成无己在《注解伤寒论》一书中，运用《内》、《难》之学的理论为指导，来分析其病机、治则、方剂等，使《内经》、《难经》与《伤寒论》之间一脉相承，完全符合仲景著书的原意，成为后世医家研究《伤寒论》的主要注本之一。例如，对《伤寒论》“太阳病，发汗，遂漏不止，其人恶风，小便难，四肢微急，难以屈伸者，桂枝加附子汤主之”一条，成氏解释说：“太阳病，因发汗，遂汗漏不止而恶风者，为阳气不足，因发汗，阳气益虚，而皮肤不固也。
《内经》曰：膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。小便难者，汗出亡津液，阳气虚弱，不能施化。四肢者，诸阳之本也。四肢微急，难以屈伸者，亡阳而津脱也。《针经》曰：液脱者，骨属屈伸不利。与桂枝加附子汤，以温经复阳。”这里，成氏引证之两段《内经》原文，第一段是指《素问·灵兰秘典论》，第二段的《针经》即《灵枢》，又称《九卷》，出自《灵枢·决气篇》。
成无己解释仲景之方，也以《内经》、《难经》的理论来说明。如其解释桂枝汤时说“《内经》曰：辛甘发散为阳，桂枝汤辛甘之剂也。”注解四逆汤时云：“《内经》曰：寒淫于内，治以甘热。又曰：寒淫所胜，平以辛热，甘草姜附相合，为甘辛大热之剂，乃可发散阴阳之气。”这里，成氏以《素问》中的《生气通天论》、《至真要大论》二篇关于四气、五味、阴阳之理来解释仲景组方之义，简洁明了。尤其在解释小青龙汤时，成氏说：“寒邪在表，非甘辛不能散之，麻黄、桂枝、甘草之辛甘，以发散表邪。水停心下而不行，则肾气燥，《内经》曰：肾苦燥，急食辛以润之。干姜、细辛、半夏之辛，以行水气而润肾。
咳逆而喘，则肺气逆，《内经》曰：肺欲收，急食酸以收之。芍药、五味子之酸，以收逆气而安肺。”这里，成氏运用《素问·脏气法时论》的经文，以说明小青龙汤散外寒化内饮的机理。