“止嗽散”一方，为临床中医大夫所习用，只要是由感冒所引起的咳嗽都得用它。可它背后却有一个鲜为人知的故事。
传说程钟龄有祖坟葬于某山之上，其坟低处(亦曰坟下)，有当地一土豪之祖坟，该坟墓四周栽有多棵古柏，因程钟龄之祖坟居其上，为古柏的横枝所穿进，坟内的棺椁将露，程钟龄前往该土豪家中与他相商，要求剪除其穿坟的柏树枝干，但土豪不同意，并且坚决拒绝了他的请求，程钟龄迫于无赖便自行前往伐树。土豪大怒，便率领家奴数人前去阻止。
乡民都为程钟龄鸣不平，聚集了数十人与土豪相争，程钟龄极力阻止，但没有奏效。在殴斗中，土豪的一名家奴被乡民殴毙，于是土豪便诉讼于官府。为了不累及乡民，程钟龄遂赴官府自首。官府谳定论抵命，将程钟龄解省，待秋后处决。
适巡抚的母亲身患重病，所有的医生都治不好……程钟龄在狱中闻及此事，便私贿其狱卒，赂通臬司。臬司知道钟龄善医，便为程钟龄易服更名，荐至抚署，为巡抚的母亲诊病，诊断开方后仍归狱服刑。由此便上演了“朝为上宾，暮为重囚”之戏。
经过十多天，巡抚母亲的病竟获痊愈。巡抚便以五百金与臬司，臬司让仆人在狱中赠给程钟龄说：“这是巡抚的酬金。”程钟龄说：“本人本来不敢接受这份重金，怎奈家贫又遭劫难，典质一空，留之聊以赡家，故不敢辞;惟老太夫人之疾虽愈，但其根犹存，恐日后他变，当为拟以调理之方，以防其变……”臬司遂告之巡抚，遂复召程钟龄。程钟龄往见巡抚母亲，便投地哭拜道：“太夫人救我程某啊!”。
巡抚母亲大为感动，对巡抚说：“他救了我的命，你为何不救救他?”巡抚说：“他有刑役在身，我实在无法挽回。”巡抚之母便强迫儿子，命他们二人结为“金兰”。巡抚不敢违抗母命，叹道：“案定如山，断然无改判的理由。如果让你逃跑，我便与臬司要同受重罪!但母命难违，又不敢辞;为了保全君命，只好委屈你，让你遁入空门……”因此程钟龄遂入天都(今安徽省歙县)出家修行。
《医学心悟》一书，其多半内容乃成书于狱中。据民间流传，巡抚之母，因年迈体弱，患有咳嗽病，经诸医治疗不效，程钟龄乃以他自创之方“止嗽散”治之，使巡抚母亲之病竟然痊愈。该方也救了程钟龄一条性命。
近几年来，见到不少资料说“程钟龄因涉诉讼案，不得已出家修行，为僧”。其实程钟龄修行并非为僧，乃是修行“为道”。