张元素对于脾胃病的治疗，有着比较系统、完整的方法。他将脾胃病的治疗总结为土实泻之，土虚补之，本湿除之，标湿渗之，胃实泻之，胃虚补之，本热寒之，标热解之等具体治疗原则。土实泻之，包括泻子、涌吐、泻下。土虚补之，包括补母、补气、补血。本湿除之，包括燥中宫、洁净府。标湿渗之，包括开鬼门。胃实泻之，包括泻湿热，消饮食。胃虚补之，包括补胃气以化湿热、散寒湿。本热寒之，主要是降火。标热解之，主要是解肌等等。他根据脾喜温运，胃宜润降的生理特点，分别确定了治脾宜守、宜补、宜升，治胃宜和、宜攻、宜降等治则，为后世进一步完善与深化脾胃病辨治纲领起到了不可忽视的作用。
此外，张元素还创制了治疗脾胃病的代表方剂——枳术丸。该方具有治痞、消食、强胃的功效。用白术二两，枳实麸炒黄色去穰一两。同为极细末，用荷叶裹烧饭为丸，如梧桐子大，每服五十丸。多用白汤下，不拘时日。本方系从《金匮要略》中枳术汤演变而来。《金匮要略》此方是枳实用量重于白术，以消化水饮为主，兼顾脾胃。张氏改汤为丸，白术用量多于枳实，则以补养脾胃为主，兼治痞消食。配荷叶芬芳升清，以之裹烧。又用米饭为丸，与术协力，则更能增强其养胃气的作用。于此可见，张氏对于脾胃病的治疗，其主导思想，乃是以扶养后天之本为先，而辅之以治痞消食，此即张氏所谓“养正积自除”的治疗观点。
张元素以研究脏腑病机为中心，成为一派医家之开山。对于脾胃病的治疗方法成为易水学派师弟相传的家法，其弟子李东垣、王好古均为中国医学史上青史留名的人物。张氏对药物学的贡献很大，其所撰《脏腑标本寒热虚实用药式》一文，探讨药物功效及临床应用，后被李时珍收入《本草纲目》之中，可见其学术影响之一斑。
行医之初，他没有什么名气。有一次，在社会上享有盛名的刘完素病了，害伤寒八天昨不进东西，正不知该怎么办，张元素赶去探望他的病。刘完素有点瞧不起他，脸转过去冲着墙壁不作声。张元素说：“你凭什么对我这样不客气呢?”等到他诊完脉，说出脉情，又问是否服用的某种药，刘完素点头称是。张元素说，你这就错了。那种药是主寒的，只能越服越重。你的病情这样，应该服用某某药才能奏效。刘完素听了，大为叹服。按他指示的药服后，病很快就好了。张元素从此名声大震，与刘完素相差无几。后来，竟独成一家体系，形成了一个易水学派。