王清任作为一位杰出的医学革新家，在所著《医林改错》中，一是比较准确地描述了胸腹腔内脏器官、血管等解剖位置，较过去有改正，有发现;二是创活血化瘀新理论拟出许多新方，于临床颇有奇效;三则否定胎养、胎毒等陈说及综成“灵机记性在脑不在心”新说，其贡献巨大，值得肯定。
后世医家对他的评价褒贬不一，有人认为他的学说中对于脏腑进行了明确的划分，是一种形态学上的准确化过程。但是，大部分的中医学者认为，中医学在几千年来对于“脏腑”的定义，从未真正使用过解剖学和形态学的方法，“脏腑”，在中医学的理论体系当中始终是以“阴阳五行”、“八卦九宫”等进行分类和定义的。“脏腑”在中医学的诊断和治疗当中，始终是一种功能化的概念，而非实实在在的器官。而《黄帝内经》当中也提到过脏腑的大小和重量等，甚至有人认为《内经》当中，甚至没有说对肝脏的位置。实际上，很多学者在深层次的体悟之后发现，其间对于脏腑的重量、大小等数字上的描写，蕴藏着高深的数术学的内容。在中国文化的历程中，数术学说的神秘和深奥常使得很多人认为那是一种纯意识的东西，而非现实存在，还有人始终对其抱有怀疑甚至排斥的态度。但不论人们在主观意识上是否定还是肯定，“数术学”在中国文化的历史进程中占据着相当重要的位置，可以说深入到了各个领域，并贯穿始终，中医学说更是如此。既然很多人都已经承认中医对于脏腑的认识并非形态认识，而主要是功能性的定义，那么为什么在《黄帝内经》这部奠基的理论著作中出现了类似形态学的内容呢?从该书的理论水平上来讲，与整体思想不一致的观点和论述，也决不会收载其中。因此，我们不必把中医学描述重量和大小的数字具体画，也就不会为其中的数字是否需要修改和准确化而大费周章了。同样的道理，肝脏的位置，也不是指现代解剖学说中的肝脏，而是一种由“肝气上升”、“肺气下降”理论，和“左升右降”的气机循行特点，共同衍生出来的“肝位居左”的功能化概念。因此，很多医家对于王清任的“改错”持否定态度，并有“医林改错，越改越错”的说法。
而对于他的第二大理论，关于“瘀血”的学说，同样存在两方面的评价。一方面，在理论上，有人说他创立的瘀血学说补充了中医病机学和方药学;但也有人认为王氏是在尸场对多具尸体进行了实地的考察和解剖而得出结论的，从研究方法上来讲并不符合传统的中医认知法则，而且它所说的“瘀血”，实际上应该说是“死血”，失去了生命的人，身上的血液自然不会是流动的。而中医理论中所讲的“瘀血”，也并不都是肉眼可见的。但是在立法和用方上，大多数的医家对其评价却十分肯定。他在瘀血证的治则治法上有了很大的创新，认识非常深刻，其间进行了更深透的分析，还留下了“膈下逐瘀汤”、“血府逐瘀汤”之类的优秀方剂。但在使用时必须辨证准确，才能使用这种方法，也不能仅限于气血致病的学说，为医者时时不可或忘辨证论治的原则，灵活机变，随证加减。
虽然后世医家对王清任的《医林改错》有着褒贬不一的评价，但是他肯于实地观察，亲自动手的精神值得肯定。他为医世者留下了宝贵的资料，在瘀血证的立法及方剂的创立上，其发扬和革新有着很大的学术价值。