对邪马台国的研究始于江户时代中叶，新井白石和本居宣长对《魏志》中有关倭人的记载进行了细致的研究，分别提出邪马台国在畿内大和和在九州的说法，对于卑弥呼是否是神功皇后，也作了深入的考证。
明治维新以后，日本历史学界肯定倭人记载的史料价值，形成主张邪马台国在九州和在畿内大和的两个学派，并否定卑弥呼即神功皇后的传统说法。
第一次世界大战前后，考古学家和马克思主义历史学家参加讨论，对邪马台国的社会性质等作了理论上的研究和阐述，扩大了研究领域。
第二次世界大战后，邪马台国的研究出现飞跃发展。但在地理位置问题上，仍然无法解决九州说在里程上的矛盾、大和说在方向上的矛盾，从而在社会性质和国家论上也是议论纷纭。
因此，关于邪马台国的社会，有原始社会末期、英雄时代、从原始社会向阶级社会过渡阶段和奴隶制社会等各种看法。在国家论上也有部落联盟、国家的雏形或原始国家以及东方专制君主制等各种观点。
日本奈良县樱井市教育委员会2009年3月20日宣布，近期对位于该市的缠向遗迹的考古发掘发现了公元3世纪前半期的建筑群。这一发现有可能成为探寻作为日本国家起源的“邪马台国”的新线索。
缠向遗迹被认为是“邪马台国”在畿内地区最有可能的所在地，此前曾进行过多次发掘。2009年2月开始的此次调查对1978年发掘出的栅栏和建筑遗迹及其周边约400平方米的范围进行了扩大发掘，结果发现了新的建筑和栅栏遗迹。这些建筑和栅栏的年代为公元3世纪前半期，正好和《魏志·倭人传》中卑弥呼所处的时代一致。
已发掘的建筑正好排列成一排，被栅栏分隔开来。樱井市教委称，这样的构造在同一时期的考古发现中尚属首次，这里很可能是“王权中枢设施的一角”。
一些支持畿内说的学者认为，此次发现的建筑规模较小，应该是“中枢设施”的附属设施，今后的发掘令人期待。还有学者注意到建筑群的规划性，认为这可能是卑弥呼为迎接魏国使者而整顿“国家威容”的结果。
但也有支持九州说的学者认为，仅凭少量建筑和栅栏遗迹就认为这里是“邪马台国”还为时尚早，此次发现并不能动摇九州说。
日本考古专家通过科学检测发现，奈良县樱井市箸墓古坟出土的文物与日本古代“邪马台国”女王卑弥呼的去世时间相吻合。这一发现可能对确定作为日本国家起源的“邪马台国”的位置产生重要影响。
据日本媒体2009年5月29日报道，日本国立历史民俗博物馆的一个研究小组利用碳14测年法对从箸墓古坟周边出土的土器上附着的碳化物进行了检测。考古学家根据出土状态判断这些土器是古坟完成后不久丢弃的，其年代也应与古坟建造年代相近。研究小组根据检测结果推定，箸墓古坟的建造年代在公元240年至260年之间。这与中国古代史书中记载的卑弥呼的去世时间公元248年左右相吻合。研究小组因此认为，箸墓古坟很可能就是卑弥呼的陵墓。
箸墓古坟位于公元3世纪时期日本最大的村落遗迹缠向遗迹内，全长约280米，远大于此前发现的110米的最长古坟，被认为是强大政权出现的结果，但其墓主却一直是个谜。由于箸墓古坟是日本宫内厅指定的皇族陵墓，不允许发掘，因此古坟周边出土的土器成为判断古坟年代的线索。此前的考证基本是根据土器样式进行的，有卑弥呼本人陵墓、卑弥呼后继者陵墓以及与卑弥呼无直接关系者的陵墓等多种说法。
“邪马台国”被认为是日本国家的起源，其记载见于中国史书《三国志》中的《魏志·倭人传》。书中称“邪马台国”在经过大乱后产生了一个名叫卑弥呼的女王，并记载了卑弥呼统治下的“邪马台国”在公元239至248年间与魏国互派使节的情况。但关于“邪马台国”的位置，书中没有准确记载，史学界一直有畿内地区和九州地区两种意见。日本媒体均认为，上述考古成果很可能对“邪马台国”位置之争产生影响。
有学者指出，碳14测年法在取样时容易混入杂质从而影响检测结果，从世界考古实践来看，检测结果也往往比考古学认定的年代靠前，因此不能仅凭这一点就轻易下结论。但研究小组声称，除箸墓古坟外，他们还对周边古坟出土的土器作了检测，结果年代相同。