严用和的学术思想主要反映于其著《济生方》中，该书内容丰富，既有论，又有方，分别外感和内伤杂病，旁及外、妇、五官诸疾。但以杂病为侧重点。
重视脏腑辨证。详究脉因证治
严氏以脏腑学说为基础，从人体生理、病理特性来分析病因病机，按照虚实寒热各型证候，作为立法疏方的依据。特别是“脏腑虚实论治”各篇，对辨证及治法尤多阐发，如“肝胆虚实论治”篇，先论肝胆的生理特点及病因。继则论述肝胆寒热虚实的病证表现及治法，他从脏腑功能出发，阐其常而识其变，对脏腑病变的发生、发展、转归及治法等。论述得非常精辟扼要，提纲挈领，使人一目了然，故后人评价严氏方论“微言精要，信为司命绳墨”，比较切当。严氏在辨证施治过程中，还强调脉因证治的完整性，如“便血评治”篇指出：“脉来浮弱，按之带芤者是下血也。”其病因“多因过饱，饮酒无度，房室劳损。荣卫气虚，风冷易入，邪热易蕴，留注大肠，则为下血”，其证“血色鲜者风也;色如小豆汁者寒也;浊而色黯者热也”，其治“风则散之，热则清之，寒则温之，虚则补之”。这种脉因证治“四者不失”的观点，体现了中医“辨证求因”、“审因论治”的特点。
重视生化之源，补脾兼主补肾
严氏很强调顾护脾胃正气，他说;“夫人受天地之中以生，莫不以胃为主。盖胃受水谷，脾主运化，生血生气，以充四体者也。”认为脾胃“冲和”不可伤，伤则为病。谆谆告诫用药注意“不坏睥胃”。在强调脾胃的同时，严氏更重视肾的作用，如他论“补真丸”时说：“房劳过度，真阳衰虚，坎火不温，不能上蒸脾土，冲和失布，中州不运。…“古人云补肾不如补脾，余谓补脾不若补肾，肾气若壮。丹田火经上蒸脾土，脾土温和，中焦自治，膈开能食矣。”这是对命门肾中真火学说的继承和发展，对明代命门学说的发展产生了一定影响。又如论“遗浊”时说;“心受病者令人遗精白浊-肾受病者亦令人遗精白浊。此皆心肾不交，关键不牢之故也。”这是“心肾不变”说的始见，亦体现了严氏重视先天之本的观点。
气道贵乎通顺，治病善于调气
严氏认为“人之气道贵乎顺，顺则津液流通”。故治杂病把调气放在重要地位。如治疗中风，指出“若内因七情而得之者，法当调气，不当治风，外因六淫而得之者，亦先当调气，然后依所感之气随正治之，此良法也”。对于痰饮·亦主张“顺气为先，分导次之”。又如治疗泄泻。提出“七情伤感所致，兼以调气药，随证主治，则不失其机要矣”。善用芳香理气药，如丁香、木香、沉香、檀香、砂仁等，既能通达气机，又能醒脾悦胃，是其长处。
在辩证、制方、用药方面的贡献
严氏于辨证论治，亦有不少创见，如指出水肿须与蛊胀鉴别，“蛊胀腹满而不肿，水肿面目四肢俱肿。治蛊以水药，治水以蛊药，非其治也”，治水肿主张以实脾温肾为主，纵阳水实证，亦宜用清平之药，反对峻剂攻逐，如鸭头丸治阳水，仅取葶苈之缓下，配猪苓、防己之淡渗。葶苈丸中用牵牛亦是半生半炒，以缓其性，可见他用药之一丝不苟。又如治痢疾，严氏反对早用固涩断下药，指出：“叹世之人初感此病，往往便用罂粟壳、石榴皮、诃子肉、豆蔻辈以止涩之，殊不知痢疾多因饮食停滞于肠胃所由致，…“必以导涤肠胃，次正根本，然后辨其风冷暑湿而为之。”同样对咳嗽的治疗，亦力戒早投乌梅、罂粟壳之类收敛止咳药。以免闭门留寇。另外，严氏还十分讲究药物炮制，如巴豆除用巴豆霜入药处，常用他药伴炒取其性，如治疝的金铃子散，巴豆与川楝子同炒去巴豆用楝子;治积聚的香棱丸。与莪术同炒用莪术;却痛散巴豆与良姜同炒用良姜，足见严氏用药之精细，甚得制方之妙。
严氏还注重制方之法度，指出：“间有药用群队，必使刚柔相济。佐使合宜。用一刚剂，专而易效，须当用一柔剂，以制其刚，庶几刚柔相济，不特取效之速，亦可使之无后患也。”所以他制方往往刚柔相济。动静结合。阴阳相须，如归睥汤之用木香。补而不滞，鳖甲地黄汤之用肉桂。滋而不腻，又如治疗血证，不专事止血，多参以温化祛瘀之品，或入姜汁。或入锦纹。或入葱汁，或入乳香，使止血而无留瘀之弊。可见其制方之严谨。