朱氏言火，从哲学以阐发医理，其应用于人，则人身之动，均为火之所为，并非仅指温热而言。朱丹溪的这番议论，强调了正常人体亦有火的存在，而这存在于人体之火是通过生命的各种活动表现出来的，故其归纳为“凡动属皆火”，实则朱氏所言之火在人体是指阳气而已。但存在于人身之火，朱氏又分为君火与相火。所谓君火，朱氏认为是属于五形中之火，其是有形之体与无形之气的相互化生而成，在人体则归于有形之体中，故心脏在五行属火，称其阳气为君火。而相火是由虚无而生，这里的虚无是指来源于先天之无。以人体来说，则是产生人体形气之本源，其在人体之中的存在是藏而不外露，只能通过人的生命活动而表现出来，其不同于隶属五行的心火，故称之为相火。朱氏的相火含义，是说明相火是人体生命活动的本源，是人身生生不息的机能活动。也正因为如此，故人身相火就十分重要，既不宜衰，又不宜妄动。
朱氏运用天人相应的理论，通过分析天地、日月、阴阳的状况，认为人身之阴阳在正常情况下，人身之阴常不足而阳常有余。因此，人身的阴精应当时时虑其不足，不能任意耗伤。若要防止阴精耗伤，就要防止相火妄动。朱氏一再强调房事不宜太过。心神要保持安宁，不为外物所感。饮食不宜肥甘太过，以防生痰化火，生湿化热，而使人身之湿热过重而耗伤阴精。总之，朱氏从病理角度强调了内伤饮食、七情、房事等诸种产生杂病的原因，均可使相火妄动而阴精耗伤，更会使人体阳有余阴不足的偏盛偏衰之象加重，从而产生各种内伤疾病。
朱丹溪治疗火热病，从虚火和实火分别对待。提出实火可泻的原则，或用黄连解毒汤，或用大黄、芒稍、冰水之类正治。对于火盛而体虚之人，又认为不可骤用凉药，应用从治或反佐之法，兼用生姜之类以温散。对于火邪内郁不得宣散泄越之证，可以采用发散方法治疗。至于虚火，属阴虚火动者，宜滋阴降火，可用四物汤加黄柏、知母之类，另外朱氏还创立了大补阴丸(生地黄、龟板、知母、黄柏、猪脊髓)以泻火补阴。若属虚火上炎，虚阳浮越者，朱氏又提出用附子末口津调涂涌泉穴以引火归元。对于气虚而阴火盛者，可采用东垣之法益气升阳泻火，选用人参、白术、生甘草之类。
朱丹溪认为，郁是很多疾病产生的一个重要原因，“气血冲和，百病不生，一有怫郁，诸病生焉。故人身诸病多生于郁”。朱氏将人身之郁证分为六种，即气郁、血郁、湿郁、痰郁、火郁、食郁。其中，又以气郁最为关键。朱氏创立了越鞠丸以统治六郁，方中用香附治气，川芎治血，栀子清火，苍术治痰湿，神曲治食，而其中香附又为主要者。对于痰证的治疗，朱丹溪提出“治痰法，实脾土，燥脾湿是治其本”，“善治痰者，不治痰而治气”的基本法则，并针对痰的不同性质，病证的不同部位，结合体质的盛衰，加减化裁。如湿痰者加用苍白术，热痰者加用青黛、黄连、黄芩，食积成痰者加用神曲、麦芽、山楂，风痰者加用南星、白附子、僵蚕;老痰者加用海石、半夏、瓜蒌、香附等。
朱丹溪提出了“相火论”，“阳有余阴不足论”及火热证、杂病的证治经验，对明、清医学的发展有很深刻的影响。后世医家在养阴、治火、治痰、解郁等方面的成就，与丹溪的启发是分不开的。明代诸医家，如赵震道、赵以德、王履、戴原礼(即戴思恭)诸人，均师承其学。另有虞搏、王纶、汪机、徐彦纯等亦接受其学术思想，甚至远传海外，为日本医学家所推崇。由于此，丹溪所创之学说被发展成一个学术流派——丹溪学派，朱丹溪则成为这个学派的倡导者。
朱震亨节欲为核心的房中补益思想是医理与儒理的结合产物，与宋明理学的禁欲倾向是一致的。对当时及后世产生了较大影响。