会昌毁佛是中对佛教破坏力最大的一次排佛运动，相比于其他时期的排佛运动，由于唐王朝是统一的王朝，在这样的政治环境下推行的毁佛政策，在整个中国地区都产生了巨大的影响，对中国佛教造成了许多不可逆的损伤。在这场毁佛运动中寺院经济受到严重打击，天台宗和华严宗大量经典在毁佛运动散失，导致后世僧人不得不从新罗、日本辗转获得佛经。由于此时佛教的重心已经从印度转移到中国，会昌毁佛对整个佛教而言都是一次沉重的打击。
会昌毁佛不仅对佛教产生了致命性的打击，对同时流传于中国的景教、祆教和摩尼教也打击甚大。由于这三教也是外传宗教，在会昌毁佛运动中也被连带打压。由于这三教传入中土时间尚短，根基浅，因而在遭受武宗的打击后再想恢复以前的规模就难上加难了。在武宗朝后，摩尼教被迫转为秘密宗教，在此后的多次农民起义中发挥了重要作用。
这次毁佛运动，使依赖于寺院经济和佛经经典的中国佛教各宗式微，但同时也为禅宗和净土宗的繁荣创造了空间。不著书立说，发展山林道场的禅宗和宣扬念阿弥陀佛即往净土的净土宗在这次毁佛运动后成为中国佛教的主力。史丹利·外因斯坦在《唐代佛教——王法与佛法》中提到：“虽然唐末会昌毁佛之难和接连的战事，是成为结束中国佛教义理在史上无可匹敌的创造力的罪魁祸首，相对的，它们却为具体展开大乘思想而成为中国佛教两大支柱，迄今仍然屹立不倒的禅宗与净土宗展开一条大道。”
会昌毁佛的积极意义在于客观上瓦解了寺院经济，在打压寺院经济的过程获得了大量的土地和财富，尤其大量土地的获得，对实行两税法的中唐政府意义重大，在与河朔三镇的对立中，中央政府获得了更多的政治和经济筹码。
更重要的是，会昌毁佛重新划明了世俗与宗教间的界限，在唐代寺院经济高峰时期，寺院已经成为世俗社会中重要的经济体，以寺院经济为依托的各宗派获得了越来越多的政治筹码，世俗和宗教界线的模糊令唐武宗感到担忧。会昌毁佛虽然以失败告终，但在此之后的禅宗和净土宗都是出世特征更明显的宗派，就划分世俗和宗教间界线而言，唐武宗是做出了贡献的。
一言以蔽之，会昌毁佛是一次封建统治阶级以行政力量干涉宗教的运动，它的草草结束再次证明了神权和封建政权这一对孪生子，为了各自的发展最终还得走向合作而相行共生。