在中医方剂中“小柴胡汤”是一味和解少阳，治疗少阳的常用方药。关于其起源和传说，和朱肱也有着密不可分的传说：传说朱肱在南阳行医时，太守盛次仲患病召他诊治，经过诊断之后，便给开了“小柴胡汤”的药方，并叮嘱服用三副就可治愈。因为当时“小柴胡汤”已经是世人悉知的名方了，朱肱就没有具体的再写什么。但是到了深夜，病人家属来找朱肱，说服药之后不仅没有见轻还出现了腹胀满的症状，朱肱便急忙再去复诊，检查了一下发现给病人服的药居然是“小柴胡散”的不是说的“小柴胡汤”，他当即指出：汤剂和散剂效用是不同的，汤剂能通过经络快速取效，散剂，则药滞于膈上，故有胃满之症状。他便亲自操作煎药，二剂之后病人痊愈。
朱肱巧用小柴胡汤的事迹为医林留下思接千载的佳话，而朱肱其人其学，也以其颖异不凡而盛负重名。
朱肱的著作在宋代即扬厉于世，达到“至知有活人书，而不知有长沙之书也”，清代医学家徐灵胎在《医学源流论》中评曰：“宋人之书，能发明《伤寒论》，使人有所执持而易晓，大有功于仲景者，《活人书》为第一。”其友人张蒇将华佗赞扬仲景“活人”之语，用以名朱肱之书，正是名至实归。朱肱在伤寒领域的成就一直受到历代医家的推崇。
朱肱治伤寒有较高造诣。他采用综合分析的方法，用“经络说”解释六经方证发生与演变的机理;主张脉证合参辨别病证表里虚实阴阳的性质;夸大病证的鉴别诊断，熟悉到辨病与辨证相辅相成，并开创了以方类证，以证论方的先河;指出遣方用药须方证相合，将药合病，灵活加减。不可执方疗病。同时还大量补充了仲景方药等。朱氏能融会贯通《伤寒论》的精义，深进浅出地阐明其理法方药，使之明白易晓。推广使用，并知其所长，补其不足，为发展仲景学说作出了一定贡献。