1368年年初，朱元璋建立明朝后，派徐达北伐攻陷大都，元朝统治者被驱逐出中原。但元廷没有灭亡，占据漠北，被称为北元。虽然北元后主于1388年去国号，元朝不复存在，但蒙古人一直活跃在大漠南北，而明朝没能对蒙古建立长效统治，成为日后失国一大原因。
明朝主要隐患是与其对峙的蒙古。所谓北边为上，东北边次之，这是明朝始终坚持的国防政策，因此有明一代重点防御蒙古入侵，整体策略就是防范、布控。
为了防犯蒙古，明廷修长城、设九边，加强辽东到固原的防御，还利用周边少数民族的矛盾来牵制它的发展。洪武四年以后，着意经营辽东，以隔绝蒙古同朝鲜的联系。为此设立辽东都司，建立许多卫所。
然而退居塞外的蒙古部落彻底失去了农耕经济的支持，他们迫切需要的铁器、布帛、茶粮等物资来源几被断绝，只能选择南下。
明廷后利用这种不平衡的供给需求与政治利益挂鈎，以准许入贡和贸易的方式逼迫蒙古各部臣服。经过隆庆年间二十多年的冲突协商，双方达成“俺答封贡”，明廷与右翼蒙古确定了臣属通贡的关系，实现了西北部边境长达四十余年的和平安定。
这种成功的和平共处模式，明廷却不愿施与蒙古名义汗王所在的左翼蒙古，也不愿通过和亲的方式笼络蒙古贵族，明蒙之间毫无友谊可言。
到了明朝后期，后金崛起，面对女真人威胁的明、蒙两股势力却未能联合起来。
此时统治蒙古察哈尔部的是成吉斯汗黄金家族政权的末代大汗林丹汗，他致力于统一蒙古各部，轻视了缓慢崛起的后金。
不过明朝已经发现后金的威胁，放下对蒙古的偏见，以草原民族最渴望的开市赐赏为名，笼络察哈尔部。这是以往内明廷知晓林丹汗只是名义上的蒙古大汗，对其他部落并无实质性的控制，因此不必担心将察哈尔部养成大患。对其他蒙古部族，明廷不敢放心结交。
自1619年起，明廷累计给予林丹汗箭赏、进马赏银近五万两，并应允每年赠送白银千两。赏银对林丹汗颇有诱惑力，林丹汗在后金与明朝的军事对峙中以实际行动表示对明廷的支持。
然而这招致了后金的报复，1621年，后金对内喀尔喀五部以军事威胁建立政治性和军事性的同盟关系后，于并对明朝发起更加猛烈的进攻，占领了辽河以东大部地区，攻克了辽阳、沈阳，兵临广宁。
广宁是战略要地，不仅是明朝重要防线，更是蒙古与明朝重要的互市通道，关系到林丹汗政权的经济来源。于是，林丹汗与明朝联合起来共同抗金。但是由于明朝作战计划意见的分歧和林丹汗调遣的蒙古兵未能及时赶到而失守广宁。
此后，明朝在山海关收缩防守，林丹汗部族离去，两者结盟实际已形同虚设。
林丹汗失去了经济来源，而且战略上发生了重大转变。后金坐稳辽东，更不危惧林丹汗，从而满蒙政治关系开始发生根本性变化。
林丹汗已经成为后金攻打的直接目标，然而他依然进行统一蒙古各部的计划，反而引起蒙古的分裂。1625年，林丹汗东征科尔沁部，主动挑起蒙古内战，但效果不佳，不仅未达到作战目的，反促使较为忠心的喀尔喀部发生分裂，科尔沁部为求自保全面倒向后金。后金组建强大的满蒙骑兵，势力大增。
无奈之下，林丹汗只好离开察罕浩特，西征右翼蒙古诸部。其后，林丹汗试图回到察罕浩特，讨伐归附后金的阿禄科尔沁部。1632年4月，后金以支援阿禄部为借口，组织强大的满蒙联军对林丹汗发起大规模进攻。林丹汗只得“弃六万户和尊严的察罕浩特”一路西退，《圣武记》叙述：“林丹汗谋拒战，而所部解体。遂徙其人蓄使余万众由归化诚渡河西奔，沿途离散十之七八”。后金军追到归化城(今呼和浩特)后，闻讯林丹汗已率所部进入青海，便“收其部落数万而还”。
林丹汗西迁立足之后再度向明廷请求封赏，此时崇祯朝对天启末年宁锦两次大胜后金后的形势出现误判，不愿再动辄以巨资赐予林丹汗。无法维持生活的林丹汗部又开始了对明朝的侵扰，多次举兵从宣府、大同方向侵扰明朝边境，明蒙两方在大同张家口一带又爆发多次冲突，时任陕西三边总督的洪承畴也曾率兵抵抗过前来抢粮的蒙古军。
显然，这比赏银给林丹汗得不偿失，但双方都错过了最后一次结盟的机会。在林丹汗死后，察哈尔部也归降后金，漠南蒙古全部统一于后金，成为满清统治者中的一员。而明朝对这样一支满蒙联军也无抵挡之力。