吴鞠通有感于当时医生墨守伤寒治法不知变通，撰写《温病条辨》七卷，提出温病的三焦辨证学说，对温病学说贡献很大，是继叶天士、薛雪之后的温病学派重要代表人物。吴鞠通的《温病条辨》，是温病学的一座里程碑，不朽的中医著作。全书分七卷，以条文和注解相结合的方式对温病加以阐述，首卷“原病篇”摘引《内经》有关温病的记载，并加以注释，说明温病的始原。一至三卷是分述上、中、下三焦温病的证候及调治方法。四卷是杂说，提到救逆、紧急救治和病后调治各论，以便阅读者不致临床混淆。五至六卷是“解产难”和“解儿难”，分述妇科产后及儿科惊风、痘疹的论治。吴鞠通创立了温病“三焦学说”，并结合“卫、气、营、血”理论，创造性地提出温病辨证论治的纲领和方法，大大地丰富祖国传统医学宝库。《温病条辨》写成后，立即被广为传抄，在医学界引起轰动，深得当代医家的重视和推崇。颇有医学知识的礼部尚书汪廷珍为之作序：“吾友鞠通吴子……述先贤之格言，摅生平之心得”写成《温病条辨》，这是不可多得的具有临床实用价值的著作。医家张维屏在书后评介：“瑭在京治温病，全活甚众，于是采辑名贤著述，附以己意，阅十数载，考验而成书，……余观数月，见其苦心孤诣，缕析条分，诚治温病不可无之书也，……然贝4医必先明伤寒，而后能明温病，既识伤寒，又不可不识温病，而是书于温病，则固详且备矣。”《珍藏医书类目》评价《温病条辨》“颇有条理，可为治温病之津梁也。”《意园谈医书笔记》赞扬“此书为温病所必看之书。”……由此可见，《温病条辨》确是清代中医温病学的一部杰出之作。嘉庆十八年(1813)吴鞠通的这部伟大著作，在汪廷珍的支助下，得以刊刻问世，并很快传到了日本，在国内外产生较大影响。日本中医博士奈良贤太郎写了一部《内科温病条辨的研究》，淮安清代医家李厚坤继承吴氏学说，把《温病条辨》改成赋文，便利阅读背诵，以启迪后学者。现代中医学院把吴氏著作作为必修课程，可见其影响之深远。
他曾在北京检核《四库全书》，得见其中收载了吴又可的《温疫论》，深感其论述宏阔有力，发前人之所未发，极有创见，又合于实情，便仔细研究，受到了很大的启发。他对叶天士更是推崇，但认为叶氏的理论“多南方证，又立论甚简，但有医案散见于杂证之中，人多忽之而不深究。”于是他在继承了叶天士理论的基础上参古博今，结合临证经验，撰写了《温病条辨》七卷，对温热病学说做了进一步的发挥。
他认为温病有9种，吴又可所说的温疫是其中最具传染性的一种，除此之外，另外还有其他八种温病，可以从季节及疾病表现上加以区分，这是对于温病很完整的一种分类方法。书中创立了“三焦辨证”的学说，这是继叶天士发展了张仲景的六经辨证，创立卫气营血辨证方法之后，在中医理论和辨证方法上的又一创举。“三焦辨证”法：就是将人体“横向”地分为上、中、下三焦。上焦以心肺为主，中焦以脾胃为主，下焦包括肝、肾、大小肠及膀胱。由此创立了一种新的人体脏腑归类方法，此法十分适用于温热病体系的辨证和治疗，诊断明确，便于施治。而且确立了三焦的正常传变方式是由上而下的“顺传”途径，“温病由口鼻而入，鼻气通于肺，口气通于胃，肺病逆传则为心包，上焦病不治，则传中焦，胃与脾也;中焦病不治，则传下焦。始上焦，终下焦。”因而，由传变方式也就决定了治疗原则：“治上焦如羽，非轻不举;治中焦如衡，非降不安;治下焦如沤，非重不沉。”同时，吴氏对《伤寒论》的六经辨证，同样采取了积极采纳的态度，认为“伤寒六经由表入里，由浅入深，须横看;本节论三焦，由上及下，亦由浅入深，须竖看。”这些理论，虽然从立论方式和分析方法上有所不同，但实际上仍是对叶天士的卫气营血辩证法的继承，并对其进行了很大的发展，尤其是在对疾病变化的认识上，是可以权衡协调的，二者并无矛盾之处。同时，三焦辩证法也完善了叶天士卫气营血说的治疗法则。叶氏的《温热论》中没有收载足够的方剂，而吴鞠通的另一重大贡献，就是在《温病条辨》当中，为后人留下了许多优秀的实用方剂，象银翘散、桑菊饮、藿香正气散、清营汤、清宫汤、犀角地黄汤等等，都是后世医家极为常用的方剂。临床上使用的方子，《温病条辨》方占十之八九。