秦朝是我国历史上的第一个大一统王朝，又是华夏族(汉族前身)自己建立的朝代。按理说，秦朝的正统性毋庸争议。但实际上却并非如此，秦朝一度作为历史上的反面教材，其正统性也遭受过后世的否定。
司马光在《资治通鉴》中有一段《论正闰》。“闰”，即是“伪”。其中就言道：天生烝民，其势不能自治，必相与戴君以治之....秦焚书坑儒，汉兴，学者始推五德生、胜，以秦为闰位，在木火之间，霸而不王，于是正闰之论兴矣。及汉室颠覆，三国鼎跱。晋氏失驭，五胡云扰。宋、魏以降，南北分治，各有国史，互相排黜，南谓北为索虏，北谓南为岛夷。朱氏代唐，四方幅裂，朱邪(李存勖本姓朱邪)入汴，比之穷(后羿)、新(王莽)，运历年纪，皆弃而不数，此皆私己之偏辞，非大公之通论也。
也就是说，我国历史上的正统之辨，就是始自于汉朝对秦朝正统性的否定。战国时期，邹衍的五德终始学说开始兴起，而这也成为我国历代王朝阐释其政权合法性的理论架构。秦以水德自居，其色尚黑。而“汉”我们一般都认为是火德，其色尚赤(红)。但实际上，关于汉朝的德运，一度存在争议。
据东汉·荀悦《前汉纪》：..汉兴继尧之胄。承周之运。接秦之弊。汉祖初定天下。则从火德。斩蛇着符。旗帜尚赤。自然之应。得天统矣。其后张苍谓汉为水德。而贾谊公孙弘以为土德。及至刘向父子。乃推五行之运。以子承母。始自伏羲。以迄于汉。宜为火德。其序之也。
即是说：刘邦定天下之时，以汉为火德，其色尚赤。而至张苍为相，认为汉朝应为水德。而贾谊、公孙弘却认为汉朝应为土德。至刘向、刘歆父子(西汉末年)，推五行之运，才再定汉朝为火德。
据《史记·张丞相列传》：..张苍为计相时，绪正律历。以高祖十月始至霸上，因故秦时本以十月为岁首，弗革。推五德之运，以为汉当水德之时，尚黑如故...(张)苍为丞相十馀年，鲁人公孙臣上书言汉土德时，其符有黄龙当见。诏下其议张苍，张苍以为非是，罢之。其後黄龙见成纪，於是文帝召公孙臣以为博士，草土德之历制度，更元年。张丞相由此自绌，谢病称老。
由此可见，五德之运不仅关乎王朝的正统论定，还影响王朝的律历、官员任免等方面。
实际上，无论汉为水德还是火德，都是以否定秦朝的正统性为前提而推定的。再据东汉·荀悦《前汉纪》：..秦昭王始灭周。而诸侯未尽从。至昭王之曾孙政。遂并天下。是为始皇帝。有天下十四年。犹共工氏焉。非其序也。自周之灭。及秦之亡。凡四十九年。而汉祖灭秦。号曰汉。故为火德矣。
周朝被推定为木德，而木生火，故汉刚好以火德承继了周朝的木德。而秦朝则被归入共工氏、有穷氏(后羿)、新朝(王莽)之流，并没有获得汉朝的承认，那为何汉朝要否定掉秦朝的正统性呢?
其一，秦朝的国祚不长，易于被抹去。自秦昭王灭周算起，秦朝有49年国运。而自秦始皇一并天下算起，秦朝的国祚只有14年。而秦之前的王朝，却都有几百年的国祚。秦朝的统治，还不到一代人的记忆。故而，秦朝的合法性也易于被否定掉。
其二，秦朝统一天下的进程中过於残暴，而汉朝又是以革命取得天下，出于政治的目的，而否定掉秦朝的正统性。秦是战国七雄之中，最为残暴的国家，也是唯一实行斩首授爵制的国家、屠戮过重，而被山东六国称之为虎狼之国。且又无信义德政于民，却肆意侵凌奴役六国人民。故而，在汉朝建立之后，出于政治的目的(山东六国怨秦甚深)，也不愿意承认秦朝的合法性。
其三，也与秦始皇焚书坑儒有关。秦朝的统治过于暴虐，儒生原本对秦朝就没有好感，而秦始皇又作出焚书坑儒等举措，更令儒生们生恨。而儒生掌握着知识，拥有对政治的解释权威。肯定秦朝的合法，一定程度上就肯定了秦朝的暴虐统治，也相当于肯定了秦始皇的焚书坑儒事件，这显然违背儒生们的意愿。出于对秦始皇焚书坑儒的“投桃报李”，汉朝儒生便否定了秦朝的合法统治。