三公
明朝中枢有三公(太师、太傅、太保)、三孤(少师、少傅、少保)，为皇帝的辅佐官，职位崇高，但无定员，无专责，实际上是虚衔。中期以后，成为大臣加官或赠官(生而授为加，死而授为赠)。万历时张居正为太师，掌有实权，是特例。
中书省
明代初设中书省，有左、右丞相。明朝中书省，为明朝初期(公元1368年至公元1380年即洪武十三年)的行政中枢。其中丞相为明朝中书省的最高级长官，负责统领六部。明初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。甲辰正月，初置左、右相国，其中李善长为右相国，徐达为左相国。吴元年，改右相国为左相国，左相国为右相国。洪武元年，改为左、右丞相。由中书省统六部，但不设置中书令 [2] 。1380年(洪武十三年)，胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。
内阁
明朝内阁，为明成祖首先确立。乃是明朝1402年(建文四年)至1644年(崇祯十七年)的皇帝咨政机构，此后权力逐渐增大，后形成为明朝行政中枢。内阁辅臣的人数为一人至七人不等，辅臣奉使出外办事，多自称阁部。明太祖废除宰相。起初，内阁大学士只具有顾问身份，皇帝为最终决定的权力，而大学士很少有参决的机会。到明仁宗、明宣宗时期，大学士均因有太子经师的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗时期，朝廷事无大小，宣宗均悉数谘询大学士杨士奇的看法而决定。虽然吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉召见时得以参与各部事宜，然而其还远不如杨士奇等内阁成员得以亲自接见。自此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部。
六部
洪武十三年，明太祖朱元璋杀左丞相胡惟庸，罢中书省，废丞相，分中书省之权归于六部，六部直接秉承皇帝意旨办事。初置四辅官，以春、夏、秋、冬为名，不久废去。洪武十五年，仿宋朝制度，设殿阁大学士，当时设有华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁、文华殿等大学士之名，后称为“内阁”。开始设立时，大学士之职掌“侍左右，备顾问”，秩为正五品。成祖时，大学士开始参预机务，仁宗时，阁臣之权渐重。到世宗嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，大臣之阁衔随之变动。大学士的班次列在六部尚书之上，成为事实上的宰相，首席大学士称为“首辅”，权力极重。
明朝中枢设六部。吏部有尚书(正二品)一人，左右侍郎(正三品)各一人，下设四个清吏司(文选、验封、稽勋、考功)，每司各有郎中(正五品)一人，员外郎(从五品)一人，主事(正六品)一人等官。吏部职权特重，为六部之首。户部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司(浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南)，各司有郎中、员外郎、主事等官。户部另有一些直辖机构，如宝钞提举司、广盈库、军储仓等。礼部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司(仪制、祀祭、主客、精膳)，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖铸印局等。兵部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司(武选、职方、车驾、武库)，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖会文馆等机构。刑部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设十三清吏司(分司同户部)。各司有郎中、员外郎、主事等官。工部有尚书一人，左右侍郎各一人，下设四个清吏司(营缮、虞衡、都水、屯田)，各司有郎中、员外郎、主事等官。另辖宝源局、军器局等机构。
旧都南京也设六部，称南六部，另有一套职官，但又不全置，其职权远不如北京六部。一般是安置地位崇高之退闲大臣之所。
都察院
洪武十三年，罢御史台。洪武十五年，更置都察院。左都御史掌都察院，与右都御史同正二品。左、右副都御史，正三品。左、右佥都御史，正四品。十三道监察御史计一百一十人，正七品。都御史，“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。十三道监察御史的职责是“察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在内两京刷卷，巡视京营，监临乡、会试及武举，巡视光禄，巡视仓场，巡视内库、皇城、五城，轮值登闻鼓。外巡按，清军，提督学校，茶马，巡漕，巡关，攒运，印马，屯田。师行则监军纪功”。巡按称为“代天子巡狩”。明朝检察权很高，监察御史品级不高，出外巡查时权力却很大。
通政使司
洪武十年置通政使司。“政犹水也，欲其常通，故以‘通政’名官。”通政使，“掌内外章疏敷奏封驳之事”，正三品。左右通政、誊黄右通政各一人，正四品。左、右参议，正五品。内外奏疏，须经通政司达上，径自封进者可参驳。朝会引奏臣民言事，机密不时入奏。有违误则籍而会请。“凡议大政、大狱及会推文武大臣，必参与。”通政使是明朝“大九卿”之一。
大理寺
大理卿掌大理寺，正三品。左、右少卿，正四品。左、右寺丞，正五品。大理卿掌“审谳，平反刑狱之政令”。左、右寺，分理京畿、十三布政司刑名之事。大理寺与刑部、都察院合称“三法司”，会审重大案件。大理卿与六部尚书、左都御史、通政使合称“大九卿”。
翰林院
翰林院相当于现在的国立大学、干部学院。翰林学士(正五品)掌翰林院。另有侍读学士两人、侍讲学士两人，并从五品。侍读、侍讲各两人，并正六品。殿试点中状元者，授修撰(从六品);榜眼、探花，授编修(正七品)。掌制诰、史册、文翰、讲读经史、修撰国史等事。
国子监
掌教育。祭酒掌国子监，从四品。副手司业，正六品。另有五经博士、助教、学正等官。下设五厅(绳愆厅、博士厅、典簿厅、典籍厅、掌馔厅)、六堂(率性、修道、诚心、正义、崇志、广业)。迁都北京后，南京仍设国子监，时称“南监”，北京则称“北监”。
六科
即吏、户、礼、兵、刑、工。掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。有都给事中各一人，左、右给事中各一人，给事中等官。
五寺
五寺是五衙门的简称，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺：相当于今天的法院，是全国最高上诉机关。与都察院、刑部构成了三法司。 太常寺：主管祭祀。光禄寺：主管宴享。太仆寺：管马。鸿胪寺：管招待外宾。
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詹事府
詹事府是负责辅助太子的机构设正三品詹事一人，正四品少詹事一人，正六品府丞一人。詹事府设左右春坊、司经局、主簿厅。
太医院
太医院管理宫廷及贵族诊断、制药，设正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御医四人，从九品吏目若干人。