在明末清初的“西学东渐”过程中，以利玛窦为代表的西方传教士扮演了极其重要的先驱者角色，中国科技亦由此开启了由传统走向近代的序幕。但由于作为西学传播主体的天主教过分干预政治，在某种程度上导致了“西学东渐”的衰落。
康熙帝以钦天监计算的夏至时刻与实测日影不符，对“西法”的深信不疑开始动摇
早年的康熙帝对西方科技有着强烈的求知欲，先后向南怀仁、白晋、徐日升等传教士学习过天文学、数学(特别是几何学)、物理学、化学、医药学(如解剖学)等西方科学。他以一国帝王之尊，大大促进了“西学”的传入，由此也积累了对传教士的好感。因此当巴黎外方传教会的福建代牧阎当再次挑起“礼仪之争”时，卷入其中的康熙帝一度表现出极大耐心，不愿意中西双方因此而决裂。但教皇格勒门十一世无视康熙帝的态度，两次发布“禁约”与通谕，禁止中国天主教徒参加祀祖、祭孔、敬天等儒家礼仪。康熙五十九年十二月，康熙帝在宫中读到传教士所译的教皇“禁约令”全文，极为愤慨，提笔批示：“览此告示，只可说得西洋人等小人，如何言得中国之大理……以后不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事。”
其实早在康熙五十年十月，康熙帝就以钦天监计算的夏至时刻与实测日影不符，指出“此事实有证验，非比书生作文，可以虚词塞责”，对“西法”的深信不疑开始动摇。此后康熙帝设立蒙养斋，试图实行历算编制“自立”。他又倡导“西学中源论”，既有维护“天朝上国”尊严的用心，也有因“西法”所编历书多次出现误差的历史背景。所有这些，都影响到康熙帝晚年在探索西方科技方面的热情。故当与教皇的冲突明朗化之后，康熙帝指示，所有不守“利玛窦规矩”的传教士一概驱逐，留用的“会技艺”者亦只可“自行修道，不可传教”。但终康熙一朝，也没有改变招徕西洋科技人才为清廷服务的方针。
与热衷于西方科技的康熙帝相比，雍正帝于西学可说“毫无兴趣”
雍正帝登基不久，便改变了康熙时期的政策。这一方面由于雍正帝本人信佛，尤其亲近喇嘛教，因而对传教士的“辟佛”言行十分反感，对康熙年间宽容天主教的政策早有不满，声称“你们哄得了父皇，哄不了我”。另一方面，也掺杂了“储位之争”所带来的政治因素。康熙帝对于西方科技的兴趣和对传教士的好感，一度影响了多人。皇太子允礽及其舅父、也是“太子党”核心的索额图，都与传教士关系密切。到皇太子允礽被废黜之后，葡萄牙传教士穆敬远又直接卷入康熙末年的“储位之争”中。经过激烈争夺方得上位的雍正帝继位不久，便制造了传教史上有名的“苏努事件”。随后雍正帝在宣布允禩、允禟“罪状”的同时，又将传教士穆敬远逮捕严讯，并授意杀于谪所。这当然是出于铲除政敌势力的政治需要。近代著名思想家梁启超在论述“清代学术变迁与政治的影响”时，就提及“相传当时耶稣会教徒党于皇太子允礽，喇嘛寺僧党于雍正帝胤祯，双方争斗，黑幕重重。后来雍正帝获胜，耶稣会势力遂一败涂地”。
与热衷于西方科技的康熙帝相比，雍正帝于西学可说“毫无兴趣”，受其影响，“康熙五六十年间所延揽的许多欧洲学者，到雍正帝即位之第一年，忽然驱除净尽”。因此雍正一朝的科学进步，除钦天监监正、耶稣会士戴进贤编制的《历象考成》日躔、月离表，以及巴多明、雷孝思等传教士在康熙朝大规模测绘基础上绘制的《雍正十排皇舆全图》聊可称道外，其他方面均乏善可陈。在康熙朝“西学东渐”高潮的映衬下，更显得“黯然失色”。
乾隆帝登基后，对雍正朝的严厉政策做了适当调整，试图“宽严相济”。与康熙帝对西方科技的求学探究不同，乾隆帝允许传教士在内廷供奉，主要是为了满足“奇器淫巧”的个人赏玩。
乾隆帝迷恋西洋技艺的艺术魅力，信用郎世宁、王致诚等传教士，创作了大量西洋宫廷画。他又令蒋友仁设计和监造圆明园大水法，将西洋宫廷建筑与园林艺术引入中国。但乾隆帝的兴趣点主要在于新奇的欧洲艺术，并不屑于系统的西方科学知识。乾隆帝登基后尊崇喇嘛教，将其父皇的潜邸雍和宫改为喇嘛庙，在《御制喇嘛说》中大力强调“兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小”。或基于信仰方面的因素，乾隆帝对天主教的“西洋”教义缺乏好感，对宫中作为“御用技师”的传教士也不真正尊重。综观乾隆一朝，虽仍试图在科学上有所作为，编纂有《历象考成后编》、《仪象考成》等科技成果，《四库全书》中也收入了17名欧洲传教士所著的29部“西学”著作;在实测新疆、西藏等地基础上完成的《乾隆十三排图》，更成为当时世界上最完善的亚洲大陆全图;但此时的整个学界的学风已悄然发生转移，考订、整理中国古籍的“乾嘉学派”逐渐占据主导地位，引入“西学”的广度和深度远不能与康熙时代相提并论。可见，第一次“西学东渐”浪潮，其实已在中华大地上迅速衰落。正是在这个意义上，梁启超认为，雍正以后，“中国学界接近欧化的机会从此错过，一搁便搁了二百年”。其间的因缘际会，颇值得后人深思。