驻防将军、兵部尚书，这两个职位的产生时间，各有不同。兵部尚书是在隋唐时期就已经产生职位。清朝建立后，沿袭了这一职位。而驻防将军却是清朝的特色。因为它是清朝驻守在各地的八旗兵长官。从大范围的看，这两个职位都有承担军务的职权。
因为兵部尚书管理的是全国的军队调动、粮草分配，以及军队中官员的任命。就等于说，地方军队的事务，基本都要交给中央朝廷处理。即便是总督、巡抚这样的封疆大吏也不例外。
但是，驻防将军确有一些例外。毕竟他们管理的是八旗兵。而八旗兵这支军队跟其他军队相比，有一个很大的不同。这是一支民兵结合的军队。士兵在平时可能就是一个农民，或者从事其他职业。他们只需要照常参加训练。等到战争爆发的时候，再重新回到编制，参加战斗即可。
作为这样一支军队的指挥官，注定他们跟兵部之间，有非常特殊的关系。而且，如果是与总督驻守在同一领地内，驻防将军的地位是高于总督的。
所以，要讲清楚他们与兵部尚书之间的职权关系，就要先弄清楚驻防将军自身的职权范围。首先，就是军务方面的职权。清朝的驻防将军一般都是镇守在各地的重要地区。各地根据自身情况不同，驻守的士兵数量不同。
而驻守在当地后，驻防将军的日常任务，就是训练军队，整修武备，保持战斗力。这是他们日常军务中，很关键的一点。军事是朝廷对驻防将军最重要的要求。
八旗军还有一个很重要的要求，就是监视绿营。他们是跟绿营驻扎在同一地方，但数量较少。虽然有较高的权限，但是军队的调动，还是归兵部处理。除了驻扎在京城的禁军可以有一些例外。全国各地的军队，如绿营的调动，都要归兵部调动。
如果私自调动军队，要受到重罚，会被皇帝认为是谋反的意思。所以，这是驻防将军职权范围之外的事情，不能干涉。当然，在官阶上，驻防将军跟兵部尚书是属于同一等级，都是从一品官职，没有明确的上下级关系。
不过，正如前面讲到，驻防将军负责的，不只是军事，还有政务。尤其是盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台这五个地方。这里没有设立总督、巡抚，驻防将军就是当地最高的行政长官。像盛京、吉林、黑龙江这三个地方，位于东三省，被视为清朝的龙兴之地，旗人众多。清朝不放心外人，自然要让驻防将军负责管理。
这里的一切政务，如钱粮、刑名、治安、风俗等事务，都要由驻防将军负责。因为朝廷对驻防将军的要求是以军事第一，所以这些只设立驻防将军的地方，政务以及官吏作风都挺糟糕的。当然，这是后话。
也正是因为驻防将军有军务以外的职权，所以，他们的这部分职权是不归兵部尚书调动管辖的。而是归其他部门，或者一些重要事情是由皇帝跟他们对接处理的。这个就是驻防将军跟其他驻扎在各地的军事长官相比，有自己特点的地方。