朱元璋建立元朝，制定了一套皇位继承王爵分封的制度。他规定皇位只能由嫡长子继承，如果长子去世了，就由兄弟继承，但是作为兄弟必须是嫡母所生，如果是庶母所生的话，虽然为长子，但是也不能立他为太子。洪武三年的时候，他模仿汉高祖，立自己的儿子为王，又将他们分封到各个地方，而这一些亲王就成了皇权的重要支柱。
他对于自己死后的皇位继承十分的重视，在1397年，他生了一场大病，认为自己可能活不了多久，就把后宫非常聪明的李淑妃给杀死了，防止她操纵朝政。他的长子为马皇后所生，在1392年因为生病而医治无效死了，他必须重新找一个继位者，而这一个人选，让他感到十分的为难，本应该由他的长孙继位，但是长孙并不适合这个位置，所以他想立自己的儿子朱棣为新的国君。但是却被大臣们否定了，因为这不合乎制度。
后来建文帝顺利的登上了帝位，但是，他的王叔们都不把他放在眼里。特别是燕王朱棣，召见他的时候，竟然站立而不跪拜，令他十分恼火，所以他开始准备削藩。他先后将几个叔叔都治了罪，也有的贬为平民。1399年，他发兵逮捕燕王，但燕王早做了准备，以清君侧的旗帜，废除了建文的年号，继续称洪武。
1402年的时候，朱棣成功攻取了京城，建文帝一气之下，放了一把火，当燕王来的时候，宫中已经是一片火海了，而建文帝则不知去向，连带着他使用的宝玺也不见了。他到底去了哪里呢?在书籍上记载的是，他在宫中被那场大火给烧死了。但是，等火熄灭的时候，燕王曾里外搜查过，并没有看见他的尸体，不但这样，就连后人也从未见过他的陵墓。他虽然当朝时间不长，但却也是一代帝王，理应有属于自己的陵墓，但是世人却找不到他的墓园。
如果他没有被火烧死，那么他又去了哪里?有人认为，他在火烧起来的时候逃了出去，说他去做了和尚。在太祖病重的时候，他曾经给了建文帝一个小盒子，让他在危难的时候拿出来，很可能盒子里面装的就是和尚的一份度牒。而且晚点，见了这份通牒之后，便削发披缁，从地道中逃走了。这也与太祖之前为所有的和尚重新登记造册相联系。
对于建文帝的失踪，很多人都有不同的说法，就连现在的影视剧，都依然围着他的这个失踪而做文章。但是无论他是失踪了，还是真的在大火中自焚而死了，书籍所留给我们的，除了各种矛盾之外，并无具体的真相。所以说，他的失踪在短期内还是一个谜案。