1、《活人书》 原名《伤寒百问》，又名《南阳活人书》、《类证活人书》、《无求子活人书》等，成书于公元1108年(北宋大观二年)。全书共二十卷，卷一至卷十一，以问答为体例，论述经络、脉穴，剖析伤寒的各种证候;卷十二至卷十五，详释仲景《伤寒论》一百一十二正方;卷十六至卷十八，采撷《外台》、《千金》、《圣惠》等各家一百二十六杂方;卷十九至卷二十，兼论妇人、小儿伤寒病证及方药。全书学宗仲景，参合各家，首倡以经络论六经方证，提出“因名识病，因病识证”，强调脉证合参以辨病性，对仲景学术颇多发挥，是《伤寒论》研究早期较有影响的著作之一。
2、《内外二景图》3卷
3、《北山酒经》3卷
朱肱治伤冷从经络立论。着重六经方证的定位与定性题目的阐发，指出鉴别诊断的重要性。对伤冷脉法颇有研究，他并憾于“仲景证多而药少”，采取后代诸方补而备之，其对《伤寒论》的整理和阐释有重要的贡献。
一、从经络辨病位
朱肱以为《伤寒论》所说的太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴之为病，是足三阴、三阳经络为病，并因此六条经络的循行及生理特点来解释伤寒三阴三阳病证的发生、传变及转回机理。首创伤寒传足不传手说。例如：“足太阳膀胱之经从目内眦上头连于风府，分为四道。下项并正别脉上下六道以行于背与身为经。太阳之经为诸阳主气。或中冷邪，必发热而恶冷。缘头项腰脊。是太阳经所过处，今头项痛。身体疼。腰脊强。其脉尺寸俱浮者，故知太阳经受病也。”余经类此。朱氏以经络论三阴三阳。实质是力图阐明伤寒病证的定位题目。他指出“治伤寒先须识经络。不识经络。触途冥行，不知邪气之所在。往往病在太阳。证是厥阴，乃和少阳。冷邪未除。真气受毙”。朱氏在比较正确熟悉六经病机的基础上，根据《素问·热论》六经病证结合《伤寒论》条文所载。提出辨识六经为病的证候指征，并设问答六题。补充了六经的脉候。这些论述对后代立六经“提纲证”有很大的启发。
二、脉证合参辨病性
朱氏在分经辨证以定病位的同时。又十分重视病证的定性题目。他认为表里虚实阴阳是伤寒辨证的大纲，尤以阴阳两纲最为重要，指出“治伤寒须识阴阳二证”。“治伤寒须辨表里，汗下差误”。在具体辨别病性时，朱肱主张必须脉证合参，他说“大抵问而知之以观其外，切而知之以察其内，证之与脉不可偏废。”并明确指出了各种脉证一般的阴阳表里性质，他还将常见的主要脉象，按阴阳表里进行分类，所谓“七表阳也”。即”浮芤滑实弦紧洪属于表”;“八里阴也”。即“迟缓微涩沉伏懦弱属里”。他的这种分类竞成为后代论脉分纲领的先驱。
三、“因名识病，因病识证”和类证分析
朱肱以为：“天下之事。名定而实辨。言顺则事成。又况伤寒之名，种种不同……不得其名，妄加治疗。往往中暑乃作热病治之反用温药;湿温乃作风温治之，复加发汗，名实混淆。是非纷乱。性命之寄，危于风烛。”因此。他具体地将伤寒与伤风、热病、中暑、温病、温疟、风温、温疫、中湿、湿温、痉病、温毒等病名区分开来。以为“名定而实辨”，这样才可“因名识病，因病识证”。而治无差误。他所论述的正病名的题目。实际上夸大了疾病的鉴别诊断。
类证分析是他研究伤寒的又一特点，他对发热、头痛、喘、呕……等证候进行了回纳分析，说明它们各自有不同的病机和治法。如头疼一证，太阳证头疼宜麻黄汤、桂枝汤等，少阳头疼小柴胡汤主之，阳明证头疼宜调胃承气汤，厥阴头疼吴茱萸汤主之。可见朱氏既重于辨病，尤精于辨证。他所说的“类而分之，参而伍之。审知某证者某经之病·某汤者某证之药。然后用之万全矣”，正是辨病与辨证相结合的结果。
四、论方药加减并补《伤寒论》之不足
朱氏研究《伤寒论》的又一个创见。是他别开生面的以方类证，详述方药的加减之法。他主张遣方用药应方证相合。将药合病。灵活加减，不可执方疗病，并主要着眼病机增损方药。这是其高人一筹之处。朱肱深感《伤寒论》所载证多药少，以为“仲景药方缺者甚多，至如阴毒伤冷、时行温疫、温毒发斑之类、全无方书”，因此他从《外台》、《千金》、《圣惠》等书中，选录方剂100余首。补而备之，大大丰富了伤冷方药的内容，其所补充的方剂对后人有深刻的影响。尤其是他熟悉到妇人与小儿的体质特点，提出妇人伤冷与小儿伤冷遣方用药的留意点，以及对阴毒伤冷的很多阐发，均是仲景所未备。通过朱肱对《伤寒论》内容的充实和发展。无论是研究阴冷证或研究温热病的医家，都受到很大启发。