元朝官制分为中央政权和地方政权，中央政权下设三公、中书省、六部、枢密院、御史台、大宗正府、宣政院、太禧宗禋院和储政院;地方政权下设行中书省(职同中央中书省)、宣慰使司(职同中央宣政院)、诸路万户府、诸路总管府、散府、诸州、诸县和诸军。
三公
三公：太师、太傅、太保各一员，正一品，银印，以道燮阴阳，经邦国。又有所谓大司徒、司徒、太尉之属，或置，或不置。其置者，或开府，或不开府。
中书省
(1)中书令一员，银印，典领百官，会决庶务。
(2)右丞相(注：元朝以右为上，与前代不同)、左丞相各一员，正一品，银印，统六官，率百司，居令之次。令缺，则总省事，佐天子，理万机。
(3)平章政事四员，从一品，掌机务，贰丞相，凡军国重事，无不由之。
(4)右丞一员，正二品，左丞一员，正二品，副宰相裁成庶务，号左右辖。
(5)参知政事二员，从二品，副宰相以参大政，而其职亚于右、左丞。
(6)参议中书省事，秩正四品，典左右司文牍，为六曹之管辖，军国重事咸预决焉。
(7)右司、左司，郎中二员，正五品;员外郎二员，正六品;都事二员，正七品。
六部
吏部，掌天下官吏选授之政令。
户部，掌天下户口、钱粮、田土之政令。。
礼部，掌天下礼乐、祭祀、朝会、燕享、贡举之政令。
兵部，掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。
刑部，掌天下刑名法律之政令。
工部，掌天下营造百工之政令。
以上六部各置尚书三员，正三品;侍郎二员，正四品;郎中二员，从五品;员外郎二员，从六品，
又以吏、户、礼为左三部，以兵、刑、工为右三部。各置尚书二员，侍郎二员，郎中四员，员外郎六员，总领三部之事。
六部下设有各类分工精细、名目繁多的院、台、府、监、库、司、局、寺、仓、署、所等官署，职数和品阶一应俱全。
枢密院
枢密院，秩从一品，掌天下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫，边庭军翼，征讨戍守，简阅差遣，举功转官，节制调度，无不由之。
置知院六员，从一品;同知四员，正二品;副枢二员，从二品;佥院二员，正三品;同佥二员，正四品;院判二员，正五品;参议二员，正五品;经历二员，从五品;都事四员，正七品;承发兼照磨二员，正八品;架阁库管勾一员，正九品;同管勾一员，从九品;掾史二十四人，译史一十四人，通事三人，司印二人，宣使一十九人，铨写二人，蒙古书写二人，典吏一十七人，院医二人。
枢密院下设有客省使、断事官、行枢密院、右卫、左卫、中卫、前卫、后卫等官署。
御史台
御史台，秩从一品。大夫二员，从一品;中丞二员，正二品;侍御史二员，从二品;治书侍御史二员，正三品，掌纠察百官善恶、政治得失。
后定置御史大夫二员、中丞二员、侍御史二员、治书侍御史二员，品秩如上;经历一员，从五品;都事二员，正七品;照磨一员，正八品;承发管勾兼狱丞一员，正八品;架阁库管勾兼承发一员，正九品;掾史一十五人，译史四人，知印二人，通事二人，宣使十人，台医二人，蒙古书写二人，典吏六人，库子二人。
御史台下设有殿中司、察院、行御史台、肃政廉访司等官署。
大宗正府
大宗正府，秩从一品。国初未有官制，首置断事官，曰札鲁忽赤，会决庶务。凡诸王驸马投下蒙古、色目人等，应犯一切公事，及汉人奸盗诈伪、蛊毒厌魅、诱掠逃驱、轻重罪囚，及边远出征官吏、每岁从驾分司上都存留住冬诸事，悉掌之。至元二年，置十员。三年，置八员。九年，降从一品银印，止理蒙古公事。以诸王为府长，余悉御位下及诸王之有国封者。又有怯薛人员，奉旨署事，别无颁受宣命。十四年，置十四员。十五年，置十三员。二十一年，置二十一员。二十二年，增至三十四员。二十八年，增至四十六员。大德四年，省五员。十一年，四十一员。皇庆元年，省二员，以汉人刑名归刑部。泰定元年，复命兼理，置札鲁忽赤四十二员，令史改为掾史。致和元年，以上都、大都所属蒙古人并怯薛军站色目与汉人相犯者，归宗正府处断，其余路府州县汉人、蒙古、色目词讼，悉归有司刑部掌管。正官札鲁忽赤四十二员，从一品;郎中二员，从五品;员外郎二员，从六品;都事二员，从七品;承发架阁库管勾一员，从八品;掾史十人，蒙古必阇赤十三人，通事、知印各三人，宣使十人，蒙古书写一人，典吏三人，库子一人，医人一人，司狱二员。
宣政院
宣政院，秩从一品，掌释教僧徒及吐蕃之境而隶治之。遇吐蕃有事，则为分院往镇，亦别有印。如大征伐，则会枢府议。其用人则自为选。其为选则军民通摄，僧俗并用。至元初，立总制院，而领以国师。二十五年，因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故，更名宣政院。
定置院使一十员，从一品;同知二员，正二品;副使二员，从二品;佥院二员，正三品;同佥三员，正四品;院判三员，正五品;参议二员，正五品;经历二员，从五品;都事三员，从七品;照磨一员，管勾一员，并正八品;掾史十五人，蒙古必阇赤二人，回回掾史二人，怯里马赤四人，知印二人，宣使十五人，典吏有差。
太禧宗禋院
太禧宗禋院，秩从一品，掌神御殿朔望岁时讳忌日辰禋享礼典。天历元年，罢会福、殊祥二院，改置太禧院以总制之。初，院官秩正二品，升从一品，置参议二员，改令史为掾史。二年，改太禧宗禋院，置院使六员，增副使二员，立诸总管府为之属。凡钱粮之出纳，营缮之作辍，悉统之。定置院使都典制神御殿事六员，同知兼佐仪神御殿事二员，副使兼奉赞神御殿事二员，佥院兼祗承神御殿事二员，同佥兼肃治神御殿事二员，院判供应神御殿事二员，参议二员，经历二员，都事二员，管勾、照磨各一员，掾史二十人，译史四人，知印二人，怯里马赤二人，宣使一十五人，断事官四员，客省使大使、副使各二员。
储政院
储政院，秩正二品。至元十九年，立詹事院，备左右辅翼皇太子之任，置左、右詹事各一员，副詹事、詹事丞、院判各二员，吏属六十有二人，别置宫臣宾客二员，左右谕德、左右赞善各一员，校书郎二员，中庶子、中允各一员。三十一年，太子裕宗既薨，乃以院之钱粮选法工役，悉归太后位下，改为徽政院以掌之。大德九年，复立詹事院，寻罢。十一年，更置詹事院，秩从一品，设官十二员。至大四年罢。延祐四年复立，七年罢。泰定元年，罢徽政院，改立詹事如前。天历元年，改詹事院为储庆使司。二年罢，复立詹事院。未几，改储政院，院使六员，正二品;同知二员，正三品;佥院二员，从三品;同佥二员，正四品;院判二员，正五品;司议二员，从五品;长史二员，正六品;照磨二员，管勾二员，俱正八品;掾史一十二人，译史四人，回回掾史二人，通事、知印各二人，宣使十人，典吏六人。