清朝入关以后，迅速剿灭李自成势力，明朝转而向南逃奔，郑成功率领部队抵抗清军数十年，成了南明王朝的中坚力量，1646年开始，郑成功率先出击，先后拿下泉州、诏安、潮州等地，并在厦门建立根据地。
稳定东南以后，郑成功上书南明皇帝，希望他派人协助自己北伐，1657年6月北伐拉开大幕，起初取得了小阶段胜利，因为途中遭遇大风，死伤惨重不得不退兵休整，一年以后郑成功卷土重来，从浙江北上迅速扫清清军海上势力，一度包围南京城。
顺治皇帝大惊，急忙派兵应战，清军储备粮草，加紧修复船只，时刻准备反攻，时机成熟以后，四路清军以火炮掩护，直冲郑军营寨，郑成功仓皇出逃金门，北伐宣告失败，全国上下只剩西南还在坚守，抗清形势陷入低谷。
清军一鼓作气攻陷云贵，永历皇帝在李定国的保护下逃亡缅甸，受到缅甸王的友好接待，只不过没多久莽白篡夺王位，害怕吴三桂会进攻缅甸，因此设计杀死南明贵族，俘虏永历皇帝献给吴三桂。
虽说沦为阶下囚，吴三桂念在曾经的情分上并没有为难他，反而以礼相待，准许他继续以君王自处，历史记载朱由榔被俘以后，继续穿着皇帝龙袍，精神十分饱满，身边的士兵虽然尽职看守，却对他十分恭敬。
朱由榔长相俊美，当上皇帝以后谈吐得体，被俘期间很少与人交往，继续保持着皇帝的孤傲，长此以往，士兵们并没有动怒，反而都赞叹这是一个真正的皇帝作风，只不过曾经的皇帝早已没有了权势与自由。
不知为何，吴三桂经常探望永历帝，对于吴三桂的热情，永历帝却并不领情，经常当着士兵的面嘲讽他，破口大骂吴三桂忘恩负义，吴三桂对此并不恼怒，只是觉得有些羞愧，长此以往便不再看望永历帝，只有南明大臣龚彝经常准备美酒佳肴进献给皇帝享用。
起初都被看守的士兵阻拦，龚彝不满大声斥责：“身为臣子，探望君王是天经地义的事情，即便是蛮夷都知道君臣之礼，我来面见皇帝，你凭什么要阻拦?”士兵不敢做主，急忙找来吴三桂，吴三桂马上同意。
君臣相见，免不了一番哀伤，平日几乎不饮酒的永历帝想到自己的处境，十分悲痛，龚彝就跪在身边劝说皇帝借酒消愁，等到永历帝清醒过来的时候，只见龚彝自尽在自己身边，顿时痛哭流涕。
永历帝最后的日子里整日与痛苦作伴，家人都被隔离看押，每天都在等待着别人发落，没多久迎接他的末日到来了，吴三桂手下有个军官，笼络了一批人，想着把永历帝救出去，如果成功的话自己就能平步青云，名垂千古了。
虽说听起来很简单，却因为没有完善计划而失败，吴三桂得知以后把起事的几个人抓了起来，处以碾刑，碾刑十分残酷，简单来说就是用重物将人压死，古罗马人在这上面颇有心得，经常把犯人绑在刀尖上，然而用巨石碾过。
还有更狠毒的则把犯人装进一个巨型压榨机中，最终血肉模糊，成为一滩烂泥，通过这件事吴三桂明白，只要永历皇帝还活着就一定会有人继续营救，因此动了杀心，吴三桂上书朝廷请求处死永历帝，并且认为如果将他押解到京城一定会有人来营救，因此想在当地处决。
清廷同意以后，吴三桂把永历帝一家押到昆明，几个妃子不甘受辱，商量好一起咬舌自尽，随后永历帝以及其余子孙遭弓弦勒死，南明宣告灭亡。
朱由榔享年40岁，如果不是被推上皇位，可能还会活得更长一些，死后被追封为明昭宗，朱由榔作风简朴，不为声色所动，临死之前十分悲壮，因此也给许多文人士子留下了好印象，后世常常借他之名来缅怀故国。
传闻永历帝死后，明朝旧臣扶刚带领部下找到永历帝遗体，带回家乡安葬，为了掩人耳目，按照当地人的风俗修建了一座陵寝，吩咐后代不得宣扬，等到时机成熟以后再来立碑祭祀，从此以后扶家世代守墓，直到民国年间才被发现。
很多人曾把南明希望放在吴三桂身上，只不过造化弄人，永历死后吴三桂也失去了利用价值，康熙年间朝廷削藩，触及吴三桂利益，吴三桂不得已自立为王，以“兴明讨虏”为号，61岁高龄再次跨上战马，五年后病逝，临死之前还做了5个月的皇帝，而他也成了一个极度复杂的人，时至今日依旧被人唾骂。