1、王肯堂对伤寒的贡献。王肯堂虽然不能说是伤寒大家。但《伤寒准绳》却倾注了他一生学《伤寒论》、研究伤寒学说、治伤寒病、论伤寒学派得失的心血，对后世伤寒的研究产生过重要的影响。王肯堂尊祟张仲最。认为张仲景若儒门之孔子，2000年以来的名医。为后世所师承者未有不从仲景之书悟入者。他认为伤寒之法不仅仅可以治伤寒。而且可以用其治疗内科杂病。他的《伤寒准绳》对张仲景的《伤寒论》进行了发挥，该书首列序例入门。辨证之内伤外伤。类伤寒辨;其次以伤寒总例居先 叙伤寒的四时传变，汗吐下法。又愈解死证，阴阳表里。伤寒杂病。类证杂论，察色要略;再下则分论太阳病、阳阴病等。是一部详尽的伤寒论专著。
2、王肯堂对外科学的贡献。王肯堂也不是外科学的专门家。但他在《疡医证治准绳》中对许多外科疾病的记载和认识水平之高给人留下了深刻的印象，这与利玛窦对他的影响不无关系。王肯堂对人体骨胳形状和数目的描述就是在西洋解剖学的影响下写成的。他在其著作中记载了公元1587年由一妇人售羊毛所引起的紫泡疔(炭疽病)流行的历史。对炭疽病的传染途径、全身症状和局部症状、体征、预后等都作了相当科学的论述。他对麻疯病、梅毒、性病也进行了比较确切的论述。他还是我国首先记述男性乳腺癌的医学家。
3、王肯堂对眼科的贡献。在正确描述眼科疾病方面，王肯堂有许多独到之处，在他的《证治准绳》中收载了眼科病证193种，凡现代用肉眼检查能见到疾病，几乎都罗列无遗。
在外科手术和医疗技术方面。王肯堂记述了肿瘤摘除术、甲状腺切除术，肛门闭锁症的肛门成形术、耳外伤缝合再植术、骨伤整复手法与手术等。并对这些手术的消毒方法、手术步骤和护理技术都进行了十分详细的描述。
他对角膜溃疡的认识就极为准确，为前人所不及，从发病开始。到发展、转归，预后，痊愈和后遗症都有详细描述：更令人叹为观止的是王肯堂对眼底出血的生动描述。在没有眼底镜和任何辅助检查的情况下，把眼底病的自觉症状和征象进行了详尽的描述，为眼底疾病的诊断治疗作出了很大贡献。他在论述珠中气动证时把眼底出血的动态过程都描绘的淋漓尽致：“视瞳神深处有气一道，隐隐袅袅而动，状若明镜远照，一缕消烟也。患头风痰火病。郁久火胜抟激，动其络中真一之气，游散飘耗，急宜治之。动而定后光冥者，内证成矣”。王肯堂还提出用拔治法治疗瞳神反背(斜视)。他对青光眼也颇有研究。
他是一位全面发展的著名医学家，他的《证治准绳》是集明代以前医学之大成的不朽巨著。
近现代中医眼科学家都认为《证治准绳》有关眼科的内容具有划时代的意义。