顺治时期，改皇太极时期所建内务府为十三衙门，但康熙帝继位后，将其裁撤，重设内务府。内务府衙门当时分“内务府堂”(简称“堂上”，又称“本府”)及所属“七司”、“二院”等，总机关称“总管内务府衙门”。其最高官员为“总管内务府”。所属“七司”是：御用监，系为内务府掌管府藏及出纳总汇的机构;尚膳监，掌内务府所属武职官的铨选、任用及围猎、捕鱼之事，顺治十八年改为采捕衙门;钟鼓司，掌内廷礼乐并考核太监品级，顺治十三年改为礼仪监，顺治十七年又易名为礼仪院;内官监，管理内务府帑项出纳及庄园地亩之事，顺治十七年易名为宣徽院;惜薪司，掌宫廷缮修工程事务，顺治十八年易名为内工部;三旗牛羊群牧处，掌牛羊畜牧事务;尚方司，掌审拟上三旗的刑名案件，顺治十一年设，十二年改为尚方院。所属“二院”是：御马，掌掌“御用”马匹，顺治十八年易名为“阿敦衙门”(阿敦系满语，意为马群);鞍楼，是制备兵具、器械的机构，顺治十一年易名为兵仗局，顺治十八年又改为武备院。
宫中财政则主要来源于内务府所属皇庄的收益。当然，随着皇室对东北地区貂皮、人参的垄断，内务府还将宫中剩余的此类物品变价，以获取收益。此外，内务府还从事官房买卖与租赁等商业活动。但在内务府设立之初，其经费来源尚不充足。
广储司
广储司，设总办郎中、郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌内府库藏，领银、皮、瓷、缎、衣、茶六库。
都虞司
都虞司，设郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌内务府武职官铨选及畋鱼之事。
掌礼司
掌礼司，设郎中、员外郎、主事、赞礼郎、司俎官、司祝、司香、司碓、 笔帖式、 书吏、掌内廷礼乐及考核太监品级。
会计司
会计司，设郎中、员外郎、六主、委署主事、笔帖式、书吏，掌内务府出纳及庄园地亩之事。先用宫女、太监，亦由该司管理。
营造司
营造司，设员同掌仪司，掌宫廷修缮工程。
庆丰司
庆丰司，设员同掌仪司，掌牛羊畜牧之事。
慎刑司
慎邢司，设员同掌仪司，掌审谳上三旗刑狱案件。
上驷院
上驷院，设兼管大臣、卿、堂主事、笔帖式、下分左右二司，有郎中、员外郎、主事、委署主事，掌御用马匹。
武备院
武备院，设兼管大臣、卿、郎中、主事、委署主事、笔帖式、书吏，掌制造器械。
奉宸院
奉宸院，设总理大臣、卿、郎中、员外郎、主事、良署主事、苑丞、苑副、委署苑副、笔帖式、书吏，掌景山、三海、南苑等处的管理、修缮。天坛斋宫，亦由奉宸院管理。圆明园、畅春园、万寿山、玉泉山、香山、热河行宫、汤泉(今昌平县东小汤山)行宫、盘山(今蓟县西北)行宫、黄新庄、(今良乡北)行宫，因与皇帝驻骅有关，俱归内务府委官管理。
此外，内务府还管辖有三大殿，管理慈宁宫、寿康宫处，御药房、寿药房，文渊阁，黄武殿修书处，御书处，养心殿造办处，咸安宫官学，景山官学，敬事房等。其中敬事房为管理宫内宦官的机构。