阳偏亢，治法：滋阴潜阳;⑥阴阳两者均不足，治法：滋阴助阳(阴阳双补)。