明朝洪武年间(1368—1398)，戴思恭被朝廷征为正八品御医，授予了“迪功郎”的官职。由于他治病疗效特别好，明太祖朱元璋非常看重他。
戴思恭曾为晋王治愈了肢瘫的病症。但后来，朱元璋第三子晋恭王因旧病复发而死。朱元璋大怒，逮捕了王府的御医，要将他们治罪杀死。戴思恭上前从容进言道：“我曾经为晋王治过病，并且对您说过，今日虽然病好了，但因为他的病已深入膏肓，如果再复发就性命难保，今天果然如所言了。”听了戴思恭的这一席话，太祖朱元璋才免了各位御医的死罪。
洪武三十一年(1398)5月，太祖朱元璋患病久治不愈，迁怒于御医，下令逮捕医官。朱元璋唯独慰勉戴思恭说：“你是仁义人，不要怕。”仍重用他。不久，明太祖病逝。建文帝即位后，将诸多侍医治罪，唯独提升戴思恭为太医院使。
到了永乐初年(1403)，78岁的戴思恭因年老告辞回乡。三年后，再次被征召入朝，当时的皇帝为朱棣。早在洪武年间，朱棣尚为燕王时，因患症瘕之疾，燕王府良医正(后升院判)韩彝久治不愈，太祖朱元璋就派戴思恭前往燕京(北京)诊治。戴思恭先询问了韩彝所用的药方，又问燕王有什么饮食嗜好，朱棣答：“生芹”。戴思恭说：明白了。他一剂药下，即排出诸多寄生虫，燕王的病就好了。因此，朱棣对戴思恭十分敬重。戴思恭再次入朝时已80高龄，朱棣对他特别关照，免去了他的跪拜之礼。这一年的年底，戴思恭又告老还乡。返乡十天后，戴思恭病逝，享年八十二岁。安葬在浦江之滨的独秀山。
在戴思恭最后离开朝廷返回故里之时，朱棣曾颁布诏书“朕复招汝，汝即来也”，可见已为皇帝的朱棣对戴思恭的期待与敬重，仍然期待着让戴思恭关注他的保健医疗。戴思恭死后，皇帝传谕旨予以祭奠，说了许多称赞之辞。
戴思恭的著作有《证治要诀》十二卷;《证治要诀类方》四卷;《推求师意》二卷;以及校补《金匮钩玄》三卷。
戴思恭得到了朱丹溪学术的真传，在继承中对丹溪未竟之论予以补充、发挥，不愧为丹溪高足。丹溪说，“气有余便是火”， 戴思恭则补充说：“气属阳，动作火”，并进一步解释说：“捍卫冲和不息之谓气，扰乱妄动变常之谓火”。丹溪说：“人身诸病，多生于郁”。戴思恭则根据临床，对此加以引申，指出“传化失常”是导致郁证的关键。戴思恭写的《推求师意》一书，便是本着其师朱丹溪之道，予以研究阐发，发挥了老师的未竟之意。难能可贵的是，戴思恭身为朱丹溪弟子，对丹溪的心法领悟最深，但也善于灵活运用刘河间、张子和、李东垣之长，而不拘泥于一家之言。
垂暮之年的戴思恭，对恩师朱丹溪仍然怀着深深的敬重。公元1405年，82岁的戴思恭离开朝廷返回故乡，十天后病逝。而就在这十天里，他还抱病祭奠了先师朱丹溪的陵墓。
宋濂在《宋学士文集·翰苑续集》中撰文称赞戴思恭医术高妙，非一般医生可及，可以看出戴思恭当时的医名。明史中评价戴思恭“人谓无愧其师云”，该是对朱丹溪这位优秀弟子的最高嘉许。