1.变而通之疗伤寒
缪公论治伤寒病，综合时代与地点之不同，颇“多独开门户”，化裁仲景成法，如对太阳之治，弃麻桂而主用羌活汤。这是因为江南之域，“从无刚劲之风，多有湿热之患。”而羌活正是祛风散寒除湿之要品，故为君药。同时，病值秋深冬月加紫苏、葱白。如病人自觉烦躁，喜就清凉，不喜就热，兼口渴，即欲传入阳明，羌活汤中宜加石膏、知母、麦冬，大剂与之，得汗即解。
2.创三要诀治吐血
缪仲淳治疗吐血时，认为吐血病机主要为阴虚火旺，迫血妄行，肝气升发太过，肝不藏血，气逆火升刑于肺金，伤于阳络。气逆血亦逆，火升血外溢。当然，由气火亢旺，肝不藏血引起其他出血如咯血、衄血亦可施用，因此提出论治吐血三要诀,即宜行血不宜止血;宜补肝不宜伐肝;宜降气不宜降火。
3.重视脾胃善甘润
东垣《脾胃论》治脾，究属偏于升阳刚燥，缪氏虽崇其说，然又有所发展，慎用苦寒克伐之品，如黄连、山桅、黄柏、知母之类，以免伤脾作泄。而温燥劫津之品，如白术、陈皮虽曰健胃除湿，救标则可，多服反能泻脾，以其能损津液。故亦宜适可而止，而不能漫用。他指出，脾虚有十二证，总方有脾阳不振和脾阴不足之别。脾阳不振宜温养之，脾阴不足则清养之。对于久病之体，脾阳虽伤，脾阴不足，治之兼顾脾阴。但若惑于脾喜燥恶湿则每流于刚燥，故缪氏又告诫:“徒知香燥、温补为治脾之法而不知甘寒滋润益阴。”有鉴于此，调理脾胃他常用人参、白扁豆、山药、莲肉、橘红、茯苓、炙甘草、大枣或枣仁、石解、沙参、麦冬、白芍、砂仁、麦芽等。
4.真假内外辨中风
缪仲淳认为，“中风有真假内外之别，差之毫厘，谬以千里。”并指出其不同之处。真中为感受外来风邪，在西北高寒，风气刚猛之地，真气空虚之人，易为所中，且可分中脏、中腑、中经络。中脏之人多死，中腑之人多成废人，中经络之人，则可调理而瘳。真中治则为先解散风邪，次则补养气血，方用小续命汤。药用桂枝、麻黄、生熟附子、羌独活、防风、白芷、南星之属。类中则由“多热多痰，真阴既亏，内热弥甚，煎熬津液，凝结为痰，壅阻气道，不得通利，热极生风，以致猝然僵仆。”患病之人多在“无刚猛之风而多湿热之气”的长江以南，如江、浙、福建、四川、湖北、湖南等地，表现为或不省人事，或口眼歪斜，或语言謇涩，或半身不遂。发病的先期，多可表现为内热证候，如口干舌苦，大便闭结，小便短涩。“类中”的病机，刘河间认为是将息失宜，水不制火;朱丹溪认为是湿热相火，中痰中气。缪氏在吸收他们学说的基础上，认为内虚暗风，确系阴阳两虚，而阴虚者为多，与外来风邪迥别。法当清热(天门冬、麦冬、甘菊、白芍、白茯苓、天花粉、童便)、顺气(紫苏子、批把叶、橘红、郁金)、开痰(贝母、白芥子、竹沥、荆沥、括萎仁)治其标，治本则宜益阴(天门冬、甘菊花、怀生地、当归身、白芍、枸杞子、麦门冬、五味子、牛膝、人乳、白胶、黄柏、白疾黎之属)和补阳(人参、黄茂、鹿茸、大枣)。缪氏认为“类中”若误用治“真中风”的药，则“轻变为重，重则必死。”
5.辛凉发散疗痧疹
缪仲淳将痧疹主症归纳为多咳嗽多嚏，眼中如泪，多泄泻，多痰多热，多渴，多烦闷，甚则躁乱咽痛，唇焦神昏。并总结了治痧疹的特点，指出痧疹乃肺胃热邪所致，“殆时气瘟疫之类欤!”故治痧疹不宜依证施治，惟当治本以解邪热，则诸证自退。解其邪热以清凉发散为主，药用辛寒、甘寒、苦寒以升发之。惟忌酸收，最宜辛散，设施温补，祸为旋踵。辛散如荆芥穗、干葛、西河柳、石膏、麻黄;清凉如玄参、薄荷、竹叶;甘寒如麦冬、生甘草、蔗浆;苦寒如黄芩、黄连、黄柏、贝母、连翘，皆应用之药也。初起时，痧疹必兼咳嗽，但不能止咳，痧疹多兼喘，勿用定喘药。宜用大剂竹叶石膏汤加西河柳、玄参、薄荷。凡热势甚者，即用白虎汤加西河柳，切忌用升麻，服之必喘。泄泻者切忌止泻，用黄连、升麻、干葛、甘草。并认为疹家不忌泻，泻则阳明之邪热自解。疹后咳嗽，以清热消痰，勿用五味子等收敛之剂。痧后泄泻及便脓血皆由邪热内陷，大忌止涩，惟宜升散，仍用升麻、干葛、白芍、甘草、白扁豆、黄连。痧后元气来复，脾胃虚弱，宜用白芍、炙甘草为君，莲肉、白扁豆、山药、麦冬、龙眼肉为臣，多服必渐强。痧后生疮不已，宜用金银花、连翘、玄参、甘草、怀生地、胡麻、黄连，浓煎饮之良。