陈修园的时代，一般医生为了应付门诊，多半只学习唐、宋以来各个医家的药书、方书，想从中找出几个治病的药方，而对祖国的医学经典著作、理论著作和《内经》、《难经》、《神农本草经》以及《伤寒论》、《金匮要略》等到著作并不感兴趣。更不愿为研究这些著作而下苦功夫。
陈修园感到这股轻视中医基本理论的风气是不正常的。为了扭转这股学气，嘉庆二十四年(1819年)，陈修园告老还乡，在福建省嵩山井上草堂讲学，不但把他数十年来研究这几部中医经典的体会传授给学生，而目，大力呼吁其他医学家也应对这方面的学习加以重视。听他讲课的人很多，来自全国许多地方。
不成规矩就不成方圆，陈修圆宗于《内经》、《伤寒》等经典著作，他对古典医籍的钻研功力深厚，涉猎广泛，因此他的书籍正统，规范。他还长期从事中医的普及工作，将中医知识通俗化，为后学开启了登堂入室之门。
在医学理论上陈修园特别推崇张仲景，是维护伤寒派的中坚人物之一，也是继张志聪、张锡驹之后最有影响的尊经崇古派。在伤寒研究的争论中，他极力反对方有执、喻嘉言的“错简”说，认为王叔和重新编注的《伤寒论》已经把张仲景的学说完整地流传下来，不能随便改动和取舍。他在研究《伤寒论》、《金匮要略》方面的代表著作有《伤寒论浅注》、《金匮要略浅注》和《伤寒医诀串解》，前两书曾三易其稿，史书称其“多有发明，世称善本”。他还将《伤寒论》、《金匮要略》两书中的方剂和治法编成《长沙方歌括》、《伤寒真方歌括》与《金匮方歌括》，易于记忆、习诵，对后学理解《伤寒论》、《金匮要略》很有帮助。虽然有人说陈修园注疏古籍有独到之处，但他上述着作的广泛流传主要是因为他的研究具有深入浅出的特点，为后学者、特别是初学者研究张仲景典籍提供了入门的阶梯。
在临床治疗上，陈修园长于用温补脾肾的方法治疗杂病，不喜用寒凉滋阴的药物。如他自己所说：“寒凉之药不可久服，人人俱知也，唯滋阴降火及不凉不温之品，最是误人。余素不喜寒凉，姑以寒凉方之不可弃者列”。他虽然承认滋肾丸、四生丸、清燥救肺汤等寒凉方剂能培补生气，是治疗“痨门”(肺结核一类消耗性疾病)不可少之方，但也只能暂用。而对保元方、六君子汤、五味异功散、归脾汤、附子理中汤等温热方剂则大赞其“补虚退热，进食除疾”、“益精气，扶元气”的功效，有“补火以致水之妙”。