人们熟悉的明代科学成果，如李时珍的《本草纲目》，宋应星的《天工开物》，受过中等教育的中国人几乎都略知一二。但是还有两项重要的科学成果，即是专业人士中也少有人知道的。一是朱载堉算出了十二平均律;第二是吴有性发现了新的致病原因。遗憾的是，这两项成果到了清代，都遭到了不同程度的扼杀。
一、明朝医学的新曙光
李时珍《本草纲目》,是传统本草学的延伸和完善，所以不仅现在受到重视，当时就受到许多赞扬。吴有性的《瘟疫论》，由于否定了传统的病因学说，在清代，则受到不少指责。
我国古代的医学理论，把致病的原因归结为所谓“七情六淫”。七情是喜怒哀乐爱恶欲，指内部的心理因素;六淫是风寒暑湿燥火，主要是外部的气候因素。明朝末年，瘟疫流行。吴有性在医疗实践中发现，瘟疫的病因，并不是气候因素，而是一种“杂气”。杂气致病，与气候的寒暖没有关系，而且致病更加严重，所以他把这种气称为“疠气”或“戾气”。这种气，“其来无时，其著无方”“各随其气而为诸病”(吴有性《瘟疫论》卷下《杂气论》)。也就是说，这种气，有许多种。所致的疾病，也有许多种。过去认为麻风、中风等等是风，其实不是风;过去认为疮痈、肿毒等，还有痘疹，都是火，其实不是火;过去认为霍乱、疟痢等是暑，其实不是暑。按照传统的风寒暑湿等办法医治，无一能够奏效，因为它们得病的原因不是气候因素，而是一种杂气。
为了说明是杂气致病，而不是所谓风寒暑湿等等致病，吴有性详细描述了杂气致病的特征：
1、 杂气不在“六淫”或五运六气之内;
2、 无论老少强弱，碰到它就得病;
3、 杂气致病不是先侵犯皮肤，然后由表及里，而是从口鼻进入;
4、 侵犯的部位，内不在脏腑，外不在经络。“去表不远，附近于胃。乃表里之分界，是为半表半里”;
5、 杂气致病，有的中之则发，有的要等机会。比如“遇饥饱劳碌，忧思气怒，正气被伤”才发作;
6，、杂气所致之病不同于伤寒。伤寒发热而恶寒，此病只热而不恶寒。和疟相似，但疟不传胃;
7、 伤寒有感冒风寒的外因，杂气所致之病为“时疫”，无感冒风寒的外因;
8、 杂气所致之病会传染;
9、 杂气所致之病还能不治自愈，医生往往因此冒功;
10、 杂气虽说也是天地之气，实则是方土之气。它从地上升起;
11、 有某种杂气，就有某种疾病;
12、 动物病，如牛瘟、猪瘟，也是杂气所致。有时猪病而牛不病，可知它们感染的气也不同;
13、 传统的汗、下、吐三法治不好杂气所致之病。
吴有性所论杂气所致之病的特点，即使从今天的观点看来，也难有更多的挑剔。尤其是他指出杂气致病往往多于六气，杂气致病往往待饥饱劳碌、感冒风寒才发。这种情况说明，在六气之后，真正的致病原因，乃是杂气。如果能够分清杂气的种类，找出针对性的治疗方法，将是新医学的曙光。
然而《瘟疫论》著成两年以后，吴有性即遭亡国之痛。他本人的命运如何?不得而知。而新的王朝，有新的需要和新的学术风气。吴有性开辟的对瘟疫的新认识和治疗瘟疫的新方向，几乎遭到了中断。
二、明代医学新曙光在清朝的熄灭
清代编《四库全书》，收入了《瘟疫论》。然而编纂者基本上不知道什么是“杂气”。该书的提要，仍然认为吴“以四时不正之气发为瘟疫”。也就是说，仍然把吴有性发现的“杂气”说成是传统的“五运六气”等气候因素。然而吴有性的“杂气”，恰恰与气候因素无关，并且是四时皆可发病，因而只与地域有关。
《四库提要》没有介绍吴有性的“杂气”理论，只介绍了吴对发病过程及症状的描述。然后说道：
其谓数百瘟疫之中，乃偶有一伤寒;数百伤寒之中，乃偶有一阴证。未免矫妄过直。
从今天的观点看来，可说数百瘟疫之中，无一是伤寒。富于考证精神的乾嘉学者，几乎无一人愿意去考察吴有性的结论，所以《四库全书》的编者也不理解吴有性的结论。接着，《四库提要》就搬出了古人衡量是非的标准：
然古人以瘟疫为杂证，医书往往附见，不立专门。又或误解《素问》“冬伤于寒，春必病温”之文，妄施治疗。
事不师古，又妄施治疗。对于一个医生，这可以说是最严厉的批评了。还有，吴有性的文章也写得不好：
其书不甚诠次，似随笔札录而成。
《四库提要》常常为许多科学著作辩护，认为对于专门家，不必论文采的优劣。然而对于吴有性，却是另一类对待。其对吴有性的反感，可见一斑。
一方面，《四库全书》的编者承认，《瘟疫论》的出现，使治瘟疫者“有绳墨之可守”，可谓“有功于世”。一面又尖锐批评《瘟疫论》不合古，甚至妄施治疗。这种矛盾心情，反映了当时医学界严重的复古尊经倾向。这种倾向，使吴有性的瘟疫理论逐渐淹没在传统的七情六淫之中。一百多年后，欧洲大陆因为巴斯德发现了细菌是致病的原因，使西方医学的面貌发生了根本改观。